Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
15 Nov
2012
15 Nov
'12
09:28
Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
Obrigado.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] < ml-node+s2285057n4657017h4@n4.nabble.com> escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não
seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez?
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes
São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias!
Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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15 Nov
15 Nov
10:01
Novo assunto: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar. Att. Tiago. Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300 From: pedro.rafael.marinho@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu: No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada? Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <ml-node+s2285057n4657017h4@n4.nabble.com> escreveu: Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? Att. Tiago. Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email] To: [hidden email] Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando. Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. []s Leonard de Assis http://about.me/ldeassis Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando. Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro. Espero ter te ajudado. Att. Tiago. Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email] To: [hidden email] Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? OBS: Estou em uma máquina Linux. * using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu: Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email]> escreveu: On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão? 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes. 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : R CMD check SEU_PACOTE e corrija todos os eventuais problemas > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações > fiquem disponíveis? Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION > > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira > vez? > Bem vindo ao Universo do Software livre Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes > > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias! > > Obrigado à todos. > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. If you reply to this email, your message will be added to the discussion below: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... To unsubscribe from R-br, click here. NAML _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. If you reply to this email, your message will be added to the discussion below: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... To unsubscribe from R-br, click here. NAML _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
11:24
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que você me enviou está ocorrendo o erro que segue: * checking examples ... ERROR Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed The error most likely occurred in: > ### Name: prdm > ### Title: Meu Pacote > ### Aliases: prdm > > ### ** Examples > > fdp<- #defina o quem e esta variavel + fda<- #defina o quem e esta variavel + chuetes<- #defina o quem e esta variavel + dados<- #defina qual o conjunto de dados + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead") Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit = 50000), : object 'chutes' not found Calls: prdm -> optim Execution halted Você acredita que o erro estava no exemplo? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] < ml-node+s2285057n4657020h97@n4.nabble.com> escreveu: > Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para ver > se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso o > problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e > dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar. > > Att. > > Tiago. > > > > ------------------------------ > Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300 > > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0> > To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. > > > > Obrigado. > > > > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2> > > escreveu: > > No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será > que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada? > > > Obrigado. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3> > > escreveu: > > Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? > > Att. > > Tiago. > > ------------------------------ > Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 > > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0> > To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que > estamos usando. > > Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei > quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os > 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. > > []s > Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis > > Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: > > Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso > o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD > Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do > MikTex que eu não estou usando. > > Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação > do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o > problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi > retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas > mensagens de erro. > > Espero ter te ajudado. > > Att. > > Tiago. > > ------------------------------ > Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2> > To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na > hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da > documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? > > OBS: Estou em uma máquina Linux. > > * using log directory > ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ > * using R version 2.15.1 (2012-06-22) > * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) > * using session charset: UTF-8 > * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK > * checking extension type ... Package > * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ > * checking package namespace information ... OK > * checking package dependencies ... OK > * checking if this is a source package ... OK > * checking if there is a namespace ... OK > * checking for executable files ... OK > * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK > * checking installed package size ... OK > * checking package directory ... OK > * checking for portable file names ... OK > * checking for sufficient/correct file permissions ... OK > * checking DESCRIPTION meta-information ... OK > * checking top-level files ... OK > * checking index information ... OK > * checking package subdirectories ... OK > * checking R files for non-ASCII characters ... OK > * checking R files for syntax errors ... OK > * checking whether the package can be loaded ... OK > * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... > OK > * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK > * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies > ... OK > * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK > * checking for unstated dependencies in R code ... OK > * checking S3 generic/method consistency ... OK > * checking replacement functions ... OK > * checking foreign function calls ... OK > * checking R code for possible problems ... OK > * checking Rd files ... WARNING > prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section > prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section > prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value > * checking Rd metadata ... OK > * checking Rd cross-references ... OK > * checking for missing documentation entries ... OK > * checking for code/documentation mismatches ... OK > * checking Rd \usage sections ... OK > * checking Rd contents ... OK > * checking for unstated dependencies in examples ... OK > * checking examples ... OK > * checking PDF version of manual ... ERROR > Rd conversion errors: > Warning: unknown option '-' > Warning in file(con, "r") : > cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or > directory > Error in file(con, "r") : cannot open the connection > > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4> > > escreveu: > > Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. > Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. > Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho > muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida > sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código > que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, > etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e > depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e > reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita > luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre > com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote > que deve ser respeitada? > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu: > > > > On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: > > > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo > de submissão? > > 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em > detalhes. > > 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : > > R CMD check SEU_PACOTE > > e corrija todos os eventuais problemas > > > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira > > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu > tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as > atualizações > > fiquem disponíveis? > > Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION > > > > > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não > seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele > > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem > que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela > primeira > > vez? > > > > Bem vindo ao Universo do Software livre > > Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que > quiser > > Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. > Leia sobre licxancas GPL e análogas > > Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e > livre-se destas preocupacoes > > > > > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. > > Nao sao somente suas. > Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem > controvérsias! > > > > > Obrigado à todos. > > [ ], > > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the discussion > below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> > > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de > postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo > reproduz�vel. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=7>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=8> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de > postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo > reproduz�vel. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=9> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the discussion > below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657017.html > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> > > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de > postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo > reproduz�vel. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd> > > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the discussion > below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html > To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw> > . > NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >
