Problema de memória: MATRIZES GIGANTES
Gente... Tô com outro problema. Agora é em relação à memória do R. Não tô conseguindo gerar matrizes grandes (no meu caso são gigantes, na casa dos milhões de linhas por dezenas de colunas). Alguma dica?? Dá pra aumentar a memória utilizada no R (tenho um processador I5)?? E em computadores mais "fraquinhos", como faço?? Abraços!! -- Prof. Márcio Souza, M.Sc. (DE/UFJF) www.profmsouza.blogspot.com http://lattes.cnpq.br/4578008002785684
defina gigantes. eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas. vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos? que OS? qto de RAM? que operacoes precisa na matriz? b
Tentei rodar: expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb O que posso fazer?? Alguma sugestão? p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória... Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com
escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos?
que OS? qto de RAM? que operacoes precisa na matriz?
b
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-- Prof. Márcio Souza, M.Sc. (DE/UFJF) www.profmsouza.blogspot.com http://lattes.cnpq.br/4578008002785684
Faltou informacao sobre o seu OS... que imagino ser Windows, muito provavelmente 32 bits. O problema e' que ele (Win32) restringe o uso de memoria de processos a, no max, algo em torno de 2.5GB... e o expand.grid() gosta um bocado de memoria RAM. Talvez, para esse caso especifico, vc tenha mais sorte criando o objeto manualmente com um bocado de for() aninhado... Se o seu OS fosse 64 bits, voce deveria conseguir fazer isso sem problemas... (eu consegui, no meu laptop, usando apenas 2GB de RAM - visto q o restante estou usando em outras coisas... o objecto, depois de criado, usa bem menos espaco) b 2011/8/23 Márcio Luís Moreira de Souza <souza.mlm@gmail.com>
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos?
que OS? qto de RAM? que operacoes precisa na matriz?
b
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Ok, sr. Carvalho. Na próxima vez, formularei melhor minha pergunta... No mais, muito obrigado pela boa vontade. No que precisar, estaremos às ordens. Abraços! Em 23 de agosto de 2011 18:03, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com
escreveu:
Faltou informacao sobre o seu OS... que imagino ser Windows, muito provavelmente 32 bits.
O problema e' que ele (Win32) restringe o uso de memoria de processos a, no max, algo em torno de 2.5GB... e o expand.grid() gosta um bocado de memoria RAM.
Talvez, para esse caso especifico, vc tenha mais sorte criando o objeto manualmente com um bocado de for() aninhado...
Se o seu OS fosse 64 bits, voce deveria conseguir fazer isso sem problemas... (eu consegui, no meu laptop, usando apenas 2GB de RAM - visto q o restante estou usando em outras coisas... o objecto, depois de criado, usa bem menos espaco)
b
2011/8/23 Márcio Luís Moreira de Souza <souza.mlm@gmail.com>
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos?
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b
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Existe um projeto em R, com respectivo pacote, denominado BigMemory (www.* bigmemory*.org/) que serve exatamente para isso. Nem todas as funções do R estão disponíveis nesse projeto no entanto as principais funções de manipulação de dados está implementada. Atenciosamente Henrique Em 23 de agosto de 2011 17:01, Márcio Luís Moreira de Souza < souza.mlm@gmail.com> escreveu:
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
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b
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bigmemory nao trabalha(va) com data.frames... entao vc vai precisar de uma conversao, caso faca-se necessario um data.frame. 2011/8/23 Henrique Leme Felizatti <henrique.estatistica@gmail.com>
Existe um projeto em R, com respectivo pacote, denominado BigMemory (www.* bigmemory*.org/) que serve exatamente para isso. Nem todas as funções do R estão disponíveis nesse projeto no entanto as principais funções de manipulação de dados está implementada.
Atenciosamente
Henrique
Em 23 de agosto de 2011 17:01, Márcio Luís Moreira de Souza < souza.mlm@gmail.com> escreveu:
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
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Olá, Henrique! Muito obrigado pela atenção. Darei uma olhada. Abração!! Em 23 de agosto de 2011 18:05, Henrique Leme Felizatti < henrique.estatistica@gmail.com> escreveu:
Existe um projeto em R, com respectivo pacote, denominado BigMemory (www.* bigmemory*.org/) que serve exatamente para isso. Nem todas as funções do R estão disponíveis nesse projeto no entanto as principais funções de manipulação de dados está implementada.
Atenciosamente
Henrique
Em 23 de agosto de 2011 17:01, Márcio Luís Moreira de Souza < souza.mlm@gmail.com> escreveu:
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
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Caros, Também estou enfrentando um problema e memória e encontrei um software chamado Revolution R Enterprise (http://www.revolutionanalytics.com/) que é compatível com o R, mas permite análise de grandes bancos de dados; ele é pago, mas tem licença gratuita para acadêmicos. Ainda não testei (acabei de instalar), mas segue a dica se alguém se interessar. Abraços, Em 23 de agosto de 2011 20:03, Márcio Luís Moreira de Souza < souza.mlm@gmail.com> escreveu:
Olá, Henrique!
Muito obrigado pela atenção. Darei uma olhada.
Abração!!
