homocedasticidade modelo não linear
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> Data: 14 de março de 2012 13:50 Assunto: duvida sobre presunção de homocedasticidade Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Caros amigos Estou trabalhando com dados de desenvolcimento de fetos ovinos. Estou modelando o seu crescimento ao longo da gestação. Para tal tenho utilizado o modelo de gompertz da forma log(Y)= a-b*exp(-c*x) sendo x a idade gestacional em dias e Y o peso do feto. Os meus dados atendem o presuposto de normalidade, porém não o faz para o pressuposto de igualdade das variâncias. Tenho lido na literatura a possibilidade de modelar a variância nestes casos. A variância residual observada graficamente se eleva e em seguida rebaixa conforme as médias do modelo se elevam. Na própria literatura comenta que este tipo de comportamento pode ser modelado utilizando o método VarPower() na função glns do pacote nlme. Eu assim o fiz entretanto o novo modelo não obteve melhor ajuste que o anterior quando comparados pela função Anova (p-value e AIC,BIC). Minha dúvida é a seguinte sem a igualdade das variâncias eu não posso validar o modelo. Existe alguma forma de corrigir este problema? abaixo disponho do CMR library(nlme) dput(gestsimp) gompertz1<-nls(log10(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=8.0,b=10.40,c=0.0023),data=gestsimp) gompertz2<-gnls(log10(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=8.0,b=10.40,c=0.0023),weights=varPower(),data=gestsimp) summary(gompertz1) plot(log10(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp,main="Peso do feto em função da idade de cordeiros") curve(5.697742-8.360311*exp(-0.003531*x),add=T,col=2) caso o dput()não funcione segue a saída dele dput(gestsimp)structure(list(Animal = c(3L, 51L, 83L, 89L, 91L, 92L, 93L, 48L, 52L, 55L, 69L, 76L, 78L, 11L, 25L, 41L, 42L, 46L, 50L, 53L, 57L, 10L, 19L, 20L, 30L, 38L, 45L), Manejo = c(1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L), Gest = c(90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L), Fetos = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L ), PV = c(51.1, 46.4, 53.5, 58.2, 30.7, 43.2, 41.5, 42, 43.4, 48.1, 42.2, 47.5, 32, 64.1, 49.9, 40.5, 42, 40.4, 50, 49, 52, 60.1, 55.9, 57, 51.5, 45, 42.8), PCVZ = c(36.93, 36.135, 46.125, 48.02, 23.095, 33.75, 32.575, 34.99, 34.465, 39.578, 30.84, 38.045, 27.455, 54.797, 43.595, 32.12, 33.841, 33.16, 42.06, 40.605, 42.325, 50.436, 46.515, 48.845, 43.075, 36.55, 35.435), PESO.FETO = c(0.215, 0.555, 0.49, 0.53, 0.225, 0.465, 0.61, 1.465, 0.585, 1.755, 0.62, 1.615, 1.045, 0.985, 2.79, 2.42, 2.286, 2.41, 2.3, 3.1, 3.105, 5.38, 4.065, 4.258, 3.878, 3.49, 3.032), FETOGKG = c(60.5065, 50.8621, 67.9386, 32.7586, 41.7391, 46.1815, 47.7506, 51.0421, 66.0087, 63.5711, 50.8569, 60.5784, 49.8817, 62.1197, 60.1357, 0, 0, 62.2886, 0, 55.4768, 53.5301, 68.0826, 58.413, 59.6224, 61.1382, 50.2531, 62.5518 )), .Names = c("Animal", "Manejo", "Gest", "Fetos", "PV", "PCVZ", "PESO.FETO", "FETOGKG"), row.names = c(11L, 13L, 15L, 19L, 20L, 21L, 22L, 30L, 31L, 32L, 35L, 36L, 38L, 42L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 51L, 55L, 63L, 66L, 67L, 71L, 76L, 80L), class = "data.frame", na.action = structure(22L, .Names = "62", class = "omit"))
Você relata que no gráfico a variância aumenta e depois reduz com os valores de dias após gestação. Ao usar varPower() você não observa melhoria no ajuste. Isso porque varPower é um modelo que assume que a variância só aumenta e no seu caso ela sobe-desce. Então você tá usando um modelo errado para descrever o comportamento da variância. Dente os disponíveis na nlme, todos são monótonos, então você terá que fazer um, myVarFunc, empregando uma função que descreve esse comportamento. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Caros, tentei carregar o Rcmdr num R 2.13.2, instalado em um Mac Snow Leopard. e tive essa mensagem de erro. fiquei perdido. muito iniciante, confesso. Alguém pode dar uma luz? ab, Pp =================== Carregando pacotes exigidos: tcltk Carregando a interface Tcl/Tk ... > *** caught segfault *** address 0x0, cause 'unknown' Traceback: 1: sys.nframe() 2: dynGet("__NameSpacesLoading__", NULL) 3: loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) 4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 7: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste(prefix, "\n ", sep = "") } else prefix <- "Error : " msg <- paste(prefix, conditionMessage(e), "\n", sep = "") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = stderr()) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error"))}) 8: try({ ns <- loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) dataPath <- file.path(which.lib.loc, package, "data") env <- attachNamespace(ns, pos = pos, dataPath = dataPath, deps)}) 9: library(tcltk) Possible actions: 1: abort (with core dump, if enabled) 2: normal R exit 3: exit R without saving workspace 4: exit R saving workspace
Você está usando o Vim com o Vim-R-Plugin? Em 15 de março de 2012 23:22, Pedro Paulo M Chrispim <pedropaulo.chrispim@gmail.com> escreveu:
Caros,
tentei carregar o Rcmdr num R 2.13.2, instalado em um Mac Snow Leopard. e tive essa mensagem de erro.
