Re: [R-br] Transformação de dados no Dataframe

29 Out 2012

      Caros Augusto e Rodrigo,

Muito obrigado pela dica de usar o reshape. Funcionou perfeitamente.

[]s,
Fabrízzio

-------Original Message-------

From: r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
Date: 10/26/12 17:18:01
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 40

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   1. Re: Transformação de dados no dataframe (Rodrigo Coster)
   2. Separa primeiro e último nome (Fátima Lima Paula)
   3. Re: Separa primeiro e último nome (Walmes Zeviani)
   4. Re: Separa primeiro e último nome (Alisson Lucrecio)

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Message: 1
Date: Fri, 26 Oct 2012 16:16:18 -0200
From: Rodrigo Coster <rcoster@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID:
  <CAKU4wotutucRnLJMOaocbUL_L=RGY+tYKgMGiyAERLZE03QHYw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"

Tenta com o reshape()
...
dados
                V1          V2 V3
1 Característica A Indivíduo 1  0
2 Característica B Indivíduo 1  1
3 Característica C Indivíduo 1  2
4 Característica A Indivíduo 2  2
5 Característica B Indivíduo 2  0
6 Característica C Indivíduo 2  1
reshape(dados, idvar='V2', timevar='V1',direction='wide')
           V2 V3.Característica A V3.Característica B V3.Característica C
1 Indivíduo 1                   0                   1                   2
4 Indivíduo 2                   2                   0                   1
[]'s

