Alocação aleatória não balanceada 3:1:1 por blocos
Aigos de R, Estou aqui no esforço de fazer um tabela de alocação aleatória para um ensaio clínico. Eu já fiz muito isso antes usando o pacote blockrand. Fucei por aí e acabei achando outros pacotes interessantes como o randomizr e randomizeR. Todos fazem alocação por blocos, ou seja, defino tamanhos de blocos variáveis como 6, 12 e 18 e a função aloca, por exemplo, 3 tratamentos garantindo que ao final de cada bloco haja um número equilibrado de tratamentos. A minha questão é que após uma discussão interna decidiu-se que um dos braços deveria ter mais participantes que outros, por exemplo, numa proporção de 3:1:1. Neste caso, os blocos deveriam ser múltiplos de 5. Mas a minha questão é que eu achei funções de alocação que aceitam probabilidades diferentes de alocação e achei funções que determinam tamanhos de blocos para alocação, mas não achei qualquer função que faça as duas coisas ao mesmo tempo. Comecei inclusive a me perguntar se isso faz sentido na prática porque olhando os livros que tenho aqui não consegui achar nenhum exemplo ou considerações a respeito de blocos com alocação de probabilidades diferentes. Alguém conhece alguma função que executa esta operação ou consegue fazer alguma consideração a esse respeito? Recomenda alguma leitura? Abraço forte, Pedro Brasil
Pedro, Sua questão enseja algumas dúvidas. Se houve uma decisão de haver três braços no ensaio clínico, e os braços não são balanceados, os braços já não são os tratamentos (eventualmente, um deles até pode ser a ausência de tratamento)¹? Aí eu entendo que a blocagem que se busca é aquela que reduz variância nos sujeitos para poder diminuir o número de casos necessários permitindo efetuar o ensaio com menos custo e mais rápido. É isso ou você está pensando em alguma outra coisa? Como leitura, se minhas primeiras considerações estiverem corretas como premissas, recomendaria a busca em português e em inglês por amostragem estratificada com blocagem, mas no âmbito de estudos clínicos, que tem umas especificidades. HTH e Feliz 2022 a todos os leitores desta lista! -- Cesar Rabak [1] Minha experiência indica que via de regra o braço com mais casos é o de pacientes "mais abundante" que sói ser o de não tratamento. On Tue, Jan 4, 2022 at 12:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Aigos de R,
Estou aqui no esforço de fazer um tabela de alocação aleatória para um ensaio clínico. Eu já fiz muito isso antes usando o pacote blockrand. Fucei por aí e acabei achando outros pacotes interessantes como o randomizr e randomizeR. Todos fazem alocação por blocos, ou seja, defino tamanhos de blocos variáveis como 6, 12 e 18 e a função aloca, por exemplo, 3 tratamentos garantindo que ao final de cada bloco haja um número equilibrado de tratamentos. A minha questão é que após uma discussão interna decidiu-se que um dos braços deveria ter mais participantes que outros, por exemplo, numa proporção de 3:1:1. Neste caso, os blocos deveriam ser múltiplos de 5. Mas a minha questão é que eu achei funções de alocação que aceitam probabilidades diferentes de alocação e achei funções que determinam tamanhos de blocos para alocação, mas não achei qualquer função que faça as duas coisas ao mesmo tempo. Comecei inclusive a me perguntar se isso faz sentido na prática porque olhando os livros que tenho aqui não consegui achar nenhum exemplo ou considerações a respeito de blocos com alocação de probabilidades diferentes.
Alguém conhece alguma função que executa esta operação ou consegue fazer alguma consideração a esse respeito? Recomenda alguma leitura?