11:30
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
O arquivo 00install.out que é criado após darmos um check apresentou as seguintes informações. O arquivo prdm.Rd mudei um pouco porque estava faltando uma chave fechando o tópico de exemplos e esta anexado. Obrigado pela ajuda. * installing *source* package ‘PRDM’ ... ** R ** preparing package for lazy loading ** help Aviso: /home/pedro/Documentos/MESTRADO - UFPE/Análise de Sobrevivência/Artigo_Gauss_Pedro_Cicero/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM/man/PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section Aviso: /home/pedro/Documentos/MESTRADO - UFPE/Análise de Sobrevivência/Artigo_Gauss_Pedro_Cicero/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM/man/PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded * DONE (PRDM) [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 11:24, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu: > Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que > você me enviou está ocorrendo o erro que segue: > > * checking examples ... ERROR > Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed > The error most likely occurred in: > > > ### Name: prdm > > ### Title: Meu Pacote > > ### Aliases: prdm > > > > ### ** Examples > > > > fdp<- #defina o quem e esta variavel > + fda<- #defina o quem e esta variavel > + chuetes<- #defina o quem e esta variavel > + dados<- #defina qual o conjunto de dados > + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead") > Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit = > 50000), : > object 'chutes' not found > Calls: prdm -> optim > Execution halted > > Você acredita que o erro estava no exemplo? > > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] < > ml-node+s2285057n4657020h97@n4.nabble.com> escreveu: > > Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para ver >> se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso o >> problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e >> dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar. >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> >> >> ------------------------------ >> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300 >> >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. >> >> >> >> Obrigado. >> >> >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2> >> > escreveu: >> >> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será >> que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada? >> >> >> Obrigado. >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu: >> >> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >> >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que >> estamos usando. >> >> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei >> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os >> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >> >> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu >> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >> antiga do MikTex que eu não estou usando. >> >> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este >> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. >> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd >> com algumas mensagens de erro. >> >> Espero ter te ajudado. >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na >> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >> >> OBS: Estou em uma máquina Linux. >> >> * using log directory >> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >> * using session charset: UTF-8 >> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >> * checking extension type ... Package >> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >> * checking package namespace information ... OK >> * checking package dependencies ... OK >> * checking if this is a source package ... OK >> * checking if there is a namespace ... OK >> * checking for executable files ... OK >> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >> * checking installed package size ... OK >> * checking package directory ... OK >> * checking for portable file names ... OK >> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >> * checking top-level files ... OK >> * checking index information ... OK >> * checking package subdirectories ... OK >> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >> * checking R files for syntax errors ... OK >> * checking whether the package can be loaded ... OK >> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... >> OK >> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies >> ... OK >> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >> * checking S3 generic/method consistency ... OK >> * checking replacement functions ... OK >> * checking foreign function calls ... OK >> * checking R code for possible problems ... OK >> * checking Rd files ... WARNING >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >> * checking Rd metadata ... OK >> * checking Rd cross-references ... OK >> * checking for missing documentation entries ... OK >> * checking for code/documentation mismatches ... OK >> * checking Rd \usage sections ... OK >> * checking Rd contents ... OK >> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >> * checking examples ... OK >> * checking PDF version of manual ... ERROR >> Rd conversion errors: >> Warning: unknown option '-' >> Warning in file(con, "r") : >> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or >> directory >> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4> >> > escreveu: >> >> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. >> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. >> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho >> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida >> sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código >> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, >> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e >> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e >> reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita >> luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre >> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote >> que deve ser respeitada? >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu: >> >> >> >> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >> >> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo >> de submissão? >> >> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto >> em >> detalhes. >> >> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >> >> R CMD check SEU_PACOTE >> >> e corrija todos os eventuais problemas >> >> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu >> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >> atualizações >> > fiquem disponíveis? >> >> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION >> >> > >> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não >> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele >> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem >> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >> primeira >> > vez? >> > >> >> Bem vindo ao Universo do Software livre >> >> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que >> quiser >> >> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >> Leia sobre licxancas GPL e análogas >> >> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e >> livre-se destas preocupacoes >> >> > >> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >> >> Nao sao somente suas. >> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem >> controvérsias! >> >> > >> > Obrigado à todos. >> > [ ], >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> > >> > >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> >> >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=7>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=8> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=9> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657017.html >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> >> >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd> >> >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw> >> . >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >> > >
11:32
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Mesmo com as correções o erro persiste na criação do PDF. Acho que estou cometendo um erro muito simples que não estou percebendo. * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 11:30, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu: > O arquivo 00install.out que é criado após darmos um check apresentou as > seguintes informações. O arquivo prdm.Rd mudei um pouco porque estava > faltando uma chave fechando o tópico de exemplos e esta anexado. Obrigado > pela ajuda. > > > * installing *source* package ‘PRDM’ ... > ** R > ** preparing package for lazy loading > ** help > Aviso: /home/pedro/Documentos/MESTRADO - UFPE/Análise de > Sobrevivência/Artigo_Gauss_Pedro_Cicero/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM/man/PRDM-package.Rd:30: > All text must be in a section > Aviso: /home/pedro/Documentos/MESTRADO - UFPE/Análise de > Sobrevivência/Artigo_Gauss_Pedro_Cicero/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM/man/PRDM-package.Rd:31: > All text must be in a section > *** installing help indices > ** building package indices > ** testing if installed package can be loaded > > * DONE (PRDM) > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 15 de novembro de 2012 11:24, Pedro Rafael < > pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu: > > Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que >> você me enviou está ocorrendo o erro que segue: >> >> * checking examples ... ERROR >> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed >> The error most likely occurred in: >> >> > ### Name: prdm >> > ### Title: Meu Pacote >> > ### Aliases: prdm >> > >> > ### ** Examples >> > >> > fdp<- #defina o quem e esta variavel >> + fda<- #defina o quem e esta variavel >> + chuetes<- #defina o quem e esta variavel >> + dados<- #defina qual o conjunto de dados >> + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead") >> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit = >> 50000), : >> object 'chutes' not found >> Calls: prdm -> optim >> Execution halted >> >> Você acredita que o erro estava no exemplo? >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] < >> ml-node+s2285057n4657020h97@n4.nabble.com> escreveu: >> >> Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para >>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso >>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes >>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300 >>> >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. >>> >>> >>> >>> Obrigado. >>> >>> >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2> >>> > escreveu: >>> >>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. >>> Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada? >>> >>> >>> Obrigado. >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu: >>> >>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >>> >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que >>> estamos usando. >>> >>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei >>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os >>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu >>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >>> antiga do MikTex que eu não estou usando. >>> >>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este >>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. >>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd >>> com algumas mensagens de erro. >>> >>> Espero ter te ajudado. