Empilhar arquivos de um diretório em arquivo único
Boa tarde colegas listeiros, como vão? Estou buscando unir diversos arquivos .txt de determinados diretórios num arquivo único. Todos os diretórios tem o mesmo número de arquivos (10) e cada um deles tem o mesmo numero de linhas e de colunas (36 x 23), de forma que o arquivo final gerado deveria ser um objeto de dimensão 360 x 23. Entretanto, em algum ponto, o comando não funciona de modo correto e o arquivo final gerado nunca bate com o desejado. Segue o código: (*em anexo, seguem os arquivos de um dos diretórios para teste*) rm(list = ls()) raiz = "C:\\Users\\Yury\\Desktop\\" x = "NASA" setwd(paste0(raiz, x)) #--------------------Juntar Arquivos num Unico .txt--------------------# for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){ A1 = read.table(dir(paste0(raiz, x))[i], header = T, sep = "\t"); head(A1) if(i == 1){ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = T, row.names = F) } else{ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = F, row.names = F) } print (paste0(i, ' ok')) } Desde já, agradeço pela ajuda! Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP
Olá Yury, Se na pasta NASA estiver somente os arquivos que você deseja combinar, você pode tentar fazer o seguinte: raiz = "C:\\Users\\Yury\\Desktop\\" x = "NASA" setwd(paste0(raiz, x)) txt_files <- list.files(full.names = T, recursive = T, pattern = "\\.txt$") list_read <- lapply(txt_files, read.table, header = T, sep = "\t") df_read <- do.call(rbind, list_read) write.table(df_read, 'dados_completo.txt', sep = "\t", append = T, col.names = F, row.names = F) Abraço On Mon, Feb 26, 2018 at 3:22 PM Yury Duarte via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Boa tarde colegas listeiros, como vão?
Estou buscando unir diversos arquivos .txt de determinados diretórios num arquivo único. Todos os diretórios tem o mesmo número de arquivos (10) e cada um deles tem o mesmo numero de linhas e de colunas (36 x 23), de forma que o arquivo final gerado deveria ser um objeto de dimensão 360 x 23. Entretanto, em algum ponto, o comando não funciona de modo correto e o arquivo final gerado nunca bate com o desejado.
Segue o código: (*em anexo, seguem os arquivos de um dos diretórios para teste*)
rm(list = ls())
raiz = "C:\\Users\\Yury\\Desktop\\" x = "NASA"
setwd(paste0(raiz, x))
#--------------------Juntar Arquivos num Unico .txt--------------------# for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){
A1 = read.table(dir(paste0(raiz, x))[i], header = T, sep = "\t"); head(A1) if(i == 1){ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = T, row.names = F) } else{ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = F, row.names = F) } print (paste0(i, ' ok')) }
Desde já, agradeço pela ajuda!
Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Luís G. Silva e Silva
Yury, Como a resposta do Luis é uma solução diferente, apenas comento o seguinte: *caveat emptor* raciocínio em cima do código sem testar. A linha de código: * for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){ * Ao ler o diretório n vezes, na segunda passada passará a ver um arquivo adicional "NASA.txt", certo? e você não vai querer que ele seja incluso no meio de "londrina.txt" e "pelotas.txt", não é? Quais mensagens e qual resultados das impressões " print (paste0(i, ' ok'))" você obteve? 2018-02-26 15:22 GMT-03:00 Yury Duarte via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>:
Boa tarde colegas listeiros, como vão?
Estou buscando unir diversos arquivos .txt de determinados diretórios num arquivo único. Todos os diretórios tem o mesmo número de arquivos (10) e cada um deles tem o mesmo numero de linhas e de colunas (36 x 23), de forma que o arquivo final gerado deveria ser um objeto de dimensão 360 x 23. Entretanto, em algum ponto, o comando não funciona de modo correto e o arquivo final gerado nunca bate com o desejado.
Segue o código: (*em anexo, seguem os arquivos de um dos diretórios para teste*)
rm(list = ls())
raiz = "C:\\Users\\Yury\\Desktop\\" x = "NASA"
setwd(paste0(raiz, x))
#--------------------Juntar Arquivos num Unico .txt--------------------# for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){
A1 = read.table(dir(paste0(raiz, x))[i], header = T, sep = "\t"); head(A1) if(i == 1){ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = T, row.names = F) } else{ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = F, row.names = F) } print (paste0(i, ' ok')) }
Desde já, agradeço pela ajuda!
Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP
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Boa tarde Luis e Cesar. Antes de mais nada, obrigado por apresentar essa nova abordagem, Luis. O resultado desse código foi exatamente o que eu esperava obter com o que apresentei no corpo do email. Cesar, as saidas que obtive ao rodar o comando print foram: [1] "1 - ok!" [1] "2 - ok!" [1] "3 - ok!" [1] "4 - ok!" [1] "5 - ok!" [1] "6 - ok!" [1] "7 - ok!" [1] "8 - ok!" [1] "9 - ok!" [1] "10 - ok!" [1] "11 - ok!" Warning messages: 1: In write.table(A1, paste0(raiz, x, "\\", x, ".txt"), sep = "\t", : appending column names to file Não soube como interpretar essa advertência, se puder me ajudar a entender o erro nesse código, seria de grande ajuda. Mais uma vez, agradeço pela colaboração de todos! Att Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP Em 26 de fevereiro de 2018 16:24, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Yury,
Como a resposta do Luis é uma solução diferente, apenas comento o seguinte:
*caveat emptor* raciocínio em cima do código sem testar. A linha de código:
* for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){ *
Ao ler o diretório n vezes, na segunda passada passará a ver um arquivo adicional "NASA.txt", certo? e você não vai querer que ele seja incluso no meio de "londrina.txt" e "pelotas.txt", não é?