2012/10/26 fabrizzioconde@gmail.com <fabrizzioconde@gmail.com>
...
Caro Augusto,
Na realidade, cada característica na tabela abaixo é um marcador genético
e estou analisando a variação desse marcador dentro da amostra de
indivíduos. Os números na terceira coluna da tabela abaixo são os alelos (
0 = AA, 1 = BB e 2 = AB). Os dados que tenham ESTão no formato abaixo:
Característica A******
Indivíduo 1****
0****
Característica B****
Indivíduo 1****
1****
Característica C****
Indivíduo 1****
2****
Característica A****
Indivíduo 2****
2****
Característica B****
Indivíduo 2****
0****
Característica C****
Indivíduo 2****
1****
Eu preciso mudar o posicionamento da tabela acima para o formato da tabela
abaixo: (para aplicar o modelo de regressão)
** **
Característica A****
Característica B****
Característica C****
Indivíduo 1****
0****
1****
2****
Indivíduo 2****
2****
0****
1****
Desta forma, a segunda tabela é de certa forma uma "transposição" da
primeira, mas não uma contagem do número de vezes que aparece o 0, 1 ou 2.
Preciso colocar as características nas colunas do dataframe, pois irei
aplicar uma regressão linear logística, sendo as características A, B e C
as variáveis explanatórias. Tenho os dados da variável dicotomica y em
outro arquivo como um vetor coluna.
Muito obrigado.
Abraços,
Fabrízzio
*-------Original Message-------*
*From:* r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
*Date:* 10/26/12 14:43:29
*To:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br
*Subject:* Digest R-br, volume 20, assunto 38
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1. Re: Coeficiente de Correlação Cofenética (T Branquinho)
   2. Re: Transformação de dados no dataframe
      (fabrizzioconde@gmail.com)
   3. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
----------------------------------------------------------------------
Message: 1
Date: Fri, 26 Oct 2012 13:36:07 -0200
From: T Branquinho <tbranquinho1@hotmail.com>
To: R <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética
Message-ID: <BAY167-W1202591253BD2194857FEC6917E0@phx.gbl>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Esse material pode lhe ajudarestá no pacote stat que já vem no R ao
instalá-lo.
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/cophenetic.html
Date: Fri, 26 Oct 2012 10:34:25 -0200
From: caetano.vidigal@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética
Bom dia,
alguém sabe se existe algum pacote no R que calcula o coeficiente de
correlação cofenética ao se fazer um agrupamento?Obrigado
--
Bruno C. Vidigal
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c?digo m?nimo reproduz?vel.
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...
...
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Message: 2
Date: Fri, 26 Oct 2012 13:38:39 -0200 (Horário brasileiro de verão)
From: "fabrizzioconde@gmail.com" <fabrizzioconde@gmail.com>
To: <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID: <508AAE7F.000009.01192@FABRIZZIO-PC>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Caro Augusto,
O comando table do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando não
solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os
dados
na tabela abaixo:
Característica AIndivíduo 10
Característica BIndivíduo 11
Característica CIndivíduo 12
Característica AIndivíduo 22
Característica BIndivíduo 20
Característica CIndivíduo 21
Tentei usar o comando reshape com o seguinte código:
Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1
)
Mas esse comando está travando o R.
A tabela final que preciso é:
Característica ACaracterística BCaracterística C
Indivíduo 1012
Indivíduo 2201
Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse
problema.
Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa?
Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia.
Fabrízzio Condé de Oliveira
-------Original Message-------
From: r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
Date: 10/24/12 12:00:14
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 30
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Tópicos de Hoje:
1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
----------------------------------------------------------------------
Message: 1
Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300
From: Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID:
  <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
Vamos supor um exemplo de dados:
#dados de exemplo
dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20
replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T))
dados
#primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os
AA AB e BB
dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep=""))
#Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match()
#para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou
levels(dados$col4)
recod<-c(0,1,1,2)
dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))]
dados
#agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para
fazer essa tabela
#eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi
vc quer a coluna
#5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da
linha na tabela
table(dados$col5,dados$col4)
Espero que ajude.
Abraços
Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde@gmail.com <
fabrizzioconde@gmail.com> escreveu:
...
Bom dia,
Existe algum script que faça o seguinte:
1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na
quarta
coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2.
AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B
AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B
AA3
4 A A AA4 4 A B
Assim, a matriz se transformaria em:
AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B
2
AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0
AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2
2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima
(talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato:
AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2
Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R
como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de
regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis
preditoras.
Muito obrigado.
Fabrízzio
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código mínimo reproduzível.
--
Grato
Augusto C. A. Ribas
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Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
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br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.html>
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URL: <
http://listas.inf.ufpr
br/pipermail/r-br/attachments/20121026/e3a78863/attachment-0001.html
...
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Descrição: não disponível
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...
------------------------------
Message: 3
Date: Fri, 26 Oct 2012 13:43:13 -0300
From: Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID:
  <CACMkfRxYhrSakx+OjZeB-_Drp44H=MpuYsnKRa-OaF8C5ZaDyA@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
Eu não entendi perfeitamente o que  é o que, desculpe.
Vc não consegue fazer um exemplo de dados semelhante ao que eu fiz, e
colocar o nome das colunas o que é Caracteristica e o que é Individuo?
Em 26 de outubro de 2012 12:38, fabrizzioconde@gmail.com <
fabrizzioconde@gmail.com> escreveu:
...
Caro Augusto,
O comando *table* do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando
não solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar
os
...
dados na tabela abaixo:
Característica A******
Indivíduo 1****
0****
Característica B****
Indivíduo 1****
1****
Característica C****
Indivíduo 1****
2****
Característica A****
Indivíduo 2****
2****
Característica B****
Indivíduo 2****
0****
Característica C****
Indivíduo 2****
1****
Tentei usar o comando *reshape* com o seguinte código:
Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col
1")
Mas esse comando está travando o R.
A tabela final que preciso é:
** **
Característica A****
Característica B****
Característica C****
Indivíduo 1****
0****
1****
2****
Indivíduo 2****
2****
0****
1****
Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver
esse
problema.
Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa?
Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia.
Fabrízzio Condé de Oliveira
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1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
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Message: 1
Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300
From: Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID:
  <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
Vamos supor um exemplo de dados:
#dados de exemplo
dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20
replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T))
...
dados
#primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando
os
AA AB e BB
dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep=""))
#Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match()
#para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou
levels(dados$col4)
recod<-c(0,1,1,2)
dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))]
dados
#agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para
fazer essa tabela
#eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que
vi
vc quer a coluna
#5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da
linha na tabela
table(dados$col5,dados$col4)
Espero que ajude.
Abraços
Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde@gmail.com <
fabrizzioconde@gmail.com> escreveu:
...
Bom dia,
Existe algum script que faça o seguinte:
1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na
quarta
coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2.
AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A
B
AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B
AA3
4 A A AA4 4 A B
Assim, a matriz se transformaria em:
AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A
B
2
AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A
0
AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2
2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz
acima
(talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte
formato:
AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2
Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R
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Message: 2
Date: Fri, 26 Oct 2012 16:28:09 -0200
From: Fátima Lima Paula <fatima.lima.paula@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Separa primeiro e último nome
Message-ID:
  <CAJzNC0vRiJ-E-+npGr+bYwsoDKOijg5jeEbzxQUAhqRinw0h7w@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Prezados, tenho uma coluna com nomes completos.
Existe uma forma de separar o nome em 3 colunas: uma com primeiro nome, uma
com nome do meio e uma com último nome?
Obrigada
Fátima
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br/pipermail/r-br/attachments/20121026/b6aa797b/attachment-0001.html>