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro >>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >>> >>> OBS: Estou em uma máquina Linux. >>> >>> * using log directory >>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >>> * using session charset: UTF-8 >>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >>> * checking extension type ... Package >>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >>> * checking package namespace information ... OK >>> * checking package dependencies ... OK >>> * checking if this is a source package ... OK >>> * checking if there is a namespace ... OK >>> * checking for executable files ... OK >>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >>> * checking installed package size ... OK >>> * checking package directory ... OK >>> * checking for portable file names ... OK >>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >>> * checking top-level files ... OK >>> * checking index information ... OK >>> * checking package subdirectories ... OK >>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >>> * checking R files for syntax errors ... OK >>> * checking whether the package can be loaded ... OK >>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies >>> ... OK >>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies >>> ... OK >>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >>> * checking S3 generic/method consistency ... OK >>> * checking replacement functions ... OK >>> * checking foreign function calls ... OK >>> * checking R code for possible problems ... OK >>> * checking Rd files ... WARNING >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >>> * checking Rd metadata ... OK >>> * checking Rd cross-references ... OK >>> * checking for missing documentation entries ... OK >>> * checking for code/documentation mismatches ... OK >>> * checking Rd \usage sections ... OK >>> * checking Rd contents ... OK >>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >>> * checking examples ... OK >>> * checking PDF version of manual ... ERROR >>> Rd conversion errors: >>> Warning: unknown option '-' >>> Warning in file(con, "r") : >>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or >>> directory >>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4> >>> > escreveu: >>> >>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas >>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei >>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que >>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. >>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar >>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome >>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por >>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara >>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e >>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". >>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção >>> do pacote que deve ser respeitada? >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>>escreveu: >>> >>> >>> >>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo >>> de submissão? >>> >>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto >>> em >>> detalhes. >>> >>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >>> >>> R CMD check SEU_PACOTE >>> >>> e corrija todos os eventuais problemas >>> >>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu >>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >>> atualizações >>> > fiquem disponíveis? >>> >>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION >>> >>> > >>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote >>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele >>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem >>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >>> primeira >>> > vez? >>> > >>> >>> Bem vindo ao Universo do Software livre >>> >>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que >>> quiser >>> >>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >>> Leia sobre licxancas GPL e análogas >>> >>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e >>> livre-se destas preocupacoes >>> >>> > >>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >>> >>> Nao sao somente suas. >>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem >>> controvérsias! >>> >>> > >>> > Obrigado à todos. >>> > [ ], >>> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >>> ------------------------------ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion below: >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> >>> >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >>> reproduz�vel. >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=7>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=8> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >>> reproduz�vel. >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=9> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >>> ------------------------------ >>> If you reply to this email, your message will be added to the >>> discussion below: >>> >>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657017.html >>> To unsubscribe from R-br, click here. >>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> >>> >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >>> email] 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here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw> >>> . >>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >>> >> >> >
12:38
Novo assunto: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui e você tenta fazer ele ai.
anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
fat1<-factor(fat1)
fat2<-factor(fat2)
av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
y<-summary(av)
return(y)
}
Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
From: pedro.rafael.marinho@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
* checking examples ... ERROR
Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
The error most likely occurred in:
> ### Name: prdm
> ### Title: Meu Pacote
> ### Aliases: prdm
>
> ### ** Examples
>
> fdp<- #defina o quem e esta variavel
+ fda<- #defina o quem e esta variavel
+ chuetes<- #defina o quem e esta variavel
+ dados<- #defina qual o conjunto de dados
+ prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit = 50000), :
object 'chutes' not found
Calls: prdm -> optim
Execution halted
Você acredita que o erro estava no exemplo?
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <ml-node+s2285057n4657020h97@n4.nabble.com> escreveu:
Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
Obrigado.
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
Obrigado.
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil
recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que
encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não
localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s
Leonard de Assis
http://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No
meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser
gerado (R CMD Rd2pdf) uma
mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do
MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo
de instalação do pacote (R CMD
INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter
sido o problema, em função de algum erro na edição do
arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o
seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o
arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado.
Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory
‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
* using R version 2.15.1 (2012-06-22)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... OK
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for executable files ... OK
* checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking for sufficient/correct file permissions ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking top-level files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking R files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* checking whether the package can be loaded ... OK
* checking whether the package can be loaded with stated
dependencies ... OK
* checking whether the package can be unloaded cleanly ...
OK
* checking whether the namespace can be loaded with stated
dependencies ... OK
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ...
OK
* checking for unstated dependencies in R code ... OK
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... OK
* checking Rd files ... WARNING
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a
section
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a
section
prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No
such file or directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012
20:43, Pedro Rafael <[hidden email]>
escreveu:
Grande
Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca
contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que
a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não
acho muito interessante porque quem quiser pode vender
o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é
se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz
ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no
R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo
parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e
reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores
antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas
permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com
certa frequência? Existe alguma periodicidade de
manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de
2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email]>
escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
> Pessoal, digamos que faço um pacote
para o R. Como funciona o professo de
submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R
extensions" que descreve isto em
detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote
:
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
> Digamos que eu submeta um pacote
"meu_pacote" e depois queira
> fazer modificações no mesmo. Para
acrescentar essas modificações eu tenho
que submeter novamente o pacote com o
mesmo nome para que as atualizações
> fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao
no arquivo DESCRIPTION
>
> Outra dúvida que tenho é sobre a
segurança que tenho que meu pacote não
seja modificado. Qualquer pessoa pode
pegar esse pacote e alterar ele
> completamente sem nenhuma permissão
minha ou qualquer modificação tem que ser
acompanhada por intermédio da pessoa que
submeteu o pacote pela primeira
> vez?
