Correção de Bonferroni em casos-controle

Amigos de R, Ha algumas semanas atras um parceiro e eu recebemos de uma revista a devolução de um relatorio de uma investigação caso-controle. Um dos pontos que um dos pareceristas abordou, é a correção e Bonferroni para os p valores colocados. Sei que o procedimento de bonferroni é o mais restrito de todos para correção de p valores, e que ha uma tendencia atual a aceitar mais as probabilidades de faslo positivo e falso negativo para cada p valor ao inves de corrigir pela multiplicidade. No entanto para este ultimo, ha necessidade de mais informações nao disponíveis no moemnto e algumas assunções a priori que exigem alguma maturidade da linha de investigação. Então alguem conhece por ai alguma função que corrija p valores de testes de hipoteses para tabelas de contigencia 2x2 pelo procedimento de bonferroni? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

Pedro, Dê uma olhada nas funções retornadas por apropos("adjust") O método de correção de bonferroni é o mais simples de aplicar. Basta pegar o p-valores e dividir pelo número de hipóteses testadas. Assim, se um p-valor é 0.02 (a-b) e estou fazendo 3 hipóteses (ou contrastes, a-b, a-c, c-b), ele ficaria 0.02/3. Você tá procurando uma função que faça isso ou se existe uma modificação do procedimento para o caso de tabelas de contingência? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2011/4/26 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil < emmanuel.brasil@gmail.com>
Amigos de R,
Ha algumas semanas atras um parceiro e eu recebemos de uma revista a devolução de um relatorio de uma investigação caso-controle. Um dos pontos que um dos pareceristas abordou, é a correção e Bonferroni para os p valores colocados.
Sei que o procedimento de bonferroni é o mais restrito de todos para correção de p valores, e que ha uma tendencia atual a aceitar mais as probabilidades de faslo positivo e falso negativo para cada p valor ao inves de corrigir pela multiplicidade. No entanto para este ultimo, ha necessidade de mais informações nao disponíveis no moemnto e algumas assunções a priori que exigem alguma maturidade da linha de investigação.
Então alguem conhece por ai alguma função que corrija p valores de testes de hipoteses para tabelas de contigencia 2x2 pelo procedimento de bonferroni?
Abraço forte e que a força esteja com você,
Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com
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Walmes, Estava procurando uma função que fizesse o ajuste do p valor. Nao sabia que o conceito era tão simples assim. De qualquer modo voce sabe de alguma função que faça? So pra entender melhor o meu problema: tenho diversos preditores (26), e estimei razoes de chances para cada preditor para o mesmo desfecho, para cada preditor tambem fora estimado um p valor a partir do teste de fihser com uma tabela 2x2 (função fisher.test()). Então o ajuste de bonferroni no meu caso seria algo do tipo... pval <- c(.001,.1,.005,.32,.12,...,.04) bonferroni <- pval/26 é isso? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional Em 26 de abril de 2011 09:04, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>escreveu:
Pedro,
Dê uma olhada nas funções retornadas por
apropos("adjust")
O método de correção de bonferroni é o mais simples de aplicar. Basta pegar o p-valores e dividir pelo número de hipóteses testadas. Assim, se um p-valor é 0.02 (a-b) e estou fazendo 3 hipóteses (ou contrastes, a-b, a-c, c-b), ele ficaria 0.02/3. Você tá procurando uma função que faça isso ou se existe uma modificação do procedimento para o caso de tabelas de contingência?
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
2011/4/26 Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil < emmanuel.brasil@gmail.com>
Amigos de R,
Ha algumas semanas atras um parceiro e eu recebemos de uma revista a devolução de um relatorio de uma investigação caso-controle. Um dos pontos que um dos pareceristas abordou, é a correção e Bonferroni para os p valores colocados.
Sei que o procedimento de bonferroni é o mais restrito de todos para correção de p valores, e que ha uma tendencia atual a aceitar mais as probabilidades de faslo positivo e falso negativo para cada p valor ao inves de corrigir pela multiplicidade. No entanto para este ultimo, ha necessidade de mais informações nao disponíveis no moemnto e algumas assunções a priori que exigem alguma maturidade da linha de investigação.
Então alguem conhece por ai alguma função que corrija p valores de testes de hipoteses para tabelas de contigencia 2x2 pelo procedimento de bonferroni?
Abraço forte e que a força esteja com você,
Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com
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Pedro, Acredito eu que sim. Nunca usei a correção nessa situação, mas sim na comparação multipla de hipóteses, contrastes em geral. É tomar o p-valor do teste e dividir pelo número de hipóteses. Veja as funções do resultado apropos("adjust"), dê help() nelas. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
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