Pessoal. gostaria da ajuda de vocês para analisar um modelo de seleção recorrente no R, o problema são os efeitos aninhados com interação (R/AS). Necessito estimar os componentes de variância para estimar por exemplo a herdabilidade entre outros. Modelo estatístico: Yijkl = µ + Ai + Sj + ASij+R/ASijk +F/Sjl + AS/Sijl + ε ijkl μ é a média Ai é o efeito do ambiente Sj é o efeito de set ASij é o efeito da interação ambiente e set R/ASijk é o efeito da repetição dentro de ambiente e set F/Sjl é o efeito da família dentro de set AF/Sijl é o efeito da interação ambiente e família dentro de set ɛijkl é o erro experimental Obs? Vejam como eu tentei fazer:
couto<-read.table("C:/Users/Mauricio/Desktop/SR.txt", h=T) couto<-aov(CE~AMB*SET+REP/AMB*SET+Famílias/SET+AMB*Famílias/SET,data=couto) summary(couto) Obs: só que a ANOVA saiu errada.
Desde de já agradeço. Mauricio Farias Couto Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas (UENF-RJ) Mestre em Estatística Aplicada e Biometria (UFV-MG) Engº Agronomo (UESC-BA) Cel: (22) 8117-3725
Maurício, Vendo o que você postou... e consultando meu oráculo, posso suspeitar que o "erro" na sua ANOVA seja que ele está interpretando suas variáveis como numérica e não categóricas! Note que isso é um erro de semântica e não sintaxe! Para ver se é esse o caso, reporte-nos a saída do seus
str(couto)
A afirmativa que esses efeitos estejam sendo interpretados como variáveis numéricas, proceda:
couto <- transform(couto, AMB = factor(AMB), ... outras variáveis a transformar ... )
Então proceda de novo sua anova pelo aov(), fica a sugestão de usar o terms('modelo', keep = TRUE) no argumento formula da função... se for o caso de obter somas de quadrados ajustadas! OBS: Em outra ocasião que postar, leia antes o guia de postagem e produza um CMR, isso facilita para quem se disponibiliza a ajudar! sem mais... à disposição (parafrazeando Walmes), FH Faltou você transformar suas variáveis em fator 2012/6/20 Mauricio Couto <couto_estatistica@hotmail.com>
Pessoal.
gostaria da ajuda de vocês para analisar um modelo de seleção recorrente no R, o problema são os efeitos aninhados com interação (R/AS). Necessito estimar os componentes de variância para estimar por exemplo a herdabilidade entre outros.
Modelo estatístico:
Yijkl = µ + Ai + Sj + ASij+R/ASijk +F/Sjl + AS/Sijl + ε ijkl******
μ é a média****
Ai é o efeito do ambiente****
Sj é o efeito de set****
ASij é o efeito da interação ambiente e set****
R/ASijk é o efeito da repetição dentro de ambiente e set****
F/Sjl é o efeito da família dentro de set****
AF/Sijl é o efeito da interação ambiente e família dentro de set****
ɛijkl é o erro experimental
Obs? Vejam como eu tentei fazer:
couto<-read.table("C:/Users/Mauricio/Desktop/SR.txt", h=T)
couto<-aov(CE~AMB*SET+REP/AMB*SET+Famílias/SET+AMB*Famílias/SET,data=couto)
****
summary(couto)**** Obs: só que a ANOVA saiu errada.
Desde de já agradeço.