>
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os
fontes do R e mudar o que
quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce
define a licenca.
Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o
conceito de software livre e
livre-se destas preocupacoes
>
> São dúvidas bestas mas que nunca
entendi direito.
Nao sao somente suas.
Não é por acaso que há uma diversidade de
tipos de licensas, não sem
controvérsias!
>
> Obrigado à todos.
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
>
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia)
e forneça código mínimo reproduzível.
If you reply
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forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
prdm.Rd (1K) Download Attachment
If you reply to this email, your message will be added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
12:47
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
> Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui e
> você tenta fazer ele ai.
>
> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>
> fat1<-factor(fat1)
>
> fat2<-factor(fat2)
>
> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>
> y<-summary(av)
>
> return(y)
>
> }
>
> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>
> Att.
>
> Tiago.
>
>
> ------------------------------
> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>
> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>
> Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>
> * checking examples ... ERROR
> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
> The error most likely occurred in:
>
> > ### Name: prdm
> > ### Title: Meu Pacote
> > ### Aliases: prdm
> >
> > ### ** Examples
> >
> > fdp<- #defina o quem e esta variavel
> + fda<- #defina o quem e esta variavel
> + chuetes<- #defina o quem e esta variavel
> + dados<- #defina qual o conjunto de dados
> + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
> 50000), :
> object 'chutes' not found
> Calls: prdm -> optim
> Execution halted
>
> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>
> > escreveu:
>
> Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para ver
> se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso o
> problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e
> dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>
> Att.
>
> Tiago.
>
>
>
> ------------------------------
> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>
> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>
> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>
>
>
> Obrigado.
>
>
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
> > escreveu:
>
> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será
> que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>
>
> Obrigado.
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>
> > escreveu:
>
> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>
> Att.
>
> Tiago.
>
> ------------------------------
> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>
> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>
> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
> estamos usando.
>
> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>
> []s
> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>
> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>
> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso
> o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD
> Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do
> MikTex que eu não estou usando.
>
> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação
> do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o
> problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi
> retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas
> mensagens de erro.
>
> Espero ter te ajudado.
>
> Att.
>
> Tiago.
>
> ------------------------------
> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>
> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na
> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>
> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>
> * using log directory
> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
> * using session charset: UTF-8
> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
> * checking extension type ... Package
> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
> * checking package namespace information ... OK
> * checking package dependencies ... OK
> * checking if this is a source package ... OK
> * checking if there is a namespace ... OK
> * checking for executable files ... OK
> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
> * checking installed package size ... OK
> * checking package directory ... OK
> * checking for portable file names ... OK
> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
> * checking top-level files ... OK
> * checking index information ... OK
> * checking package subdirectories ... OK
> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
> * checking R files for syntax errors ... OK
> * checking whether the package can be loaded ... OK
> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ...
> OK
> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
> ... OK
> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
> * checking S3 generic/method consistency ... OK
> * checking replacement functions ... OK
> * checking foreign function calls ... OK
> * checking R code for possible problems ... OK
> * checking Rd files ... WARNING
> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
> * checking Rd metadata ... OK
> * checking Rd cross-references ... OK
> * checking for missing documentation entries ... OK
> * checking for code/documentation mismatches ... OK
> * checking Rd \usage sections ... OK
> * checking Rd contents ... OK
> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
> * checking examples ... OK
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
> directory
> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
> > escreveu:
>
> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações.
> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos.
> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho
> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida
> sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código
> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores,
> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e
> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e
> reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita
> luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre
> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote
> que deve ser respeitada?
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu:
>
>
>
> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>
> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
> de submissão?
>
> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em
> detalhes.
>
> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>
> R CMD check SEU_PACOTE
>
> e corrija todos os eventuais problemas
>
> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
> atualizações
> > fiquem disponíveis?
>
> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>
> >
> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não
> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
> primeira
> > vez?
> >
>
> Bem vindo ao Universo do Software livre
>
> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
> quiser
>
> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>
> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
> livre-se destas preocupacoes
>
> >
> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>
> Nao sao somente suas.
> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
> controvérsias!
>
> >
> > Obrigado à todos.
> > [ ],
> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >
> >
> >
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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> below:
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>
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>
>
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
> reproduz�vel.
>
> _______________________________________________
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> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=4>
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
> *anova.fat.dic.Rd* (904 bytes) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657028/0/anova.fat.dic.Rd>
>
>
> ------------------------------
> If you reply to this email, your message will be added to the discussion
> below:
>
> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657028.html
> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw>
> .
> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
>
13:03
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
\lim_{n\rightarrow \infty} \mbox{Repetir $n$ vezes: `nao enviarei anexos
para [r-br]' }
e ja' que estamos no assunto (LaTeX), Pedro, o problema e' a sua instalacao
do mesmo.... Nao vou lembrar dos detalhes e tambem nao vou procurar agora,
mas veja se vc nao tem nenhuma atualizacao do LaTeX pendente.
Adicionalmente, conserte suas linhas 30 e 31.... apostaria uns trocados que
vc nao removeu as linhas que tem "~~" dos arquivos de documentacao.
b
--
Sent from a mobile device
2012/11/15 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
> O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
> posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
>
>
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
> ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
>
>> Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui
>> e você tenta fazer ele ai.
