Re: [R-br] Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis
Neto, acho que seu exemplo não é reproduzível. Veja. require(graphics) require(utils) clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043")soca35 <- matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Esse daqui pessoal é da onde eu copio e colo minha matriz de Mahalanobis do Excel # Erro em scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, : scan() esperava 'a real', obteve 'require(graphics)' Não estaria faltando o arquivo "clipboard"? De qualquer maneiro, nos envie um Código mínimo reproduzível (CMR) para que possamos ajudá-lo. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman@yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924
Primeiramente obrigado Allaman pela ajuda. Segundo, desculpe algumas falhas sobre a conduta de postagem aqui na lista, como era meu primeiro post eu não me atentei a esses detalhes, com o aprendizado eu vou melhorando, novamente peço desculpas à todos. Allaman, realmente está faltando o clipboard, adicionei a tabela com a matriz de mahalanobis no endereço abaixo caso queira reproduzi-lo: http://www.datafilehost.com/download-d830e51c.html Esqueci de citar na mensagem anterior que a versão que eu uso do R é a 2.11.1 Peço, se cometer muitos erros, que tenham paciência com quem está aprendendo agora o R, ok? require(graphics) require(utils) clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486", "RB946022","RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073", "RB72454","SP80-1816","RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847", "RB855453","TUC77-42","SP70-2233","RB931555","RB835054","RB855206", "RB925345","RB8317","RB947501","RB93509","RB813804","RB855113", "RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197","RB835089", "RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143", "RB855036","IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350", "RB966928","RB912850","RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064", "RB721012","SP79-1011","SP801842","IAC52-326","RB935915","RB806043") #Abrir agora o arquivo disponibilizado na pagina fornecida para o uso do comando clipboard # soca35 <- matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Aqui eu não consegui Mahalanobis, coloquei distância euclidiana para dar continuidade somente# x=dist(soca35,method="euclidean") hc=hclust(x,method="average") (dend1=as.dendrogram(hc)) plot(dend1,horiz=TRUE,edge.root=TRUE) abline(v=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) # esse número 96.45 é segundo um coeficiente de Mojita que me aconselha onde deve ser cortar o cluster # São 3 problemas nessa linha: 1º eu não consigo colocar o vetor com os nomes dos clones nos respectivos números no dendrograma; 2º a escala da distância está terminando em 150 e deveria estar um pouco mais estendida indo até 160 pelo menos; 3º não consegui usar Mahalanobis, tive que usar Euclidiana para dar prosseguimento na análise A outra linha de comando seria: require(cluster) #Abrir agora o arquivo disponibilizado na pagina fornecida para o uso do comando clipboard # soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) is.matrix(soca35) sc=agnes(soca35,method="average",metric="mahalanobis",stand=FALSE) #Clones# clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043") dendro=as.dendrogram(as.hclust(sc)) pltree(sc,labels=clones,ylab="Distância",main="Dendograma ... ") abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) Problemas: Aqui é o inverso do primeiro caso: 1º) Quando consigo colocar o nome das indivíduos, no comando pltree() não consigo deixar na horizontal como no primeiro exemplo; 2º Desconfio que não esteja usando a matriz de Mahalanobis no comando agnes(), pois como não acusa erro, se retirar o metric="mahalanobis" também funciona, gerando o mesmo resultado, por default deve ser Euclidiana. Reiterando no email passado, gostaria de encontrar um gráfico como no trabalho abaixo (Figura 2): http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452 No qual ele usa a biblioteca pgirmess, a qual não obtive muito sucesso, como no comando pvclust() também não. Allaman, fazendo o download do arquivo de dados, as linhas de comando estão todas reproduzíveis, espero que estejam em CMR também, ok? Alguma sugestão para a minha dúvida? Abraços
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Ivan Bezerra Allaman -
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