*Mauricio Farias Couto*
*Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas (UENF-RJ)*
*Mestre em Estatística Aplicada e Biometria (UFV-MG)*
*Engº Agronomo (UESC-BA)*
**
*Cel: (22) 8117-3725*
* *
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Toledo, segui suas sugestões e em parte deu certo, contudo as intereções dentro de outro fator, tipo AMB*Familias/SET ou REP/AMB*SET, tá errado como vc pode ver abaixo: couto<-read.table("C:/Users/Mauricio/Desktop/SR.txt",h=T)
couto<-transform(couto,AMB=factor(AMB),SET=factor(SET),Famílias=factor(Famílias),REP=factor(REP)) couto<-aov(CE~AMB*SET+REP/AMB*SET+Famílias/SET+ AMB*Famílias/SET,data=couto) summary(couto)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) AMB 1 10 10.46 1.287 0.25726 SET 7 403 57.52 7.077 5.85e-08 *** REP 1 57 56.56 6.959 0.00868 ** Famílias 192 13551 70.58 8.684 < 2e-16 *** AMB:SET 7 98 13.97 1.719 0.10298 AMB:REP 1 8 7.84 0.965 0.32661 SET:REP 7 53 7.58 0.933 0.48060 AMB:Famílias 192 2012 10.48 1.289 0.01911 * AMB:SET:REP 7 43 6.11 0.751 0.62845 Residuals 384 3121 8.13 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Ps: desculpe o incomodo. Mauricio Farias Couto Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas (UENF-RJ) Mestre em Estatística Aplicada e Biometria (UFV-MG) Engº Agronomo (UESC-BA) Cel: (22) 8117-3725 Date: Wed, 20 Jun 2012 15:55:10 -0300 From: fernandohtoledo@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ajuda na análise de seleção recorrente Maurício, Vendo o que você postou... e consultando meu oráculo, posso suspeitar que o "erro" na sua ANOVA seja que ele está interpretando suas variáveis como numérica e não categóricas! Note que isso é um erro de semântica e não sintaxe! Para ver se é esse o caso, reporte-nos a saída do seus
str(couto) A afirmativa que esses efeitos estejam sendo interpretados como variáveis numéricas, proceda:
couto <- transform(couto,> AMB = factor(AMB),> ... outras variáveis a transformar ... )
Então proceda de novo sua anova pelo aov(), fica a sugestão de usar o terms('modelo', keep = TRUE) no argumento formula da função... se for o caso de obter somas de quadrados ajustadas! OBS: Em outra ocasião que postar, leia antes o guia de postagem e produza um CMR, isso facilita para quem se disponibiliza a ajudar! sem mais... à disposição (parafrazeando Walmes),FH Faltou você transformar suas variáveis em fator 2012/6/20 Mauricio Couto <couto_estatistica@hotmail.com> Pessoal. gostaria da ajuda de vocês para analisar um modelo de seleção recorrente no R, o problema são os efeitos aninhados com interação (R/AS). Necessito estimar os componentes de variância para estimar por exemplo a herdabilidade entre outros. Modelo estatístico: Yijkl = µ + Ai + Sj + ASij+R/ASijk +F/Sjl + AS/Sijl + ε ijkl μ é a média Ai é o efeito do ambiente Sj é o efeito de set ASij é o efeito da interação ambiente e set R/ASijk é o efeito da repetição dentro de ambiente e set F/Sjl é o efeito da família dentro de set AF/Sijl é o efeito da interação ambiente e família dentro de set ɛijkl é o erro experimental Obs? Vejam como eu tentei fazer:
couto<-read.table("C:/Users/Mauricio/Desktop/SR.txt", h=T) couto<-aov(CE~AMB*SET+REP/AMB*SET+Famílias/SET+AMB*Famílias/SET,data=couto)
summary(couto) Obs: só que a ANOVA saiu errada.
