Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela
Olá, infelizmente não deu certo. Continua aparecendo o nome da linha na figura ao invés de aparecer os símbolos. Eu tentei os comandos sugeridos tanto p biplot quanto p plot e mesmo assim não deu certo. Tem alguma outra forma que eu possa tentar? Em anexo segue o conjunto de dados que estou utilizando para vcs fazerem alguns testes. Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP.16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 --- Em sex, 8/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 8 de Abril de 2011, 0:42 Marcelo, Seria isso biplot(dados.pca, xlab="pc1", ylab="pc2", pch=rep(c(19,1,2), each=6)) Espero que dê certo. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== Em 7 de abril de 2011 23:12, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com> escreveu: Tipo, um numero corresponde um simbulo. Por exemplo 19 é bolinha preta fechada 1 é bolinha com contorno preto e interior branco. digita ?pch ou ?points que vai ter uma parte que fala qual numero faz cada simbulo. então segundo seu exemplo vc deveria fazer algo como: biplot(dados.pca,xlab="pc1",ylab="pc2", pch(rep(19,6),rep(1,6),rep(2,6)) ai no caso repete o valor 19 que é bolinha preta 6 vez que é sua primeira especies e assim vai. a segunda especie vai ser bolinha aberta, que é o numero 1. O vertor tem que ter o mesmo tamanho do numero de pontos que vai ter no grafico, numero de linhas no caso. Acho que é mais ou menos isso :) Em 7 de abril de 2011 22:01, Marcelo Claro de Souza <marcelo_claro@yahoo.com.br> escreveu: Walmes, Eu sou bem novato em R e não entendi direito. No caso eu devo usar da seguinte forma por exemplo: biplot(dados.pca,xlab="pc1",ylab="pc2", pch(1:7,8:14,15:21)) é mais ou menos isso que tenho de fazer? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP. 16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 --- Em qui, 7/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Quinta-feira, 7 de Abril de 2011, 14:51 Marcelo, O controle dos símbolos é com o argumento pch= {p}oint {ch}aracter dentro das funções gráficas. Em gráficos de dispersão, basta passar um vetor com os índices que identificam os símbolos. Para conhecer os símbolos faça plot(1:30, pch=1:30) Espero que no biplot() seja assim também. Caso não dê certo, forneça um exemplo reproduzível e destaque o erro para que possamos ajudar. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== Em 7 de abril de 2011 13:44, Marcelo Claro de Souza <marcelo_claro@yahoo.com.br> escreveu: Possuo um conjunto de dados composto por 21 linhas e 3 colunas. Ao importar os dados eu utilizo o comando row.names e atribuo nome as linhas para facilitar a visualização das espécies na pca (no caso utilizo o pacote vegan e uso o comando rda(dados,scale=TRUE) nesse conjunto de dados da linha 1 a 7 são plantas da mesma espécie, de 8 a 14 outra e de 16 a 21 a outra. Como eu faço p atribuir um símbolo único para cada espécie (ex: quadrado, circulo e triângulo) ao plotar um biplot? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP. 16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br -- Grato Augusto C. A. 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Olha aqui um exemplo com MDS Vc tira a informação de onde vai os pontos ai pode mudar tudo que quiser, cor, tipo de símbolo ou tamanho. Aqui, pequei uma matriz de distancia que de exemplo, fiz o mds dai tirei os valores e plotei com 2 símbolos diferentes. Pro biplot dai vc teria que ainda tirar as setinhas e plotar elas com o comando arrows. É mais ou menos isso não? Tirei o exemplo desse site e dei uma adaptada pra ser símbolos no comando plot http://www.statmethods.net/advstats/mds.html require(graphics) fit<-cmdscale(eurodist,k=2) resultados fit #Plotando a solução #extraindo os valores x <- fit[,1] y <- fit[,2] #plotando, olha o pch la plot(x,y,xlab="Coordenadas 1",ylab="Coordenadas 2",main="MDS",type="p",pch=c(rep(c(19,1),ech=10),1),cex=1.5) Em 8 de abril de 2011 13:01, Marcelo Claro de Souza < marcelo_claro@yahoo.com.br> escreveu:
Olá, infelizmente não deu certo. Continua aparecendo o nome da linha na figura ao invés de aparecer os símbolos. Eu tentei os comandos sugeridos tanto p biplot quanto p plot e mesmo assim não deu certo. Tem alguma outra forma que eu possa tentar? Em anexo segue o conjunto de dados que estou utilizando para vcs fazerem alguns testes.
