Re: [R-br] Ajuda para criar um grafico
Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
Andre, vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura. # d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) } # Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10) forestplot(d) []s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/
------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br
* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também.
http://gallery.r-enthusiasts.com/
(S,f,P) Allaman
* * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Olá Andre, Ivan e Leonard Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido! Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1? E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda tableMat1a é a tabela abaixo Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866 par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1) Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto! Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/ ------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br
* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman ** \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
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Use barplot (........,xaxt='n') para excluir os números. Att, Heloise Em 25 de outubro de 2012 13:18, Humberto <hghazin@hotmail.com> escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
*Att.* *André Barbosa Ventura da Silva*
------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br >*escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também.
http://gallery.r-enthusiasts.com/
(S,f,P) Allaman
* * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
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Olá Heloise, Obrigado e uma dúvida! Onde o barplot entraria no script? Humberto Em 10/25/2012 1:30 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Use barplot (........,xaxt='n') para excluir os números.
Att, Heloise
Em 25 de outubro de 2012 13:18, Humberto <hghazin@hotmail.com <mailto:hghazin@hotmail.com>> escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto! Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/ ------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br> >* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman ** \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 <tel:%2B55%2073%203680-5596> E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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quanto ao fundo cinza: my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") ) forestplot(d) + my_theme este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)' []s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/
------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br
* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também.
http://gallery.r-enthusiasts.com/
(S,f,P) Allaman
* * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Leonard, Muito obrigado pela ajuda mais uma vez! Abr Humberto Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto! Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/ ------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br >* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman ** \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Desculpe... É no próprio plot. plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n') Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin@hotmail.com> escreveu:
Leonard,
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
Abr
Humberto
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
*Att.* *André Barbosa Ventura da Silva*
------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br >*escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também.
http://gallery.r-enthusiasts.com/
(S,f,P) Allaman
* * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
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Obrigado Heloisa Problema resolvido abr Humberto Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Desculpe... É no próprio plot.
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin@hotmail.com <mailto:hghazin@hotmail.com>> escreveu:
Leonard,
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
Abr
Humberto
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto! Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x <- seq(0.0,1.8,by=0.2) y <- seq(5,14) u <- 1 v <- 50
axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/ ------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br> >* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman ** \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 <tel:%2B55%2073%203680-5596> E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature}
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Olá Andre foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma correção do código que coloquei, segue as duas. Um abraço Humberto 1- Codigo corrigido par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1) 2-Forestplot # d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) } # Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10) my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") ) forestplot(d) + my_theme Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui, ficando um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui o resultado final da rotina!
/Att./ /André/ ------------------------------------------------------------------------ Em 25/10/2012 17:28, *Humberto < hghazin@hotmail.com >* escreveu: Obrigado Heloisa Problema resolvido
abr
Humberto
Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Desculpe... É no próprio plot.
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin@hotmail.com <mailto:hghazin@hotmail.com>> escreveu:
Leonard,
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
Abr
Humberto
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s Leonard de Assis assis leonard gmail com
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot require(ggplot2) p geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d y = rnorm(10, .05, 0.1)) d forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis leonard gmail com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto! Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x y u v axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/ ------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br> >* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman ** \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 <tel:%2B55%2073%203680-5596> E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Só corrigindo comando forestplot não existe, eu só peguei esta função (nomeada pelo rapaz que postou a dica) e colei. O correto seria falar que utiliza ggplot para desenhar o gráfico. A sorte do Humberto é que como eu estou estudando a fundo ggplot, assinei a lista deles para aprender um pouco e coincidentemente houve este exemplo e eu o tinha implementado em meus arquivos, pois atende a um objetivo que tenho no momento. []s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 25/10/2012 22:16, Humberto escreveu:
Olá Andre
foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma correção do código que coloquei, segue as duas. Um abraço Humberto
1- Codigo corrigido par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
2-Forestplot
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui, ficando um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui o resultado final da rotina!
/Att./ /André/
------------------------------------------------------------------------ Em 25/10/2012 17:28, *Humberto < hghazin@hotmail.com >* escreveu: Obrigado Heloisa Problema resolvido
abr
Humberto
Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Desculpe... É no próprio plot.