Abraço forte,
Pedro Brasil _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Cesar, Sim o numero de braços é o numero de intervençoes. No caso sao 3 vacinas diferentes. Mas os blocos nao sao estratos. Os blocos sao sequencias curtas da alocaçao para garatir de tempos em tempos que a quantidades de participantes alocados estejam dentro do esperado do balanceamento. Exemplo simples de dois tratamentos/vacinas... Eu criaria blocos de 8 10 e 12 de tal forma que ao final de cada bloco 8 ou 10 ou 12 alocados haveria uma garantia que 50% dos incluidos esteja em um tratamento e outros 50% no outro tratamento. Isso faria com que caso o ensaio fosse interrompido precocemente, que nao houvesse desbalanceamento que comprometesse a atribuiçao do efeito do tratamento. Isso é diferente de alocar por estratos por exemplo 50% dos incluidos sejam com 60 anos ou mais e 50% com 59 ou menos. De qualquer forma, vou dar uma olhada na literatura indicada. Abraços, Pedro Emmanuel Brasil (:)= Em ter, 4 de jan de 2022 18:02, Cesar Rabak por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Pedro,
Sua questão enseja algumas dúvidas.
Se houve uma decisão de haver três braços no ensaio clínico, e os braços não são balanceados, os braços já não são os tratamentos (eventualmente, um deles até pode ser a ausência de tratamento)¹?
Aí eu entendo que a blocagem que se busca é aquela que reduz variância nos sujeitos para poder diminuir o número de casos necessários permitindo efetuar o ensaio com menos custo e mais rápido.
É isso ou você está pensando em alguma outra coisa?
Como leitura, se minhas primeiras considerações estiverem corretas como premissas, recomendaria a busca em português e em inglês por amostragem estratificada com blocagem, mas no âmbito de estudos clínicos, que tem umas especificidades.
HTH e Feliz 2022 a todos os leitores desta lista!
-- Cesar Rabak
[1] Minha experiência indica que via de regra o braço com mais casos é o de pacientes "mais abundante" que sói ser o de não tratamento.
On Tue, Jan 4, 2022 at 12:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Aigos de R,
Estou aqui no esforço de fazer um tabela de alocação aleatória para um ensaio clínico. Eu já fiz muito isso antes usando o pacote blockrand. Fucei por aí e acabei achando outros pacotes interessantes como o randomizr e randomizeR. Todos fazem alocação por blocos, ou seja, defino tamanhos de blocos variáveis como 6, 12 e 18 e a função aloca, por exemplo, 3 tratamentos garantindo que ao final de cada bloco haja um número equilibrado de tratamentos. A minha questão é que após uma discussão interna decidiu-se que um dos braços deveria ter mais participantes que outros, por exemplo, numa proporção de 3:1:1. Neste caso, os blocos deveriam ser múltiplos de 5. Mas a minha questão é que eu achei funções de alocação que aceitam probabilidades diferentes de alocação e achei funções que determinam tamanhos de blocos para alocação, mas não achei qualquer função que faça as duas coisas ao mesmo tempo. Comecei inclusive a me perguntar se isso faz sentido na prática porque olhando os livros que tenho aqui não consegui achar nenhum exemplo ou considerações a respeito de blocos com alocação de probabilidades diferentes.
Alguém conhece alguma função que executa esta operação ou consegue fazer alguma consideração a esse respeito? Recomenda alguma leitura?
Abraço forte,
Pedro Brasil _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Braços == tratamentos. OK A descrição do que você deseja almejar com a blocagem me parece redundante à separação nos braços. Como seu estudo é intervencional, esperar-se-ia que apenas no caso de *drop outs* houvesse desbalanceamento e que um sorteio dos voluntários, *a priori*, já estabelecesse a qual tratamento seriam submetidos (malgrado nem o sujeito, nem o aplicador deveriam poder dizê-lo, para assegurar o *maximum maximorum* em qualidade do estudo pelo, assim denominado, duplo cego): mais fácil falar que fazer, pois as vacinas teriam que ser transferidas para *vials* idênticos com marcação "aleatória" e isso é complicado do ponto de vista logístico e clínico. O sorteio anterior à campanha poderia ser feito de forma a efetuar balanceamentos outros, como assegurar um certo paralelismo nos braços do estudo, como sexo, distribuição de idades, comorbidades (ou ausência de), etc. Há, é claro, ainda, verificações específicas sobre se para alguma das tecnologias de alguma das vacinas haveria vedações adicionais em relação ao sujeito, mas isso tem que ser resolvido na pré-seleção dos voluntários. HTH -- Cesar Rabak On Tue, Jan 4, 2022 at 11:05 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil <emmanuel.brasil@gmail.com> wrote:
Cesar,
Sim o numero de braços é o numero de intervençoes. No caso sao 3 vacinas diferentes.