>>
>> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>>
>> fat1<-factor(fat1)
>>
>> fat2<-factor(fat2)
>>
>> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>>
>> y<-summary(av)
>>
>> return(y)
>>
>> }
>>
>> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
>> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>>
>> * checking examples ... ERROR
>> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
>> The error most likely occurred in:
>>
>> > ### Name: prdm
>> > ### Title: Meu Pacote
>> > ### Aliases: prdm
>> >
>> > ### ** Examples
>> >
>> > fdp<- #defina o quem e esta variavel
>> + fda<- #defina o quem e esta variavel
>> + chuetes<- #defina o quem e esta variavel
>> + dados<- #defina qual o conjunto de dados
>> + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
>> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
>> 50000), :
>> object 'chutes' not found
>> Calls: prdm -> optim
>> Execution halted
>>
>> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>> escreveu:
>>
>> Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para
>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso
>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes
>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>>
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>>
>>
>>
>> Obrigado.
>>
>>
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
>> > escreveu:
>>
>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será
>> que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>>
>>
>> Obrigado.
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu:
>>
>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>> estamos usando.
>>
>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>
>> []s
>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>
>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>
>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>
>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd
>> com algumas mensagens de erro.
>>
>> Espero ter te ajudado.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>> ------------------------------
>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na
>> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>
>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>
>> * using log directory
>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>> * using session charset: UTF-8
>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>> * checking extension type ... Package
>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>> * checking package namespace information ... OK
>> * checking package dependencies ... OK
>> * checking if this is a source package ... OK
>> * checking if there is a namespace ... OK
>> * checking for executable files ... OK
>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>> * checking installed package size ... OK
>> * checking package directory ... OK
>> * checking for portable file names ... OK
>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>> * checking top-level files ... OK
>> * checking index information ... OK
>> * checking package subdirectories ... OK
>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>> * checking R files for syntax errors ... OK
>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ...
>> OK
>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>> ... OK
>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>> * checking replacement functions ... OK
>> * checking foreign function calls ... OK
>> * checking R code for possible problems ... OK
>> * checking Rd files ... WARNING
>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>> * checking Rd metadata ... OK
>> * checking Rd cross-references ... OK
>> * checking for missing documentation entries ... OK
>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>> * checking Rd \usage sections ... OK
>> * checking Rd contents ... OK
>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>> * checking examples ... OK
>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>> Rd conversion errors:
>> Warning: unknown option '-'
>> Warning in file(con, "r") :
>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>> directory
>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
>> > escreveu:
>>
>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações.
>> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos.
>> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho
>> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida
>> sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código
>> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores,
>> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e
>> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e
>> reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita
>> luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre
>> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote
>> que deve ser respeitada?
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu:
>>
>>
>>
>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>
>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>> de submissão?
>>
>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto
>> em
>> detalhes.
>>
>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>
>> R CMD check SEU_PACOTE
>>
>> e corrija todos os eventuais problemas
>>
>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>> atualizações
>> > fiquem disponíveis?
>>
>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>
>> >
>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não
>> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>> primeira
>> > vez?
>> >
>>
>> Bem vindo ao Universo do Software livre
>>
>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>> quiser
>>
>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>
>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>> livre-se destas preocupacoes
>>
>> >
>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>
>> Nao sao somente suas.
>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>> controvérsias!
>>
>> >
>> > Obrigado à todos.
>> > [ ],
>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>> >
>> >
>> >
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=7>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>
>>
>>
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>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=8>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=9>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657017.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>>
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>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd>
>>
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=3>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=4>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> *anova.fat.dic.Rd* (904 bytes) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657028/0/anova.fat.dic.Rd>
>>
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657028.html
>> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw>
>> .
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
>>
>
>
> _______________________________________________
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> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
13:04
Novo assunto: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pedro você observou a edição do arquivo .Rd que eu te enviei?
Como não tenho experiencia no linux deixarei o link de uma apostila que fala sobre a criação de pacotes no Linux <http://www.leg.ufpr.br/lib/exe/fetch.php/coordest:eventos:relatoriocleibsonlab2.pdf> e <http://people.cs.umass.edu/~zhangh/Project/R_genohaplo/CreatePacka>
Desculpe por não ter conseguido solucionado o seu problema
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 12:47:04 -0300
From: pedro.rafael.marinho@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui e você tenta fazer ele ai.
anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
fat1<-factor(fat1)
fat2<-factor(fat2)
av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
y<-summary(av)
return(y)
}
Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
* checking examples ... ERROR
Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
The error most likely occurred in:
> ### Name: prdm
> ### Title: Meu Pacote
> ### Aliases: prdm
>
> ### ** Examples
>
> fdp<- #defina o quem e esta variavel
+ fda<- #defina o quem e esta variavel
+ chuetes<- #defina o quem e esta variavel
+ dados<- #defina qual o conjunto de dados
+ prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit = 50000), :
object 'chutes' not found
Calls: prdm -> optim
Execution halted
Você acredita que o erro estava no exemplo?
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
Obrigado.
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]> escreveu:
No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
Obrigado.
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden email]> escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil
recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que
encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não
localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s
Leonard de Assis
http://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No
meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser
gerado (R CMD Rd2pdf) uma
mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do
MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo
de instalação do pacote (R CMD
INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter
sido o problema, em função de algum erro na edição do
arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
From: [hidden email]
To: [hidden email]
Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o
seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o
arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado.
Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory
‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
* using R version 2.15.1 (2012-06-22)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... OK
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for executable files ... OK
* checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking for sufficient/correct file permissions ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking top-level files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking R files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* checking whether the package can be loaded ... OK
* checking whether the package can be loaded with stated
dependencies ... OK
* checking whether the package can be unloaded cleanly ...
OK
* checking whether the namespace can be loaded with stated
dependencies ... OK
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ...
