
Olá, pessoal. Estou usando a função pairwise.fst() do pacote adegenet. Eu a uso porque ela implementa uma forma de computar Fst independente da ploidia dos dados, diferentemente de Fst() implementado no pegas. No entanto, para meus propósitos, ela demora muito tempo. Gostaria de saber se algum de vocês conhece algum outro pacote que faça o mesmo cálculo mais rápido, alguma implementação em C para esta, ou alguma forma de diminuir o tempo de processamento significativamente. Desde já, muito obrigado. Abraços, Ricardo Fernandes Campos Junior Departamento de Genética e Biologia Evolutiva Universidade de São Paulo

Ricardo, Com um exemplo reproduzível fica mais fácil nós ajudarmos! Valeu! Fábio Mathias Corrêa Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia Tel.: 73-3680-5076 ________________________________ De: Ricardo Fernandes Campos Junior <ricardofcj@gmail.com> Para: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Domingo, 2 de Outubro de 2011 21:51 Assunto: [R-br] Tempo de Processamento Olá, pessoal. Estou usando a função pairwise.fst() do pacote adegenet. Eu a uso porque ela implementa uma forma de computar Fst independente da ploidia dos dados, diferentemente de Fst() implementado no pegas. No entanto, para meus propósitos, ela demora muito tempo. Gostaria de saber se algum de vocês conhece algum outro pacote que faça o mesmo cálculo mais rápido, alguma implementação em C para esta, ou alguma forma de diminuir o tempo de processamento significativamente. Desde já, muito obrigado. Abraços, Ricardo Fernandes Campos Junior Departamento de Genética e Biologia Evolutiva Universidade de São Paulo _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

Como exemplo reproduzível: data(nancycats) pairwise.fst(nancycats) Vou dar uma olhada, Benilton. Obrigado. Abraços. Em 3 de outubro de 2011 06:33, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com
escreveu:
vcftools (nao eh um pacote em R) possui uma versao alfa p fst _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Abraços, Ricardo Fernandes Campos Junior
participantes (3)
-
Benilton Carvalho
-
Fabio Mathias Corrêa
-
Ricardo Fernandes Campos Junior