Desde de já agradeço. Mauricio Farias Couto Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas (UENF-RJ) Mestre em Estatística Aplicada e Biometria (UFV-MG) Engº Agronomo (UESC-BA) Cel: (22) 8117-3725 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Mauricio, Que bom que minha suspeita e sugestão tenham sido proveitosas... Quanto ao "erro" fico sem ter como ajudar sem maiores detalhes do que, ao seu ver, esteja "errado"! Você está vizualizando tal erro por meio de quê? Quantos níveis existem em cada fator? Qual a resposta do seu str(couto)? Existe desbalanceamento nos seus dados? Você chegou a ler a documentação da função terms('formula', keep = TRUE)? Você pretende fazer os testes F todos pelo termo do Residuals? att, FH 2012/6/25 Mauricio Couto <couto_estatistica@hotmail.com>
Toledo, segui suas sugestões e em parte deu certo, contudo as intereções dentro de outro fator, tipo AMB*Familias/SET ou REP/AMB*SET, tá errado como vc pode ver abaixo:
couto<-read.table("C:/Users/Mauricio/Desktop/SR.txt",h=T)
couto<-transform(couto,AMB=factor(AMB),SET=factor(SET),Famílias=factor(Famílias),REP=factor(REP))
couto<-aov(CE~AMB*SET+REP/AMB*SET+Famílias/SET+ AMB*Famílias/SET,data=couto) summary(couto)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) AMB 1 10 10.46 1.287 0.25726 SET 7 403 57.52 7.077 5.85e-08 *** REP 1 57 56.56 6.959 0.00868 ** Famílias 192 13551 70.58 8.684 < 2e-16 *** AMB:SET 7 98 13.97 1.719 0.10298 AMB:REP 1 8 7.84 0.965 0.32661 SET:REP 7 53 7.58 0.933 0.48060 AMB:Famílias 192 2012 10.48 1.289 0.01911 * AMB:SET:REP 7 43 6.11 0.751 0.62845 Residuals 384 3121 8.13 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Ps: desculpe o incomodo.
*Mauricio Farias Couto*
*Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas (UENF-RJ)*
*Mestre em Estatística Aplicada e Biometria (UFV-MG)*
*Engº Agronomo (UESC-BA)*
**
*Cel: (22) 8117-3725*
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------------------------------ Date: Wed, 20 Jun 2012 15:55:10 -0300 From: fernandohtoledo@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ajuda na análise de seleção recorrente
Maurício,
Vendo o que você postou... e consultando meu oráculo, posso suspeitar que o "erro" na sua ANOVA seja que ele está interpretando suas variáveis como numérica e não categóricas!
Note que isso é um erro de semântica e não sintaxe!
Para ver se é esse o caso, reporte-nos a saída do seus
str(couto)
A afirmativa que esses efeitos estejam sendo interpretados como variáveis numéricas, proceda:
couto <- transform(couto, AMB = factor(AMB), ... outras variáveis a transformar ... )
Então proceda de novo sua anova pelo aov(), fica a sugestão de usar o terms('modelo', keep = TRUE) no argumento formula da função... se for o caso de obter somas de quadrados ajustadas!
OBS: Em outra ocasião que postar, leia antes o guia de postagem e produza um CMR, isso facilita para quem se disponibiliza a ajudar!
sem mais...
à disposição (parafrazeando Walmes), FH
Faltou você transformar suas variáveis em fator
2012/6/20 Mauricio Couto <couto_estatistica@hotmail.com>
Pessoal.
gostaria da ajuda de vocês para analisar um modelo de seleção recorrente no R, o problema são os efeitos aninhados com interação (R/AS). Necessito estimar os componentes de variância para estimar por exemplo a herdabilidade entre outros.
Modelo estatístico:
Yijkl = µ + Ai + Sj + ASij+R/ASijk +F/Sjl + AS/Sijl + ε ijkl******
μ é a média****
Ai é o efeito do ambiente****
Sj é o efeito de set****
ASij é o efeito da interação ambiente e set****
R/ASijk é o efeito da repetição dentro de ambiente e set****
F/Sjl é o efeito da família dentro de set****
AF/Sijl é o efeito da interação ambiente e família dentro de set****
ɛijkl é o erro experimental
Obs? Vejam como eu tentei fazer:
couto<-read.table("C:/Users/Mauricio/Desktop/SR.txt", h=T)
couto<-aov(CE~AMB*SET+REP/AMB*SET+Famílias/SET+AMB*Famílias/SET,data=couto)
****
summary(couto)**** Obs: só que a ANOVA saiu errada.
Desde de já agradeço.
*Mauricio Farias Couto*
*Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas (UENF-RJ)*
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*Engº Agronomo (UESC-BA)*
**
*Cel: (22) 8117-3725*
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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
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