curva de acumulação de espécies

Oi Estou tentando fazer uma curva de acumulação de espécies com dados de plantas, mas o modelo que achei na apostila "estatistica aplicada a ecologia usando o R", não funciona, então não sei como fazer para os meus dados tb. gostaria de saber se alguem tem um modelo de aplicação de curva de acumulação de espécies ou tb como é chamada curva do coletor. Assim talvez consiga adequar os dados que tenho Desde ja agradeço Att Susi Susamar Pansini Lab. Biogeoquímica Ambiental Wolfgang Christian Pfeiffer Universidade Federal de Rondônia - UNIR Porto Velho-RO Fone: (69) 92652286 De: "r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 19 de Janeiro de 2012 11:00 Assunto: Digest R-br, volume 11, assunto 20 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Dúvida teste (Walmes Zeviani) 2. Distribuição de pareto (Vinicius Brito Rocha) 3. Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Mauro Sznelwar) 4. Re: Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Eder David Borges da Silva) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 18 Jan 2012 15:23:20 -0200 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Peterson Gardin <petersongardin@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Dúvida teste Message-ID: <CAFU=EkZv58NfjgUTg6t=p7Xyjg_=vuUd2Tm6A_c4SSTcJeCktA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Peterson, Digamos assim, o seu não cumprimento à casualização prevista para experimento DIC só faz uma coisa: te tira de uma situação experimental e coloca numa situação observacional. Parece simples mas isso envolve uma série de considerações. Nos experimentos planejados a casualização existe para minimizar viés causado por fontes de variação não controláveis, (manchas de solo, ataque não homogeneo de pragas, incidência não uniforme de luz, etc). Ao casualisar você faz com que uma repetição de A caia no solo fertil, outra no solo ruim, enfim, no final existe um equilíbrio. Havendo esse equilíbrio, o pesquisador pode assegurar que diferenças observadas entre níveis são causados pelos níveis, livres de qualquer outra fonte. Ou seja, pode se usar da expressão "causa efeito". No seu caso não pode. Por que não? Porque se existe algum efeito de linha, esse efeito será confundido com efeito de época. Exemplo: vamos supor que a linha 1 é a mais próxima da bomba de irrigação, então, pelas leis da hidráulica, haverá menor perda de carga, então maior vazão, então a linha 1 receberá mais água, o que pode elevar a produção. A diferença entre Época 1 e Época 4 então serão atenuadas pela irrigação diferencial. Agora, se você garante que não existe fonte de variação de expressão significativa... Só não pode dizer que a causa é a unicamente a época. No seu experimento você não tem repetição do nível época. Você amostra dentro dele. E a variância de amostrar dentro e sempre menor que a variância de uma amostrais entre repetições do mesmo nível. Isso quer dizer que você vai estar comparando efeitos sob uma variância supostamente menor. O estudo do fator época pode ser usando época como métrico (numérico). Mas como são penas 4 épocas, talvez seja forçar a barra. Melhor trabalhar como categórica mesmo. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120118/e0cedbf1/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 2 Date: Thu, 19 Jan 2012 01:05:28 -0200 From: Vinicius Brito Rocha <viniciusbritor@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Distribuição de pareto Message-ID: <CAJSzTecBHNqPXL8cx86RQWBkrqhokrc8Me8d5v+mxMVQvR0VhA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Senhores, estou querendo gerar números a partir da distribuição de Pareto. Baixei o pacote VGAM. Meu problea é gerar dados de acordo com a proposta de que 80% da riqueza está na mão de 20% da sociciedade (no brasil é 90% em 2% rs) Alguem tem alguma noção de qual é a paremetrização para isso? No Pacote VGAM tem varias opões da distribuição de Pareto. Abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/1ca1eaa6/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 3 Date: Thu, 19 Jan 2012 02:36:56 -0200 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar@uol.com.br> To: "R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <002801ccd663$fb4a5200$6400a8c0@mauro> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico" -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/379f050f/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 4 Date: Thu, 19 Jan 2012 08:15:11 -0200 From: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <CALKkXXrbn+inCrPdXPBcmJ4Q3eot_NRMj-wFAESB1SMJUKoccA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 Mauro, se você colocar o: " f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) " dentro do seu loop, creio que seus gráficos vão sair de forma diferente. Att Éder Em 19 de janeiro de 2012 02:36, Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br> escreveu:
f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes
jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico"
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Susi, Já verificou o pdf do pacote (BiodiversityR)? Acho que pode ajudar! Abraço! Nory Daniel Erazo Em 19 de janeiro de 2012 11:11, Susamar Pansini <susa_unir@yahoo.com.br>escreveu:
Oi Estou tentando fazer uma curva de acumulação de espécies com dados de plantas, mas o modelo que achei na apostila "estatistica aplicada a ecologia usando o R", não funciona, então não sei como fazer para os meus dados tb. gostaria de saber se alguem tem um modelo de aplicação de curva de acumulação de espécies ou tb como é chamada curva do coletor. Assim talvez consiga adequar os dados que tenho Desde ja agradeço Att Susi
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Tópicos de Hoje:
1. Re: Dúvida teste (Walmes Zeviani) 2. Distribuição de pareto (Vinicius Brito Rocha) 3. Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Mauro Sznelwar) 4. Re: Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Eder David Borges da Silva)
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Message: 1 Date: Wed, 18 Jan 2012 15:23:20 -0200 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Peterson Gardin <petersongardin@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Dúvida teste Message-ID: <CAFU=EkZv58NfjgUTg6t=p7Xyjg_=vuUd2Tm6A_c4SSTcJeCktA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Peterson,
Digamos assim, o seu não cumprimento à casualização prevista para experimento DIC só faz uma coisa: te tira de uma situação experimental e coloca numa situação observacional. Parece simples mas isso envolve uma série de considerações. Nos experimentos planejados a casualização existe para minimizar viés causado por fontes de variação não controláveis, (manchas de solo, ataque não homogeneo de pragas, incidência não uniforme de luz, etc). Ao casualisar você faz com que uma repetição de A caia no solo fertil, outra no solo ruim, enfim, no final existe um equilíbrio. Havendo esse equilíbrio, o pesquisador pode assegurar que diferenças observadas entre níveis são causados pelos níveis, livres de qualquer outra fonte. Ou seja, pode se usar da expressão "causa efeito".