Mas os blocos nao sao estratos. Os blocos sao sequencias curtas da alocaçao para garatir de tempos em tempos que a quantidades de participantes alocados estejam dentro do esperado do balanceamento. Exemplo simples de dois tratamentos/vacinas... Eu criaria blocos de 8 10 e 12 de tal forma que ao final de cada bloco 8 ou 10 ou 12 alocados haveria uma garantia que 50% dos incluidos esteja em um tratamento e outros 50% no outro tratamento. Isso faria com que caso o ensaio fosse interrompido precocemente, que nao houvesse desbalanceamento que comprometesse a atribuiçao do efeito do tratamento. Isso é diferente de alocar por estratos por exemplo 50% dos incluidos sejam com 60 anos ou mais e 50% com 59 ou menos.
De qualquer forma, vou dar uma olhada na literatura indicada.
Abraços,
Pedro Emmanuel Brasil (:)=
Em ter, 4 de jan de 2022 18:02, Cesar Rabak por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Pedro,
Sua questão enseja algumas dúvidas.
Se houve uma decisão de haver três braços no ensaio clínico, e os braços não são balanceados, os braços já não são os tratamentos (eventualmente, um deles até pode ser a ausência de tratamento)¹?
Aí eu entendo que a blocagem que se busca é aquela que reduz variância nos sujeitos para poder diminuir o número de casos necessários permitindo efetuar o ensaio com menos custo e mais rápido.
É isso ou você está pensando em alguma outra coisa?
Como leitura, se minhas primeiras considerações estiverem corretas como premissas, recomendaria a busca em português e em inglês por amostragem estratificada com blocagem, mas no âmbito de estudos clínicos, que tem umas especificidades.
HTH e Feliz 2022 a todos os leitores desta lista!
-- Cesar Rabak
[1] Minha experiência indica que via de regra o braço com mais casos é o de pacientes "mais abundante" que sói ser o de não tratamento.
On Tue, Jan 4, 2022 at 12:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Aigos de R,
Estou aqui no esforço de fazer um tabela de alocação aleatória para um ensaio clínico. Eu já fiz muito isso antes usando o pacote blockrand. Fucei por aí e acabei achando outros pacotes interessantes como o randomizr e randomizeR. Todos fazem alocação por blocos, ou seja, defino tamanhos de blocos variáveis como 6, 12 e 18 e a função aloca, por exemplo, 3 tratamentos garantindo que ao final de cada bloco haja um número equilibrado de tratamentos. A minha questão é que após uma discussão interna decidiu-se que um dos braços deveria ter mais participantes que outros, por exemplo, numa proporção de 3:1:1. Neste caso, os blocos deveriam ser múltiplos de 5. Mas a minha questão é que eu achei funções de alocação que aceitam probabilidades diferentes de alocação e achei funções que determinam tamanhos de blocos para alocação, mas não achei qualquer função que faça as duas coisas ao mesmo tempo. Comecei inclusive a me perguntar se isso faz sentido na prática porque olhando os livros que tenho aqui não consegui achar nenhum exemplo ou considerações a respeito de blocos com alocação de probabilidades diferentes.
Alguém conhece alguma função que executa esta operação ou consegue fazer alguma consideração a esse respeito? Recomenda alguma leitura?
Abraço forte,
Pedro Brasil _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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