Como selecionar um dataframe dentro de outro dataframe
Prezados, Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )? Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. Att, Giselle ROTINA:#1)Lendo arquivo genotiposgen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotiposdim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira colunahead(gen) #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionadosnomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")dim(nomes)#90 x 0 #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunasgen1<-cbind(nomes,gen)head(gen1)#juntou !dim(gen1)#90 x 24165 #4)Lendo o arquivo de frequência alélicafreq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq aleldim(freq)#22894 x 4head(freq) #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAFlista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freqhead(lista_SNP_sel)#Está como fatorlist<-as.character(lista_SNP_sel)head(list)length(list)dim(gen1) #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAFtable(list%in%colnames(gen1)) #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 !logico<-colnames(gen1)%in%listhead(logico)head(gen1)head(list)gen2<- gen1[,logico]head(gen2)dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)
Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar. Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente. Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Prezados,
Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )?
Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
ROTINA: #1)Lendo arquivo genotipos gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira coluna head(gen)
#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") dim(nomes)#90 x 0
#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunas gen1<-cbind(nomes,gen) head(gen1)#juntou ! dim(gen1)#90 x 24165
#4)Lendo o arquivo de frequência alélica freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel dim(freq)#22894 x 4 head(freq)
#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq head(lista_SNP_sel)#Está como fator list<-as.character(lista_SNP_sel) head(list) length(list) dim(gen1)
#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAF table(list%in%colnames(gen1))
#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 ! logico<-colnames(gen1)%in%list head(logico) head(gen1) head(list) gen2<- gen1[,logico] head(gen2) dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Sem uma amostra dos dados ou informações mais detalhadas a estrutura do banco é difícil oferecer uma solução. Mas eu acredito que possa ser problema envolvendo os níveis dos fatores. Veja ?droplevels . Daniel 2015-01-07 17:24 GMT-02:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar.
Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente.
Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Prezados,
Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )?
Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
ROTINA: #1)Lendo arquivo genotipos gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira coluna head(gen)
#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") dim(nomes)#90 x 0
#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunas gen1<-cbind(nomes,gen) head(gen1)#juntou ! dim(gen1)#90 x 24165
#4)Lendo o arquivo de frequência alélica freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel dim(freq)#22894 x 4 head(freq)
#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq head(lista_SNP_sel)#Está como fator list<-as.character(lista_SNP_sel) head(list) length(list) dim(gen1)
#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAF table(list%in%colnames(gen1))
#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 ! logico<-colnames(gen1)%in%list head(logico) head(gen1) head(list) gen2<- gen1[,logico] head(gen2) dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Sem uma amostra dos dados ou informações mais detalhadas a estrutura do banco é difícil oferecer uma solução. Mas eu acredito que possa ser problema envolvendo os níveis dos fatores. Veja ?droplevels . Daniel 2015-01-07 22:27 GMT-02:00 Daniel Marcelino <dmarcelino@live.com>:
Sem uma amostra dos dados ou informações mais detalhadas a estrutura do banco é difícil oferecer uma solução. Mas eu acredito que possa ser problema envolvendo os níveis dos fatores. Veja ?droplevels .
Daniel
2015-01-07 17:24 GMT-02:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar.
Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente.
Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Prezados,
Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )?
Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço.
Att,
Giselle
ROTINA: #1)Lendo arquivo genotipos gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira coluna head(gen)
#2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") dim(nomes)#90 x 0
#3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunas gen1<-cbind(nomes,gen) head(gen1)#juntou ! dim(gen1)#90 x 24165
#4)Lendo o arquivo de frequência alélica freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel dim(freq)#22894 x 4 head(freq)
#5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq head(lista_SNP_sel)#Está como fator list<-as.character(lista_SNP_sel) head(list) length(list) dim(gen1)
#6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAF table(list%in%colnames(gen1))
#SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 ! logico<-colnames(gen1)%in%list head(logico) head(gen1) head(list) gen2<- gen1[,logico] head(gen2) dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)
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