No seu caso não pode. Por que não? Porque se existe algum efeito de linha, esse efeito será confundido com efeito de época. Exemplo: vamos supor que a linha 1 é a mais próxima da bomba de irrigação, então, pelas leis da hidráulica, haverá menor perda de carga, então maior vazão, então a linha 1 receberá mais água, o que pode elevar a produção. A diferença entre Época 1 e Época 4 então serão atenuadas pela irrigação diferencial. Agora, se você garante que não existe fonte de variação de expressão significativa... Só não pode dizer que a causa é a unicamente a época. No seu experimento você não tem repetição do nível época. Você amostra dentro dele. E a variância de amostrar dentro e sempre menor que a variância de uma amostrais entre repetições do mesmo nível. Isso quer dizer que você vai estar comparando efeitos sob uma variância supostamente menor.
O estudo do fator época pode ser usando época como métrico (numérico). Mas como são penas 4 épocas, talvez seja forçar a barra. Melhor trabalhar como categórica mesmo.
À disposição. Walmes.
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Message: 2 Date: Thu, 19 Jan 2012 01:05:28 -0200 From: Vinicius Brito Rocha <viniciusbritor@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Distribuição de pareto Message-ID: <CAJSzTecBHNqPXL8cx86RQWBkrqhokrc8Me8d5v+mxMVQvR0VhA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Senhores,
estou querendo gerar números a partir da distribuição de Pareto. Baixei o pacote VGAM. Meu problea é gerar dados de acordo com a proposta de que 80% da riqueza está na mão de 20% da sociciedade (no brasil é 90% em 2% rs)
Alguem tem alguma noção de qual é a paremetrização para isso? No Pacote VGAM tem varias opões da distribuição de Pareto.
Abs
-- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional
www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor
"Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/1ca1eaa6/attac...
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Message: 3 Date: Thu, 19 Jan 2012 02:36:56 -0200 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar@uol.com.br> To: "R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <002801ccd663$fb4a5200$6400a8c0@mauro> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes
jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480)
for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico"
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Message: 4 Date: Thu, 19 Jan 2012 08:15:11 -0200 From: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <CALKkXXrbn+inCrPdXPBcmJ4Q3eot_NRMj-wFAESB1SMJUKoccA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
Mauro, se você colocar o: " f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) " dentro do seu loop, creio que seus gráficos vão sair de forma diferente. Att Éder
Em 19 de janeiro de 2012 02:36, Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br> escreveu:
f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8))
n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes
jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico"
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-- Nory Daniel de Carvalho Erazo Técnico em Sistemática Vegetal/Herbário Coordenação de Pesquisas em Biodiversidade Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia-INPA Av. André Araújo, 2936, Aleixo, CEP 69060-001, Manaus-AM Fone: (92) 3643-3125 Celular: (92) 9378-7592 E-mail: norydaniel@gmail.com <norydaniel@gmail.com>nory@inpa.gov.br

Também veja a função specaccum do pacote vegan, tem vários métodos de curvas de acumulação disponíveis. Rodrigo Em 19/01/2012, às 13:11, Susamar Pansini <susa_unir@yahoo.com.br> escreveu: Oi Estou tentando fazer uma curva de acumulação de espécies com dados de plantas, mas o modelo que achei na apostila "estatistica aplicada a ecologia usando o R", não funciona, então não sei como fazer para os meus dados tb. gostaria de saber se alguem tem um modelo de aplicação de curva de acumulação de espécies ou tb como é chamada curva do coletor. Assim talvez consiga adequar os dados que tenho Desde ja agradeço Att Susi *Susamar Pansini *Lab. Biogeoquímica Ambiental Wolfgang Christian Pfeiffer Universidade Federal de Rondônia - UNIR Porto Velho-RO Fone: (69) 92652286 *De:* "r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
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------------------------------ Message: 4 Date: Thu, 19 Jan 2012 08:15:11 -0200 From: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <CALKkXXrbn+inCrPdXPBcmJ4Q3eot_NRMj-wFAESB1SMJUKoccA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 Mauro, se você colocar o: " f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) " dentro do seu loop, creio que seus gráficos vão sair de forma diferente. Att Éder Em 19 de janeiro de 2012 02:36, Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br> escreveu:
f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8))
n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes
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