Quais mensagens e qual resultados das impressões " print (paste0(i, ' ok'))" você obteve?
2018-02-26 15:22 GMT-03:00 Yury Duarte via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> :
Boa tarde colegas listeiros, como vão?
Estou buscando unir diversos arquivos .txt de determinados diretórios num arquivo único. Todos os diretórios tem o mesmo número de arquivos (10) e cada um deles tem o mesmo numero de linhas e de colunas (36 x 23), de forma que o arquivo final gerado deveria ser um objeto de dimensão 360 x 23. Entretanto, em algum ponto, o comando não funciona de modo correto e o arquivo final gerado nunca bate com o desejado.
Segue o código: (*em anexo, seguem os arquivos de um dos diretórios para teste*)
rm(list = ls())
raiz = "C:\\Users\\Yury\\Desktop\\" x = "NASA"
setwd(paste0(raiz, x))
#--------------------Juntar Arquivos num Unico .txt--------------------# for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){
A1 = read.table(dir(paste0(raiz, x))[i], header = T, sep = "\t"); head(A1) if(i == 1){ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = T, row.names = F) } else{ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = F, row.names = F) } print (paste0(i, ' ok')) }
Desde já, agradeço pela ajuda!
Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP
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OK, Yuri. A advertência é *benigna* ela está informando que não faz sentido ao mesmo tempo
write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", *append = T*, *col.names =* T, row.names = F) ou seja: adicionar linhas e ter nomes de colunas, lembre-se que *o código não sabe que essa é a primeira escrita*!
Para mim, mais sintomático é que o nº índice da última iteração do *loop* é 11 em vez do dez esperado para dez arquivos no RAR que você anexou. Para provar que sabemos como remediar, você pode tentar: 1) no if(i == 1){ colocar append = F na chamada a write.table; e 2) nas duas chamadas a write.table, mudar a extensão do arquivo pra algo diferente (por exemplo tsv) e rodar o script. HTH (de novo pensado sem testes...) -- Cesar Rabak 2018-02-26 16:31 GMT-03:00 Yury Duarte <yurynepomuceno@gmail.com>:
Boa tarde Luis e Cesar.
Antes de mais nada, obrigado por apresentar essa nova abordagem, Luis. O resultado desse código foi exatamente o que eu esperava obter com o que apresentei no corpo do email.
Cesar, as saidas que obtive ao rodar o comando print foram:
[1] "1 - ok!" [1] "2 - ok!" [1] "3 - ok!" [1] "4 - ok!" [1] "5 - ok!" [1] "6 - ok!" [1] "7 - ok!" [1] "8 - ok!" [1] "9 - ok!" [1] "10 - ok!" [1] "11 - ok!" Warning messages: 1: In write.table(A1, paste0(raiz, x, "\\", x, ".txt"), sep = "\t", : appending column names to file
Não soube como interpretar essa advertência, se puder me ajudar a entender o erro nesse código, seria de grande ajuda.
Mais uma vez, agradeço pela colaboração de todos!
Att
Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP
Em 26 de fevereiro de 2018 16:24, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Yury,
Como a resposta do Luis é uma solução diferente, apenas comento o seguinte:
*caveat emptor* raciocínio em cima do código sem testar. A linha de código:
* for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){ *
Ao ler o diretório n vezes, na segunda passada passará a ver um arquivo adicional "NASA.txt", certo? e você não vai querer que ele seja incluso no meio de "londrina.txt" e "pelotas.txt", não é?
Quais mensagens e qual resultados das impressões " print (paste0(i, ' ok'))" você obteve?
2018-02-26 15:22 GMT-03:00 Yury Duarte via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br
:
Boa tarde colegas listeiros, como vão?
Estou buscando unir diversos arquivos .txt de determinados diretórios num arquivo único. Todos os diretórios tem o mesmo número de arquivos (10) e cada um deles tem o mesmo numero de linhas e de colunas (36 x 23), de forma que o arquivo final gerado deveria ser um objeto de dimensão 360 x 23. Entretanto, em algum ponto, o comando não funciona de modo correto e o arquivo final gerado nunca bate com o desejado.
Segue o código: (*em anexo, seguem os arquivos de um dos diretórios para teste*)
rm(list = ls())
raiz = "C:\\Users\\Yury\\Desktop\\" x = "NASA"
setwd(paste0(raiz, x))
#--------------------Juntar Arquivos num Unico .txt--------------------# for(i in 1:length(dir(paste0(raiz, x)))){
A1 = read.table(dir(paste0(raiz, x))[i], header = T, sep = "\t"); head(A1) if(i == 1){ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = T, row.names = F) } else{ write.table(A1, paste0(raiz, x, '\\', x,'.txt'), sep = "\t", append = T, col.names = F, row.names = F) } print (paste0(i, ' ok')) }
Desde já, agradeço pela ajuda!
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