Saudações pessoal, Estou diante de um erro ao carregar a lme4. Eu fiz a requisição e apreceu essa mensagem de erro
require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Carregando pacotes exigidos: Matrix Carregando pacotes exigidos: lattice
Anexando pacote: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : pacote 'cholmod_l_start' não oferece a função 'Matrix' Ingenuamente pensei eu instalar novamente e procedimento de instalação correu sem problemas
install.packages("lme4" , "/usr/lib/R/site-library", dep=TRUE) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto tentando a URL 'http://cran.fhcrc.org/src/contrib/lme4_0.999375-41.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1040482 bytes (1016 Kb) URL aberta ================================================== downloaded 1016 Kb
* installing *source* package ‘lme4’ ... ** libs gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c init.c -o init.o gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c lmer.c -o lmer.o gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c local_stubs.c -o local_stubs.o gcc -shared -o lme4.so init.o lmer.o local_stubs.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /usr/lib/R/site-library/lme4/libs ** R ** data ** moving datasets to lazyload DB ** inst ** preparing package for lazy loading Loading required package: lattice Attaching package: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Creating a generic for ‘VarCorr’ in package ‘lme4’ (the supplied definition differs from and overrides the implicit generic in package ‘nlme’: Formal arguments differ: (x, ...), (x, sigma, rdig)) Creating a new generic function for "coef" in "lme4" Creating a new generic function for "confint" in "lme4" Creating a new generic function for "plot" in "lme4" Creating a new generic function for "formula" in "lme4" Creating a new generic function for "fixef" in "lme4" Creating a new generic function for "ranef" in "lme4" Creating a new generic function for "anova" in "lme4" Creating a new generic function for "deviance" in "lme4" Creating a new generic function for "fitted" in "lme4" Creating a new generic function for "predict" in "lme4" Creating a new generic function for "residuals" in "lme4" Creating a new generic function for "resid" in "lme4" Creating a new generic function for "simulate" in "lme4" Creating a new generic function for "model.frame" in "lme4" Creating a new generic function for "model.matrix" in "lme4" Creating a new generic function for "terms" in "lme4" Creating a new generic function for "vcov" in "lme4" Creating a new generic function for "with" in "lme4" Creating a new generic function for "as.data.frame" in "lme4" Creating a new generic function for "xyplot" in "lme4" Creating a new generic function for "densityplot" in "lme4" Creating a new generic function for "qqmath" in "lme4" ** help *** installing help indices ** building package indices ... ** testing if installed package can be loaded * DONE (lme4) The downloaded packages are in ‘/tmp/RtmpYPs5qU/downloaded_packages’
Quando fiz a nova requisição outra mensagem de erro apareceu
require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Error in get(Info[i, 1], envir = env) : não foi possível alocar um bloco de memória de tamanho 2.3 Gb
Os dados da minha sessão R são
sessionInfo() R version 2.13.1 (2011-07-08) Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)
locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.utf8 LC_COLLATE=pt_BR.utf8 [5] LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=pt_BR.utf8 [7] LC_PAPER=pt_BR.utf8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] Matrix_0.9996875-3 lattice_0.19-33 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.13.1 nlme_3.1-102 stats4_2.13.1
Toda ajuda é bem vinda. Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
tenta carregar novamente, mas use: R --vanilla para chamar o R e diga-nos o q acontece... b
Benilton, Usando o R com R --vanilla consegui usar a lme4, veja
require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Carregando pacotes exigidos: Matrix Carregando pacotes exigidos: lattice
Anexando pacote: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Anexando pacote: 'lme4' The following object(s) are masked from 'package:stats': AIC, BIC
sigma <- 1 # desvio-padrão do efeito de lote i <- 10 # níveis de lote j <- 4 # número de repetições por lote m <- 50 # número de sementes por ensaio b <- rnorm(10, 0, sigma) # efeitos dos lotes z <- gl(i, j) # vetor de níveis de lote y <- rbinom(i*j, size=m, prob=1/(1+exp(-rep(b, e=j)))) # germinação observada plot(y, col=z) mm0 <- glmer(cbind(y, 50-y)~(1|z), family=binomial) summary(mm0) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: cbind(y, 50 - y) ~ (1 | z) AIC BIC logLik deviance 77.98 81.36 -36.99 73.98 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. z (Intercept) 0.66017 0.81251 Number of obs: 40, groups: z, 10
Fixed effects: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -0.1926 0.2615 -0.736 0.462
O que esse "vanilla" faz e como eu posso usar o R assim por meio do Emacs, o meu editor de código? Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
O problema e', entao, alguma "rogue variable" no seu .RData (sugestao, renomeie-o e, se for inutil, apague-o). O "--vanillla" ignora toda personalizacao que vc possa ter feito. Se remover o .RData nao resolver, revisite o seu .Rprofile, q pode ser alguma coisa esquisita sendo executada por ele. b
Walmes, O R CMD BATCH --vanila executa o comando, como o Benilton disse ignorando todas suas customizações... é a combinação dos argumentos: --no-save --no-restore --no-site-file no-init-file e no-environ! abraço, FH 2011/9/9 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
O problema e', entao, alguma "rogue variable" no seu .RData (sugestao, renomeie-o e, se for inutil, apague-o).
O "--vanillla" ignora toda personalizacao que vc possa ter feito.
Se remover o .RData nao resolver, revisite o seu .Rprofile, q pode ser alguma coisa esquisita sendo executada por ele.
b _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Senhores, A lme4 está funcionando como esperado. Tive apenas abrir uma nova sessão no emacs e carregá-la. Tudo ok. Grato pela ajuda e a disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Estava olhando vossa discussão, e só por curiosidade, como uso este R--vanilla? tenta carregar novamente, mas use: R --vanilla para chamar o R e diga-nos o q acontece... b
Mauro, No linux é só ir no terminar e digitar aquilo que o R abre, assim ó walmes@walmes-stat:~$ R --vanilla R version 2.13.1 (2011-07-08) Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit) R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA. Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias. Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição. R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores. Digite 'contributors()' para obter mais informações e 'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações. Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de ajuda, ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador. Digite 'q()' para sair do R.
À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2011/9/9 Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br>
** Estava olhando vossa discussão, e só por curiosidade, como uso este R--vanilla?
tenta carregar novamente, mas use:
R --vanilla
para chamar o R e diga-nos o q acontece...
b
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
participantes (4)
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Benilton Carvalho -
FHRB Toledo -
Mauro Sznelwar -
Walmes Zeviani