Fwd: ks.test e dados efeitos alelopáticos
Olá, Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém zeros em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores crescentes até 100. Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties): "Mensagens de aviso perdidas: In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, : cannot compute exact p-values with ties" Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer comparações com dados dessa natureza? Muito obrigada! -- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de germinacoes por dia. Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes que voce deseja fazer. Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez, voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e coleta), e' dificil alguem poder te ajudar. b Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá,
Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém zeros em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores crescentes até 100.
Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
"Mensagens de aviso perdidas: In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, : cannot compute exact p-values with ties"
Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer comparações com dados dessa natureza? Muito obrigada!
-- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
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Olá, Benilton, Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações. Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação de sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de sementes germinadas em cada tratamento por dia. _______ Exemplo do formato dos dados
alelo$time #variável X (tempo em horas) [1] 24 48 72 96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360 alelo$control #exemplo dos dados [1] 91 95 96 98 98 99 99 99 99 99 100 100 100 100 100 alelo$v200 [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 alelo$s100 [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58 alelo$v200ph [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5 . . . ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você sugere um GLM? Espero que tenha ficado mais claro agora. Obrigada pela ajuda. Polliana. Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>escreveu:
Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de germinacoes por dia.
Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes que voce deseja fazer.
Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez, voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
b
Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá,
Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém zeros em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores crescentes até 100.
Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
"Mensagens de aviso perdidas: In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, : cannot compute exact p-values with ties"
Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer comparações com dados dessa natureza? Muito obrigada!
-- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
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-- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
Para que alguem possa reproduzir o que vc quer dizer (se vc nao se importar com confidencialidade dos dados), eu sugiro que vc poste o resultado de: dput(alelo) Se nao quiser colocar seus dados aqui, crie um conjunto de dados de exemplo (q "finja" ser os seus dados originais) e poste o resultado de dput, conforme acima. Definitivamente (pelo menos da forma q vc esta' utilizando), Kolmogorov-Smirnov nao e' adequado... Se vc ler o manual do comando, vera' que ele so' aceita 2 grupos por vez. E, apesar de vc nao dizer explicitamente, eu imagino que vc queira testar as diferentes colunas do data.frame alelo (control, ph5.7, v100, v200, etc). Certamente, havera' pessoas interessadas em te dar sugestoes. Apesar de eu nao recomendar um metodo em particular, acho valido vc olhar as tecnicas que descrevi no meu email anterior. Para usa-las, voce precisara' "melt" os dados (o exemplo abaixo e' o mais simples, para casos nos quais vc nao tenha a variavel 'tempo', entao sera' necessario estudar o funcionamento do "melt" para faze-lo funcionar direitinho)... library(reshape2) novosDados = melt(alelo) E, entao, usar 'novosDados' para a modelagem... Voce basicamente faria um modelo parecido com: germinados ~ hora + tratamento ou ate' germinados ~ hora * tratamento Se vc estiver fazendo isso sozinha, e' definitivamente importante que voce estude a teoria destes modelos (ao inves de simplesmente usar o que postarem aqui, pois cada caso e' um caso). Se vc estiver fazendo isso com o acompanhamento de um estatistico (recomendado!), consulte-o a respeito das alternativas recomendadas por ele e suas implementacoes em R. Mas os modelos que mencionei anteriormente (Poisson, Binomial Negativa... e, possivelmente ambos com inflacao no zero) sao estrategias comumente consideradas em casos similares. b b Em 30 de maio de 2013 14:36, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá, Benilton, Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações. Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação de sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de sementes germinadas em cada tratamento por dia. _______ Exemplo do formato dos dados
alelo$time #variável X (tempo em horas) [1] 24 48 72 96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360 alelo$control #exemplo dos dados [1] 91 95 96 98 98 99 99 99 99 99 100 100 100 100 100 alelo$v200 [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 alelo$s100 [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58 alelo$v200ph [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5 . . . ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você sugere um GLM? Espero que tenha ficado mais claro agora. Obrigada pela ajuda. Polliana.
Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de germinacoes por dia.
Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes que voce deseja fazer.
Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez, voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
b
Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá,
Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém zeros em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores crescentes até 100.
Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
"Mensagens de aviso perdidas: In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, : cannot compute exact p-values with ties"
Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer comparações com dados dessa natureza? Muito obrigada!
-- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
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Oi, Benilton, Obrigada. Já venho estudando sobre GLMs e continuarei buscando informações sobre essas características dos meus dados para conseguir montar um modelo apropriado. Valeu pelas informações! Polliana. Em 30 de maio de 2013 14:56, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>escreveu:
Para que alguem possa reproduzir o que vc quer dizer (se vc nao se importar com confidencialidade dos dados), eu sugiro que vc poste o resultado de:
dput(alelo)
Se nao quiser colocar seus dados aqui, crie um conjunto de dados de exemplo (q "finja" ser os seus dados originais) e poste o resultado de dput, conforme acima.
Definitivamente (pelo menos da forma q vc esta' utilizando), Kolmogorov-Smirnov nao e' adequado... Se vc ler o manual do comando, vera' que ele so' aceita 2 grupos por vez. E, apesar de vc nao dizer explicitamente, eu imagino que vc queira testar as diferentes colunas do data.frame alelo (control, ph5.7, v100, v200, etc).