OK
* checking for unstated dependencies in R code ... OK
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... OK
* checking Rd files ... WARNING
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a
section
prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a
section
prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No
such file or directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012
20:43, Pedro Rafael <[hidden email]>
escreveu:
Grande
Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca
contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que
a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não
acho muito interessante porque quem quiser pode vender
o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é
se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz
ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no
R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo
parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e
reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores
antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas
permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com
certa frequência? Existe alguma periodicidade de
manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de
2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email]>
escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
> Pessoal, digamos que faço um pacote
para o R. Como funciona o professo de
submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R
extensions" que descreve isto em
detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote
:
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
> Digamos que eu submeta um pacote
"meu_pacote" e depois queira
> fazer modificações no mesmo. Para
acrescentar essas modificações eu tenho
que submeter novamente o pacote com o
mesmo nome para que as atualizações
> fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao
no arquivo DESCRIPTION
>
> Outra dúvida que tenho é sobre a
segurança que tenho que meu pacote não
seja modificado. Qualquer pessoa pode
pegar esse pacote e alterar ele
> completamente sem nenhuma permissão
minha ou qualquer modificação tem que ser
acompanhada por intermédio da pessoa que
submeteu o pacote pela primeira
> vez?
>
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os
fontes do R e mudar o que
quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce
define a licenca.
Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o
conceito de software livre e
livre-se destas preocupacoes
>
> São dúvidas bestas mas que nunca
entendi direito.
Nao sao somente suas.
Não é por acaso que há uma diversidade de
tipos de licensas, não sem
controvérsias!
>
> Obrigado à todos.
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
>
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia)
e forneça código mínimo reproduzível.
If you reply
to this email, your message will be
added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html
To unsubscribe from R-br, click here.
NAML
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
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16:48
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
*O engraçado é que o pacote instala e funciona sem problemas. Consigo ver a
documentação em html mas o PDF não foi gerado. Quando dou o R CMD check na
hora de gerar o pdf ocorre o seguinte erro:*
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
*No arquivo 00install.out aparece como se tivesse tudo ok:*
* installing *source* package ‘PRDM’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (PRDM)
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 12:47, Pedro Rafael <
pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
> O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
> posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
>
>
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
> ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
>
> Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui
>> e você tenta fazer ele ai.
>>
>> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>>
>> fat1<-factor(fat1)
>>
>> fat2<-factor(fat2)
>>
>> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>>
>> y<-summary(av)
>>
>> return(y)
>>
>> }
>>
>> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
>> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>>
>> * checking examples ... ERROR
>> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
>> The error most likely occurred in:
>>
>> > ### Name: prdm
>> > ### Title: Meu Pacote
>> > ### Aliases: prdm
>> >
>> > ### ** Examples
>> >
>> > fdp<- #defina o quem e esta variavel
>> + fda<- #defina o quem e esta variavel
>> + chuetes<- #defina o quem e esta variavel
>> + dados<- #defina qual o conjunto de dados
>> + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
>> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
>> 50000), :
>> object 'chutes' not found
>> Calls: prdm -> optim
>> Execution halted
>>
>> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>> escreveu:
>>
>> Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para
>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso
>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes
>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>>
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>>
>>
>>
>> Obrigado.
>>
>>
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
>> > escreveu:
>>
>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será
>> que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>>
>>
>> Obrigado.
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu:
>>
>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>> estamos usando.
>>
>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>
>> []s
>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>
>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>
>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>
>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd
>> com algumas mensagens de erro.
>>
>> Espero ter te ajudado.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>> ------------------------------
>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na
>> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>
>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>
>> * using log directory
>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>> * using session charset: UTF-8
>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>> * checking extension type ... Package
>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>> * checking package namespace information ... OK
>> * checking package dependencies ... OK
>> * checking if this is a source package ... OK
>> * checking if there is a namespace ... OK
>> * checking for executable files ... OK
>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>> * checking installed package size ... OK
>> * checking package directory ... OK
>> * checking for portable file names ... OK
>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>> * checking top-level files ... OK
>> * checking index information ... OK
>> * checking package subdirectories ... OK
>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>> * checking R files for syntax errors ... OK
>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ...
>> OK
>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>> ... OK
>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>> * checking replacement functions ... OK
>> * checking foreign function calls ... OK
>> * checking R code for possible problems ... OK
>> * checking Rd files ... WARNING
>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>> * checking Rd metadata ... OK
>> * checking Rd cross-references ... OK
>> * checking for missing documentation entries ... OK
>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>> * checking Rd \usage sections ... OK
>> * checking Rd contents ... OK
>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>> * checking examples ... OK
>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>> Rd conversion errors:
>> Warning: unknown option '-'
>> Warning in file(con, "r") :
>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>> directory
>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
>> > escreveu:
>>
>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações.
>> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos.
>> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho
>> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida
>> sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código
>> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores,
>> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e
>> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e
>> reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita
>> luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre
>> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote
>> que deve ser respeitada?
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu:
>>
>>
>>
>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>
>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>> de submissão?
>>
>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto
>> em
>> detalhes.
>>
>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>
>> R CMD check SEU_PACOTE
>>
>> e corrija todos os eventuais problemas
>>
>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>> atualizações
>> > fiquem disponíveis?
>>
>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>
>> >
>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não
>> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>> primeira
>> > vez?
>> >
>>
>> Bem vindo ao Universo do Software livre
>>
>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>> quiser
>>
>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>
>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>> livre-se destas preocupacoes
>>
>> >
>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>
>> Nao sao somente suas.
>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>> controvérsias!
>>
>> >
>> > Obrigado à todos.
>> > [ ],
>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>> >
>> >
>> >
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
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>> reproduz�vel.
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>>
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>>
>>
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>>
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>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657017.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd>
>>
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=3>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=4>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> *anova.fat.dic.Rd* (904 bytes) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657028/0/anova.fat.dic.Rd>
>>
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657028.html
>> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw>
>> .