Em 23 de agosto de 2011 18:05, Henrique Leme Felizatti < henrique.estatistica@gmail.com> escreveu:
Existe um projeto em R, com respectivo pacote, denominado BigMemory (www.*
bigmemory*.org/) que serve exatamente para isso. Nem todas as funções do R estão disponíveis nesse projeto no entanto as principais funções de manipulação de dados está implementada.
Atenciosamente
Henrique
Em 23 de agosto de 2011 17:01, Márcio Luís Moreira de Souza < souza.mlm@gmail.com> escreveu:
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos?
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-- Alexandre Castagna Mourão e Lima Laboratório de Radioecologia e Mudanças Globais - UERJ Rua São Francisco Xavier, 524, Maracanã Pav. Haroldo Lisboa da Cunha, Sub-solo
Sim, o Revolution R é bom mas novas mudanças demoram mais para chegar nele, como novos pacotes, correções, etc. Pedro Em 24 de agosto de 2011 18:06, Alexandre Castagna [via R-br] < ml-node+3766656-34166862-223914@n4.nabble.com> escreveu:
Caros,
Também estou enfrentando um problema e memória e encontrei um software chamado Revolution R Enterprise (http://www.revolutionanalytics.com/) que é compatível com o R, mas permite análise de grandes bancos de dados; ele é pago, mas tem licença gratuita para acadêmicos. Ainda não testei (acabei de instalar), mas segue a dica se alguém se interessar.
Abraços,
Em 23 de agosto de 2011 20:03, Márcio Luís Moreira de Souza <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=0>> escreveu:
Olá, Henrique!
Muito obrigado pela atenção. Darei uma olhada.
Abração!!
Em 23 de agosto de 2011 18:05, Henrique Leme Felizatti <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=1>
escreveu:
Existe um projeto em R, com respectivo pacote, denominado BigMemory (www.
*bigmemory*.org/) que serve exatamente para isso. Nem todas as funções do R estão disponíveis nesse projeto no entanto as principais funções de manipulação de dados está implementada.
Atenciosamente
Henrique
Em 23 de agosto de 2011 17:01, Márcio Luís Moreira de Souza <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=2>> escreveu:
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
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p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=3>
escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos?
que OS? qto de RAM? que operacoes precisa na matriz?
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_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=4> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Problema-de-memoria-MATRIZES-GIGANTES... To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=cGVkcm8ucmFmYWVsLm1hcmluaG9AZ21haWwuY29tfDMzNTc5ODJ8NTAyMjI0MDYw>.
-- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6
Se não me engano, há um tempo atrás correu na lista o mesmo problema e me lembro de terem citado uma solução que fazia o R trabalhar com dados reescrevendo e lendo do disco, permitindo a análise de bancos maiores, mas com custo de tempo de processamento. Em 24 de agosto de 2011 19:56, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>escreveu:
Sim, o Revolution R é bom mas novas mudanças demoram mais para chegar nele, como novos pacotes, correções, etc.
Pedro
Em 24 de agosto de 2011 18:06, Alexandre Castagna [via R-br] < ml-node+3766656-34166862-223914@n4.nabble.com> escreveu:
Caros,
Também estou enfrentando um problema e memória e encontrei um software chamado Revolution R Enterprise (http://www.revolutionanalytics.com/) que é compatível com o R, mas permite análise de grandes bancos de dados; ele é pago, mas tem licença gratuita para acadêmicos. Ainda não testei (acabei de instalar), mas segue a dica se alguém se interessar.
Abraços,
Em 23 de agosto de 2011 20:03, Márcio Luís Moreira de Souza <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=0>> escreveu:
Olá, Henrique!
Muito obrigado pela atenção. Darei uma olhada.
Abração!!
Em 23 de agosto de 2011 18:05, Henrique Leme Felizatti <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=1>
escreveu:
Existe um projeto em R, com respectivo pacote, denominado BigMemory (
www.*bigmemory*.org/) que serve exatamente para isso. Nem todas as funções do R estão disponíveis nesse projeto no entanto as principais funções de manipulação de dados está implementada.
Atenciosamente
Henrique
Em 23 de agosto de 2011 17:01, Márcio Luís Moreira de Souza <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=2>>escreveu:
Tentei rodar:
expand.grid(1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5,1:5)E deu o resultado Error: cannot allocate vector of size 186.3 Mb
O que posso fazer?? Alguma sugestão?
p.s.: tal comando geraria um data.frame com números inteiros. Meu PC é HP pavilon (processador I5), 4 Gb de memória...
Em 23 de agosto de 2011 16:30, Benilton Carvalho <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3766656&i=3>
escreveu:
defina gigantes.
eu trabalho com 7M+ linhas e centenas de colunas diariamente e sem problemas.
vc precisa ser especifico com o seu problema. matrizes de reais? inteiros? logicos?
que OS? qto de RAM? que operacoes precisa na matriz?
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-- Alexandre Castagna Mourão e Lima Laboratório de Radioecologia e Mudanças Globais - UERJ Rua São Francisco Xavier, 524, Maracanã Pav. Haroldo Lisboa da Cunha, Sub-solo
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-- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6
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participantes (5)
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Alexandre Castagna -
Benilton Carvalho -
Henrique Leme Felizatti -
Márcio Luís Moreira de Souza -
Pedro Rafael