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Message: 3
Date: Fri, 26 Oct 2012 17:15:01 -0200
From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Separa primeiro e último nome
Message-ID:
  <CAFU=EkYppn=gqoKQ6yhkrSzVeXywXTSFkWCzvyQnhSNUswwR_w@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Tem sim, tudo depende do padrão apresentado. Todos os nomes são compostos
por 3 partes? Bem, á pra usar a função strsplit() e quebrar no espaço em
branco, o resultado é uma lista. Um probleminha surge com nomes que tem
"da", "do", "das", "dos", "de" (da Silva, dos Santos, de Oliveira, do
Nascimento, das Flores), mas pode ser revolvido. Veja

nomes <- c("Antonio Teixeira Batista",
           "Suellen Cristina Albuquerque",
           "Paulo Matias dos Santos")

# separa pelo espaço
x1 <- strsplit(nomes, split=" ")
x1

# junta o meio
sapply(x1,
       function(i){
         n <- length(i)
         c(i[1], paste(i[2:(n-1)], collapse=" "), i[n])
       })

À disposição.
Walmes.

==========================================================================
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: walmes@ufpr.br
skype: walmeszeviani
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
linux user number: 531218
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Message: 4
Date: Fri, 26 Oct 2012 12:17:44 -0700 (PDT)
From: Alisson Lucrecio <alissonluc@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Separa primeiro e último nome
Message-ID:
  <1351279064.24241.YahooMailNeo@web160705.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"

Olá, vc nao colocou muito bem como quer fazer essa divisão, mas no caso se
os nomes forem separados por uma "/" use esse script, mas se for outro
separador é só fazer uma adaptação.
Saudações

Alisson Lucrécio da Costa

library(stringr)
df
names3 <- str_split(df$names3, pattern="/")
        names3 <- do.call(rbind, names3)
        names3 <- data.frame(names3)
        names(names3)[which(names(names3) == "X1")] <- "names1"
        names(names3)[which(names(names3) == "X2")] <- "names2"
        names(names3)[which(names(names3) == "X3")] <- "names3"

        names3$id <- with(names, paste(names1, names2, names3, sep="."))
        df2 <- cbind(names3, df[,-1])

________________________________
  From: Fátima Lima Paula <fatima.lima.paula@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Sent: Friday, October 26, 2012 4:28 PM
Subject: [R-br] Separa primeiro e último nome

Prezados, tenho uma coluna com nomes completos.
Existe uma forma de separar o nome em 3 colunas: uma com primeiro nome, uma
com nome do meio e uma com último nome?
Obrigada
Fátima
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mínimo reproduzível.
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