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin@hotmail.com <mailto:hghazin@hotmail.com>> escreveu:
Leonard,
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
Abr
Humberto
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s Leonard de Assis assis leonard gmail com
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot require(ggplot2) p geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d y = rnorm(10, .05, 0.1)) d forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis leonard gmail com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto!
Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x y u v axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
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------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br> >* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também.
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* * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 <tel:%2B55%2073%203680-5596> E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature}
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Leonard mais uma vez agradeço a grande ajuda humberto Em 10/25/2012 10:42 PM, Leonard de Assis escreveu:
Só corrigindo
comando forestplot não existe, eu só peguei esta função (nomeada pelo rapaz que postou a dica) e colei.
O correto seria falar que utiliza ggplot para desenhar o gráfico.
A sorte do Humberto é que como eu estou estudando a fundo ggplot, assinei a lista deles para aprender um pouco e coincidentemente houve este exemplo e eu o tinha implementado em meus arquivos, pois atende a um objetivo que tenho no momento.
[]s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com Em 25/10/2012 22:16, Humberto escreveu:
Olá Andre
foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma correção do código que coloquei, segue as duas. Um abraço Humberto
1- Codigo corrigido par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1) plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
2-Forestplot
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){ require(ggplot2) p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) + geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]), y = rnorm(10, .05, 0.1)) d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui, ficando um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui o resultado final da rotina!
/Att./ /André/ ------------------------------------------------------------------------ Em 25/10/2012 17:28, *Humberto < hghazin@hotmail.com >* escreveu: Obrigado Heloisa Problema resolvido
abr
Humberto
Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
Desculpe... É no próprio plot.
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin@hotmail.com <mailto:hghazin@hotmail.com>> escreveu:
Leonard,
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
Abr
Humberto
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
quanto ao fundo cinza:
my_theme <- theme( legend.position = "bottom", plot.title = element_text(size = rel(1.5)), panel.background = element_rect(fill = "white"), panel.border = element_rect(colour = "black", fill="transparent", linetype="solid"), panel.grid.major = element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"), panel.grid.minor = element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted") )
forestplot(d) + my_theme
este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos. Basta alterar nos locais certos
quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
[]s Leonard de Assis assis leonard gmail com
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
Olá Andre, Ivan e Leonard
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse sentido!
Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço para retirar esse background (cinza) do forestplot e adicionar a linha vertical no 1?
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
tableMat1a é a tabela abaixo
Specie lci or uci 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
par(mar=c(2, 8, 0, 0)) y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "") segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5) axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T, cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0)) axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2) segments(1,1,1,30,lty=1)
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
Andre,
vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode ser o que voce procura.
# d is a data frame with 4 columns # d$x gives variable names # d$y gives center point # d$ylo gives lower limits # d$yhi gives upper limits forestplot require(ggplot2) p geom_pointrange() + coord_flip() + geom_hline(aes(x=0), lty=2) + ylab(xlab) + xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above return(p) }
# Create some dummy data. d y = rnorm(10, .05, 0.1)) d forestplot(d)
[]s Leonard de Assis assis leonard gmail com
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
Olá Humberto! Eu até começei a fazer o que estava querendo, porém, não consegui implementar os intervalos de confianças com as respectivas médias. Segue um script abaixo até onde cheguei, se alguém puder continuar e sanar sua dúvida, seria uma grande ajuda!
library(fields) plot(xlim=c(0,1.8),5:10, bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative catchability",ylab="") x y u v axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x, format="fg")) abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4, length=.2, col='black', lwd=2) arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5, length=.2, col='black', lwd=2)
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile shark\nPelagic stingray\nTurtle oliva\nOceanic whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))
/Att./ /André Barbosa Ventura da Silva/ ------------------------------------------------------------------------ Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br> >* escreveu: Utilize as funções plot, segments e par para obter êxito! O link abaixo será útil também. http://gallery.r-enthusiasts.com/ (S,f,P) Allaman ** \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 <tel:%2B55%2073%203680-5596> E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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