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
>>
>
>
17:38
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
*Consegui gerar o PDF usando o R CMD Rd2pdf. Para isso tive que instalar o
texinfo.
Resumindo, estou conseguindo instalar e comprimir o pacote sem nenhuma
mensagem de erro mas, o check no final diz que há um problema na geração do
PDF. Parte da mensagem do check segue:*
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
*Quando rodo o R CMD Rd2pd o PDF é criado sem problemas. Não sei realmente
o porque disso!*
Obrigado à todos pelas dicas.
[ ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 15 de novembro de 2012 16:48, Pedro Rafael <
pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
> *O engraçado é que o pacote instala e funciona sem problemas. Consigo ver
> a documentação em html mas o PDF não foi gerado. Quando dou o R CMD check
> na hora de gerar o pdf ocorre o seguinte erro:*
>
>
> * checking for missing documentation entries ... OK
> * checking for code/documentation mismatches ... OK
> * checking Rd \usage sections ... OK
> * checking Rd contents ... OK
> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
> * checking examples ... OK
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
> directory
> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>
> *No arquivo 00install.out aparece como se tivesse tudo ok:*
>
>
> * installing *source* package ‘PRDM’ ...
> ** R
> ** preparing package for lazy loading
> ** help
> *** installing help indices
> ** building package indices
> ** testing if installed package can be loaded
>
> * DONE (PRDM)
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 12:47, Pedro Rafael <
> pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
>
> O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
>> posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
>>
>>
>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>> Rd conversion errors:
>> Warning: unknown option '-'
>> Warning in file(con, "r") :
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
>> ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
>>
>> Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui
>>> e você tenta fazer ele ai.
>>>
>>> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>>>
>>> fat1<-factor(fat1)
>>>
>>> fat2<-factor(fat2)
>>>
>>> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>>>
>>> y<-summary(av)
>>>
>>> return(y)
>>>
>>> }
>>>
>>> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
>>> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>>>
>>> * checking examples ... ERROR
>>> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
>>> The error most likely occurred in:
>>>
>>> > ### Name: prdm
>>> > ### Title: Meu Pacote
>>> > ### Aliases: prdm
>>> >
>>> > ### ** Examples
>>> >
>>> > fdp<- #defina o quem e esta variavel
>>> + fda<- #defina o quem e esta variavel
>>> + chuetes<- #defina o quem e esta variavel
>>> + dados<- #defina qual o conjunto de dados
>>> + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
>>> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
>>> 50000), :
>>> object 'chutes' not found
>>> Calls: prdm -> optim
>>> Execution halted
>>>
>>> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>>>
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>> escreveu:
>>>
>>> Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para
>>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso
>>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes
>>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>>>
>>>
>>>
>>> Obrigado.
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
>>> > escreveu:
>>>
>>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal.
>>> Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>>>
>>>
>>> Obrigado.
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu:
>>>
>>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>>> estamos usando.
>>>
>>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>
>>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>>
>>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>>
>>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd
>>> com algumas mensagens de erro.
>>>
>>> Espero ter te ajudado.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro
>>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>>
>>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>>
>>> * using log directory
>>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>>> * using session charset: UTF-8
>>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>>> * checking extension type ... Package
>>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>>> * checking package namespace information ... OK
>>> * checking package dependencies ... OK
>>> * checking if this is a source package ... OK
>>> * checking if there is a namespace ... OK
>>> * checking for executable files ... OK
>>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>>> * checking installed package size ... OK
>>> * checking package directory ... OK
>>> * checking for portable file names ... OK
>>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>>> * checking top-level files ... OK
>>> * checking index information ... OK
>>> * checking package subdirectories ... OK
>>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>>> * checking R files for syntax errors ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>>> * checking replacement functions ... OK
>>> * checking foreign function calls ... OK
>>> * checking R code for possible problems ... OK
>>> * checking Rd files ... WARNING
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>>> * checking Rd metadata ... OK
>>> * checking Rd cross-references ... OK
>>> * checking for missing documentation entries ... OK
>>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>>> * checking Rd \usage sections ... OK
>>> * checking Rd contents ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>>> * checking examples ... OK
>>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>>> Rd conversion errors:
>>> Warning: unknown option '-'
>>> Warning in file(con, "r") :
>>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>>> directory
>>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>>
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
>>> > escreveu:
>>>
>>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
>>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei
>>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que
>>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código.
>>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar
>>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
>>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por
>>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara
>>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e
>>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos".
>>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção
>>> do pacote que deve ser respeitada?
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>>escreveu:
>>>
>>>
>>>
>>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>>
>>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>>> de submissão?
>>>
>>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto
>>> em
>>> detalhes.
>>>
>>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>>
>>> R CMD check SEU_PACOTE
>>>
>>> e corrija todos os eventuais problemas
>>>
>>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>>> atualizações
>>> > fiquem disponíveis?
>>>
>>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>>
>>> >
>>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
>>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>>> primeira
>>> > vez?
>>> >
>>>
>>> Bem vindo ao Universo do Software livre
>>>
>>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>>> quiser
>>>
>>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>>
>>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>>> livre-se destas preocupacoes
>>>
>>> >
>>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>>
>>> Nao sao somente suas.
>>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>>> controvérsias!
>>>
>>> >
>>> > Obrigado à todos.
>>> > [ ],
>>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>> >
>>> >
>>> >
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>> ------------------------------
>>> If you reply to this email, your message will be added to the
>>> discussion below:
>>>
>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html
>>> To unsubscribe from R-br, click here.
>>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
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>>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>>> reproduz�vel.
>>>
>>>
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>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>
>>>
>>>
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>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>>> reproduz�vel.
>>>
>>> _______________________________________________
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>>> discussion below:
>>>
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>>>
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>>> reproduz�vel.