Muito obrigado.
Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP. 16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376
--- Em *sex, 8/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>* escreveu:
De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 8 de Abril de 2011, 0:42
Marcelo,
Seria isso
biplot(dados.pca, xlab="pc1", ylab="pc2", pch=rep(c(19,1,2), each=6))
Espero que dê certo.
À disposição. Walmes.
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Em 7 de abril de 2011 23:12, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com<http://mc/compose?to=ribas.aca@gmail.com>
escreveu:
Tipo, um numero corresponde um simbulo. Por exemplo 19 é bolinha preta fechada 1 é bolinha com contorno preto e interior branco.
digita ?pch ou ?points que vai ter uma parte que fala qual numero faz cada simbulo. então segundo seu exemplo vc deveria fazer algo como:
biplot(dados.pca,xlab="pc1",ylab="pc2", pch(rep(19,6),rep(1,6),rep(2,6))
ai no caso repete o valor 19 que é bolinha preta 6 vez que é sua primeira especies e assim vai. a segunda especie vai ser bolinha aberta, que é o numero 1. O vertor tem que ter o mesmo tamanho do numero de pontos que vai ter no grafico, numero de linhas no caso. Acho que é mais ou menos isso :)
Em 7 de abril de 2011 22:01, Marcelo Claro de Souza < marcelo_claro@yahoo.com.br<http://mc/compose?to=marcelo_claro@yahoo.com.br>
escreveu:
Walmes, Eu sou bem novato em R e não entendi direito. No caso eu devo usar da seguinte forma por exemplo: biplot(dados.pca,xlab="pc1",ylab="pc2", pch(1:7,8:14,15:21)) é mais ou menos isso que tenho de fazer?
Muito obrigado.
Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP. 16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376
--- Em *qui, 7/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com<http://mc/compose?to=walmeszeviani@gmail.com>
* escreveu:
De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com<http://mc/compose?to=walmeszeviani@gmail.com>
Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br<http://mc/compose?to=r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Data: Quinta-feira, 7 de Abril de 2011, 14:51
Marcelo,
O controle dos símbolos é com o argumento pch= {p}oint {ch}aracter dentro das funções gráficas. Em gráficos de dispersão, basta passar um vetor com os índices que identificam os símbolos. Para conhecer os símbolos faça
plot(1:30, pch=1:30)
Espero que no biplot() seja assim também. Caso não dê certo, forneça um exemplo reproduzível e destaque o erro para que possamos ajudar.
À disposição. Walmes.
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Em 7 de abril de 2011 13:44, Marcelo Claro de Souza < marcelo_claro@yahoo.com.br<http://mc/compose?to=marcelo_claro@yahoo.com.br>
escreveu:
Possuo um conjunto de dados composto por 21 linhas e 3 colunas. Ao importar os dados eu utilizo o comando row.names e atribuo nome as linhas para facilitar a visualização das espécies na pca (no caso utilizo o pacote vegan e uso o comando rda(dados,scale=TRUE) nesse conjunto de dados da linha 1 a 7 são plantas da mesma espécie, de 8 a 14 outra e de 16 a 21 a outra. Como eu faço p atribuir um símbolo único para cada espécie (ex: quadrado, circulo e triângulo) ao plotar um biplot? Muito obrigado.
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Marcelo, Olha esse post que o cara faz o biplot passo a passo, representando os grupos por símbolos/cores. http://r.789695.n4.nabble.com/quot-biplot-quot-graphical-options-td903178.ht... À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Muito obrigado Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP.16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376 --- Em sex, 8/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 8 de Abril de 2011, 14:29 Marcelo, Olha esse post que o cara faz o biplot passo a passo, representando os grupos por símbolos/cores. http://r.789695.n4.nabble.com/quot-biplot-quot-graphical-options-td903178.ht... À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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