fiquei perdido.
muito iniciante, confesso. Alguém pode dar uma luz?
ab, Pp ===================
Carregando pacotes exigidos: tcltk Carregando a interface Tcl/Tk ... >
*** caught segfault *** address 0x0, cause 'unknown'
Traceback: 1: sys.nframe() 2: dynGet("__NameSpacesLoading__", NULL) 3: loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) 4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 7: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste(prefix, "\n ", sep = "") } else prefix <- "Error : " msg <- paste(prefix, conditionMessage(e), "\n", sep = "") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = stderr()) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error"))}) 8: try({ ns <- loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) dataPath <- file.path(which.lib.loc, package, "data") env <- attachNamespace(ns, pos = pos, dataPath = dataPath, deps)}) 9: library(tcltk)
Possible actions: 1: abort (with core dump, if enabled) 2: normal R exit 3: exit R without saving workspace 4: exit R saving workspace
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
oi, Jose. eu nao sei. Honestamente. Alias, fiquei muito confuso com a solução que consegui. (mandei em outro email) no site... http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/installation-notes.html diz pra eu baixar um arquivo "tcltk......dmg" eu baixei e instalei. consegui carregar o Rcmdr. para isso, o R abriu uma janela X11. O que me confundiu foi que eu instalei o Houaiss e o Tabwin no wine. O wine já abria uma janela X11 muito antes de eu ter esse probleminha com o R..... Nao sei bem qual é a diferença, mas agora eu consegui carregar o Rcmdr. ab! Pp On 16/03/2012, at 20:03, Jose Claudio Faria wrote: Você está usando o Vim com o Vim-R-Plugin? Em 15 de março de 2012 23:22, Pedro Paulo M Chrispim <pedropaulo.chrispim@gmail.com> escreveu:
Caros,
tentei carregar o Rcmdr num R 2.13.2, instalado em um Mac Snow Leopard. e tive essa mensagem de erro.
fiquei perdido.
muito iniciante, confesso. Alguém pode dar uma luz?
ab, Pp ===================
Carregando pacotes exigidos: tcltk Carregando a interface Tcl/Tk ... >
*** caught segfault *** address 0x0, cause 'unknown'
Traceback: 1: sys.nframe() 2: dynGet("__NameSpacesLoading__", NULL) 3: loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) 4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 7: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste(prefix, "\n ", sep = "") } else prefix <- "Error : " msg <- paste(prefix, conditionMessage(e), "\n", sep = "") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = stderr()) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error"))}) 8: try({ ns <- loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) dataPath <- file.path(which.lib.loc, package, "data") env <- attachNamespace(ns, pos = pos, dataPath = dataPath, deps)}) 9: library(tcltk)
Possible actions: 1: abort (with core dump, if enabled) 2: normal R exit 3: exit R without saving workspace 4: exit R saving workspace
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Tranquilo então! O Rcmdr precisa mesmo do tcltk! Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Em 16 de março de 2012 20:42, Pedro Paulo M Chrispim <pedropaulo.chrispim@gmail.com> escreveu:
oi, Jose.
eu nao sei. Honestamente.
Alias, fiquei muito confuso com a solução que consegui. (mandei em outro email)
no site... http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/installation-notes.html
diz pra eu baixar um arquivo "tcltk......dmg" eu baixei e instalei. consegui carregar o Rcmdr.
para isso, o R abriu uma janela X11.
O que me confundiu foi que eu instalei o Houaiss e o Tabwin no wine. O wine já abria uma janela X11 muito antes de eu ter esse probleminha com o R.....
Nao sei bem qual é a diferença, mas agora eu consegui carregar o Rcmdr.
ab! Pp
On 16/03/2012, at 20:03, Jose Claudio Faria wrote:
Você está usando o Vim com o Vim-R-Plugin?
Em 15 de março de 2012 23:22, Pedro Paulo M Chrispim <pedropaulo.chrispim@gmail.com> escreveu:
Caros,
tentei carregar o Rcmdr num R 2.13.2, instalado em um Mac Snow Leopard. e tive essa mensagem de erro.
fiquei perdido.
muito iniciante, confesso. Alguém pode dar uma luz?
ab, Pp ===================
Carregando pacotes exigidos: tcltk Carregando a interface Tcl/Tk ... >
*** caught segfault *** address 0x0, cause 'unknown'
Traceback: 1: sys.nframe() 2: dynGet("__NameSpacesLoading__", NULL) 3: loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) 4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 7: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste(prefix, "\n ", sep = "") } else prefix <- "Error : " msg <- paste(prefix, conditionMessage(e), "\n", sep = "") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = stderr()) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error"))}) 8: try({ ns <- loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc), keep.source = keep.source) dataPath <- file.path(which.lib.loc, package, "data") env <- attachNamespace(ns, pos = pos, dataPath = dataPath, deps)}) 9: library(tcltk)
Possible actions: 1: abort (with core dump, if enabled) 2: normal R exit 3: exit R without saving workspace 4: exit R saving workspace
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
participantes (4)
-
Fernando Antonio de souza -
Jose Claudio Faria -
Pedro Paulo M Chrispim -
Walmes Zeviani