Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago.
Bom dia Tiago, O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu:
Bom dia pessoal,
gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas:
Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott?
Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo?
Att.
Tiago.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Chemical control and ecotoxicology" Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n -- Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carvalho@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! ***************************************************
Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? CMR: dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.583333333, 0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc" ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) Onde: conc = concentraçõeslconc = logaritimo neperiano das concentrações.ni = número de individúosim = individúos mortosm = mortalidademc = mortalidade corrigida Att. Tiago. Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfitano@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Bom dia Tiago, O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu: Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Chemical control and ecotoxicology" Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carvalho@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *************************************************** _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Tiago, veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot: conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5) ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50) im = c(7,15,28,31,42,49,48,50) mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type="binomial") modelFit(mod) ED(mod,c(50),interval="delta") tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100)) Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type="response",se.fit=TRUE) Li=Pred[,1]-2*Pred[,2] Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2] plot(mod,conName="0",axes=FALSE,type="average",xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log="x") axis(1,conc) y=seq(0,1,0.1) axis(2,y) lines(tratVec, Li, lty = 2) lines(tratVec, Ls, lty = 2) Stephan Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu:
Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ?
CMR:
dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.583333333, 0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc" ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))
Onde:
conc = concentrações lconc = logaritimo neperiano das concentrações. ni = número de individúos im = individúos mortos m = mortalidade mc = mortalidade corrigida
Att.
Tiago. ------------------------------------------------------------------------ Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfitano@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc
Bom dia Tiago,
O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott.
Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo.
Att,
Stephan
Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu:
Bom dia pessoal,
gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas:
Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott?
Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo?
Att.
Tiago.
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Muito obrigado pela ajuda Stephan. Att. Tiago. Date: Tue, 12 Mar 2013 08:19:58 -0300 From: smalfitano@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Tiago, veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot: conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5) ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50) im = c(7,15,28,31,42,49,48,50) mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type="binomial") modelFit(mod) ED(mod,c(50),interval="delta") tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100)) Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type="response",se.fit=TRUE) Li=Pred[,1]-2*Pred[,2] Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2] plot(mod,conName="0",axes=FALSE,type="average",xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log="x") axis(1,conc) y=seq(0,1,0.1) axis(2,y) lines(tratVec, Li, lty = 2) lines(tratVec, Ls, lty = 2) Stephan Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu: Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? CMR: dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.583333333, 0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc" ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) Onde: conc = concentrações lconc = logaritimo neperiano das concentrações. ni = número de individúos im = individúos mortos m = mortalidade mc = mortalidade corrigida Att. Tiago. Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfitano@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Bom dia Tiago, O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu: Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Chemical control and ecotoxicology" Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carvalho@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *************************************************** _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Chemical control and ecotoxicology" Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carvalho@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *************************************************** _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Stephan qual função retorna a inclinação da curva no pacote drc? Att. Tiago. Date: Tue, 12 Mar 2013 08:19:58 -0300 From: smalfitano@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Tiago, veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot: conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5) ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50) im = c(7,15,28,31,42,49,48,50) mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type="binomial") modelFit(mod) ED(mod,c(50),interval="delta") tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100)) Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type="response",se.fit=TRUE) Li=Pred[,1]-2*Pred[,2] Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2] plot(mod,conName="0",axes=FALSE,type="average",xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log="x") axis(1,conc) y=seq(0,1,0.1) axis(2,y) lines(tratVec, Li, lty = 2) lines(tratVec, Ls, lty = 2) Stephan Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu: Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? CMR: dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.583333333, 0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc" ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) Onde: conc = concentrações lconc = logaritimo neperiano das concentrações. ni = número de individúos im = individúos mortos m = mortalidade mc = mortalidade corrigida Att. Tiago. Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfitano@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Bom dia Tiago, O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu: Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Chemical control and ecotoxicology" Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carvalho@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *************************************************** _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Chemical control and ecotoxicology" Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carvalho@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *************************************************** _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
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