Certamente, havera' pessoas interessadas em te dar sugestoes. Apesar de eu nao recomendar um metodo em particular, acho valido vc olhar as tecnicas que descrevi no meu email anterior. Para usa-las, voce precisara' "melt" os dados (o exemplo abaixo e' o mais simples, para casos nos quais vc nao tenha a variavel 'tempo', entao sera' necessario estudar o funcionamento do "melt" para faze-lo funcionar direitinho)...
library(reshape2) novosDados = melt(alelo)
E, entao, usar 'novosDados' para a modelagem... Voce basicamente faria um modelo parecido com:
germinados ~ hora + tratamento
ou ate'
germinados ~ hora * tratamento
Se vc estiver fazendo isso sozinha, e' definitivamente importante que voce estude a teoria destes modelos (ao inves de simplesmente usar o que postarem aqui, pois cada caso e' um caso). Se vc estiver fazendo isso com o acompanhamento de um estatistico (recomendado!), consulte-o a respeito das alternativas recomendadas por ele e suas implementacoes em R. Mas os modelos que mencionei anteriormente (Poisson, Binomial Negativa... e, possivelmente ambos com inflacao no zero) sao estrategias comumente consideradas em casos similares.
b
b
Em 30 de maio de 2013 14:36, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá, Benilton, Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações. Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação de sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de sementes germinadas em cada tratamento por dia. _______ Exemplo do formato dos dados
alelo$time #variável X (tempo em horas) [1] 24 48 72 96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360 alelo$control #exemplo dos dados [1] 91 95 96 98 98 99 99 99 99 99 100 100 100 100 100 alelo$v200 [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 alelo$s100 [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58 alelo$v200ph [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5 . . . ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você sugere um GLM? Espero que tenha ficado mais claro agora. Obrigada pela ajuda. Polliana.
Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de germinacoes por dia.
Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes que voce deseja fazer.
Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez, voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
b
Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá,
Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém zeros em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores crescentes até 100.
Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
"Mensagens de aviso perdidas: In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, : cannot compute exact p-values with ties"
Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer comparações com dados dessa natureza? Muito obrigada!
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Mas nao hesite em enviar mais detalhes ou esperar um "dia util" (ja que estamos num feriado)... Estou certo que boas sugestoes aparecerao por aqui.... Em 30 de maio de 2013 19:16, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Oi, Benilton, Obrigada. Já venho estudando sobre GLMs e continuarei buscando informações sobre essas características dos meus dados para conseguir montar um modelo apropriado. Valeu pelas informações! Polliana.
Em 30 de maio de 2013 14:56, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Para que alguem possa reproduzir o que vc quer dizer (se vc nao se importar com confidencialidade dos dados), eu sugiro que vc poste o resultado de:
dput(alelo)
Se nao quiser colocar seus dados aqui, crie um conjunto de dados de exemplo (q "finja" ser os seus dados originais) e poste o resultado de dput, conforme acima.
Definitivamente (pelo menos da forma q vc esta' utilizando), Kolmogorov-Smirnov nao e' adequado... Se vc ler o manual do comando, vera' que ele so' aceita 2 grupos por vez. E, apesar de vc nao dizer explicitamente, eu imagino que vc queira testar as diferentes colunas do data.frame alelo (control, ph5.7, v100, v200, etc).
Certamente, havera' pessoas interessadas em te dar sugestoes. Apesar de eu nao recomendar um metodo em particular, acho valido vc olhar as tecnicas que descrevi no meu email anterior. Para usa-las, voce precisara' "melt" os dados (o exemplo abaixo e' o mais simples, para casos nos quais vc nao tenha a variavel 'tempo', entao sera' necessario estudar o funcionamento do "melt" para faze-lo funcionar direitinho)...
library(reshape2) novosDados = melt(alelo)
E, entao, usar 'novosDados' para a modelagem... Voce basicamente faria um modelo parecido com:
germinados ~ hora + tratamento
ou ate'
germinados ~ hora * tratamento
Se vc estiver fazendo isso sozinha, e' definitivamente importante que voce estude a teoria destes modelos (ao inves de simplesmente usar o que postarem aqui, pois cada caso e' um caso). Se vc estiver fazendo isso com o acompanhamento de um estatistico (recomendado!), consulte-o a respeito das alternativas recomendadas por ele e suas implementacoes em R. Mas os modelos que mencionei anteriormente (Poisson, Binomial Negativa... e, possivelmente ambos com inflacao no zero) sao estrategias comumente consideradas em casos similares.
b
b
Em 30 de maio de 2013 14:36, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá, Benilton, Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações. Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação de sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de sementes germinadas em cada tratamento por dia. _______ Exemplo do formato dos dados
alelo$time #variável X (tempo em horas) [1] 24 48 72 96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360 alelo$control #exemplo dos dados [1] 91 95 96 98 98 99 99 99 99 99 100 100 100 100 100 alelo$v200 [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 alelo$s100 [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58 alelo$v200ph [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5 . . . ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você sugere um GLM? Espero que tenha ficado mais claro agora. Obrigada pela ajuda. Polliana.
Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de germinacoes por dia.
Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes que voce deseja fazer.
Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez, voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
b
Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby@gmail.com> escreveu:
Olá,
Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém zeros em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores crescentes até 100.
Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
"Mensagens de aviso perdidas: In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200, alelo$v200ph, : cannot compute exact p-values with ties"
Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer comparações com dados dessa natureza? Muito obrigada!
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