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>> *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd>
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> If you reply to this email, your message will be added to the
>>> discussion below:
>>>
>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html
>>> To unsubscribe from R-br, click here.
>>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>>
>>>
>>>
>>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=3>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>>> reproduz�vel.
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=4>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>> *anova.fat.dic.Rd* (904 bytes) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657028/0/anova.fat.dic.Rd>
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> If you reply to this email, your message will be added to the
>>> discussion below:
>>>
>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657028.html
>>> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw>
>>> .
>>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
>>>
>>
>>
>
19:00
Novo assunto: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
De novo: veja sua instalação do latex... E aproveite p ler os logs q são
gerados pelo check, eles dizem mais claramente o que é o problema.
On 15 Nov 2012 19:48, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
> *O engraçado é que o pacote instala e funciona sem problemas. Consigo ver
> a documentação em html mas o PDF não foi gerado. Quando dou o R CMD check
> na hora de gerar o pdf ocorre o seguinte erro:*
>
> * checking for missing documentation entries ... OK
> * checking for code/documentation mismatches ... OK
> * checking Rd \usage sections ... OK
> * checking Rd contents ... OK
> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
> * checking examples ... OK
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
> directory
> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>
> *No arquivo 00install.out aparece como se tivesse tudo ok:*
>
> * installing *source* package ‘PRDM’ ...
> ** R
> ** preparing package for lazy loading
> ** help
> *** installing help indices
> ** building package indices
> ** testing if installed package can be loaded
>
> * DONE (PRDM)
>
>
> [ ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 12:47, Pedro Rafael <
> pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
>
>> O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
>> posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
>>
>>
>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>> Rd conversion errors:
>> Warning: unknown option '-'
>> Warning in file(con, "r") :
>>
>>
>> [ ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
>> ml-node+s2285057n4657028h45@n4.nabble.com> escreveu:
>>
>> Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui
>>> e você tenta fazer ele ai.
>>>
>>> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>>>
>>> fat1<-factor(fat1)
>>>
>>> fat2<-factor(fat2)
>>>
>>> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>>>
>>> y<-summary(av)
>>>
>>> return(y)
>>>
>>> }
>>>
>>> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Olá Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
>>> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>>>
>>> * checking examples ... ERROR
>>> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
>>> The error most likely occurred in:
>>>
>>> > ### Name: prdm
>>> > ### Title: Meu Pacote
>>> > ### Aliases: prdm
>>> >
>>> > ### ** Examples
>>> >
>>> > fdp<- #defina o quem e esta variavel
>>> + fda<- #defina o quem e esta variavel
>>> + chuetes<- #defina o quem e esta variavel
>>> + dados<- #defina qual o conjunto de dados
>>> + prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
>>> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
>>> 50000), :
>>> object 'chutes' not found
>>> Calls: prdm -> optim
>>> Execution halted
>>>
>>> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>>>
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>> escreveu:
>>>
>>> Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para
>>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso
>>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes
>>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>>
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>>>
>>>
>>>
>>> Obrigado.
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
>>> > escreveu:
>>>
>>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal.
>>> Será que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>>>
>>>
>>> Obrigado.
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu:
>>>
>>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>>> estamos usando.
>>>
>>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>
>>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>>
>>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>>
>>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd
>>> com algumas mensagens de erro.
>>>
>>> Espero ter te ajudado.
>>>
>>> Att.
>>>
>>> Tiago.
>>>
>>> ------------------------------
>>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro
>>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>>
>>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>>
>>> * using log directory
>>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>>> * using session charset: UTF-8
>>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>>> * checking extension type ... Package
>>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>>> * checking package namespace information ... OK
>>> * checking package dependencies ... OK
>>> * checking if this is a source package ... OK
>>> * checking if there is a namespace ... OK
>>> * checking for executable files ... OK
>>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>>> * checking installed package size ... OK
>>> * checking package directory ... OK
>>> * checking for portable file names ... OK
>>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>>> * checking top-level files ... OK
>>> * checking index information ... OK
>>> * checking package subdirectories ... OK
>>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>>> * checking R files for syntax errors ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>>> * checking replacement functions ... OK
>>> * checking foreign function calls ... OK
>>> * checking R code for possible problems ... OK
>>> * checking Rd files ... WARNING
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>>> * checking Rd metadata ... OK
>>> * checking Rd cross-references ... OK
>>> * checking for missing documentation entries ... OK
>>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>>> * checking Rd \usage sections ... OK
>>> * checking Rd contents ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>>> * checking examples ... OK
>>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>>> Rd conversion errors:
>>> Warning: unknown option '-'
>>> Warning in file(con, "r") :
>>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>>> directory
>>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>>
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
>>> > escreveu:
>>>
>>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
>>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei
>>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que
>>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código.
>>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar
>>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
>>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por
>>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara
>>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e
>>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos".
>>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção
>>> do pacote que deve ser respeitada?
>>>
>>> [ ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>>escreveu:
>>>
>>>
>>>
>>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>>
>>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>>> de submissão?
>>>
>>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto
>>> em
>>> detalhes.
>>>
>>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>>
>>> R CMD check SEU_PACOTE
>>>
>>> e corrija todos os eventuais problemas
>>>
>>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>>> atualizações
>>> > fiquem disponíveis?
>>>
>>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>>
>>> >
>>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
>>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>>> primeira
>>> > vez?
>>> >
>>>
>>> Bem vindo ao Universo do Software livre
>>>
>>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>>> quiser
>>>
>>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>>
>>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>>> livre-se destas preocupacoes
>>>
>>> >
>>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>>
>>> Nao sao somente suas.
>>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>>> controvérsias!
>>>
>>> >
>>> > Obrigado à todos.
>>> > [ ],
>>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>> >
>>> >
>>> >
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>>> código mínimo reproduzível.
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