Frequência dentro de parcelas selecionadas com table()
Boa tarde pessoal, Estou tentando calcular a frequência de pontos dentro de parcelas selecionadas em uma área através da função table() e estou tendo dificuldades, bom consegui calcular para todas as parcelas da área mais não estou conseguindo utilizar o comando para selecionar algumas parcelas de interesse fiz: require(splancs) #Geração dos pontos aleatórios x <- runif(n=500,min=0, max=20) y <- runif(n=500,min=0, max=20) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0 <- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18) limy<-c(2.5,18,18,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) polygon(lim)##Desenha o limite grid0<-as.matrix(grid0) m.int<-pip(grid0,lim,out=FALSE)##Seleciona as parcelas dentro do limite points(m.int,col="blue", pch=10) ##Frequencia em cada parcela x.parcela <- cut(x,breaks=0:20) y.parcela <- cut(y,breaks=0:20) contag <- data.frame(table(x.parcela,y.parcela)) Aqui esta minha dificuldade, se uso o cut(), só consigo dividir a área toda, porém não estou conseguindo selecionar as parcelas localizadas dentro do limite, alguém poderia me dar uma luz, Obrigado, -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Pragas Florestais Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
Alexandre sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria algumas alternativas caso nao queira programar isto: 1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens 2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial) aqui vai um exemplinho usando o 1o require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X <- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q <- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2) On Tue, 15 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa tarde pessoal,
Estou tentando calcular a frequência de pontos dentro de parcelas selecionadas em uma área através da função table() e estou tendo dificuldades, bom consegui calcular para todas as parcelas da área mais não estou conseguindo utilizar o comando para selecionar algumas parcelas de interesse fiz:
require(splancs) #Geração dos pontos aleatórios x <- runif(n=500,min=0, max=20) y <- runif(n=500,min=0, max=20)
plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos
##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2)
pt0 <- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela
N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20))
##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18) limy<-c(2.5,18,18,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) polygon(lim)##Desenha o limite
grid0<-as.matrix(grid0) m.int<-pip(grid0,lim,out=FALSE)##Seleciona as parcelas dentro do limite points(m.int,col="blue", pch=10)
##Frequencia em cada parcela x.parcela <- cut(x,breaks=0:20) y.parcela <- cut(y,breaks=0:20) contag <- data.frame(table(x.parcela,y.parcela))
Aqui esta minha dificuldade, se uso o cut(), só consigo dividir a área toda, porém não estou conseguindo selecionar as parcelas localizadas dentro do limite, alguém poderia me dar uma luz, Obrigado,
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Pragas Florestais Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Prof Paulo Aproveitando o email, já que tenho uma dúvida no mesmo assunto: 1. Qual seria uma bibliografia sugerida para se entender essa abordagem "geoestatística" da análise de dados 2. Algum curso (presencial ou EAD) previsto para ano que vem? Pergunto isso pois tenho muitas idéias de aplicação destes conceitos, mas me falta referência (e até incentivo) para pesquisar mais sobre o assunto e formar alguma opinião. []s Leonard de Assis assis<dot> leonard<at> gmail<dot> com Em 16/11/2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X <- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q <- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
On Tue, 15 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa tarde pessoal,
Estou tentando calcular a frequência de pontos dentro de parcelas selecionadas em uma área através da função table() e estou tendo dificuldades, bom consegui calcular para todas as parcelas da área mais não estou conseguindo utilizar o comando para selecionar algumas parcelas de interesse fiz:
require(splancs) #Geração dos pontos aleatórios x <- runif(n=500,min=0, max=20) y <- runif(n=500,min=0, max=20)
plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos
##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2)
pt0 <- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela
N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20))
##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18) limy<-c(2.5,18,18,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) polygon(lim)##Desenha o limite
grid0<-as.matrix(grid0) m.int<-pip(grid0,lim,out=FALSE)##Seleciona as parcelas dentro do limite points(m.int,col="blue", pch=10)
##Frequencia em cada parcela x.parcela <- cut(x,breaks=0:20) y.parcela <- cut(y,breaks=0:20) contag <- data.frame(table(x.parcela,y.parcela))
Aqui esta minha dificuldade, se uso o cut(), só consigo dividir a área toda, porém não estou conseguindo selecionar as parcelas localizadas dentro do limite, alguém poderia me dar uma luz, Obrigado,
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Pragas Florestais Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
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Obrigado Prof. Paulo, Vou converter para objetos Spatial do sp e tentar a função overlay, estava lendo a função é bem isso que preciso. Já tinha tentando quadrat.count() do Rcitrus e quadratcount() do spatstat, mais o problema é que estou começando o estudo com simulações e as janelas são quadradas, porém quando for para campo e como as áreas possuem contornos irregulares, já estou prevendo problemas com as inúmeras parcelas que se localizam na borda e não vão formar quadrats de mesmo tamanho, por isso preciso estudar abordagem prevendo isso. Redobrados agradecimentos, Alexandre -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 Em 16-11-2011 16:34, Leonard de Assis escreveu:
Prof Paulo
Aproveitando o email, já que tenho uma dúvida no mesmo assunto:
1. Qual seria uma bibliografia sugerida para se entender essa abordagem "geoestatística" da análise de dados 2. Algum curso (presencial ou EAD) previsto para ano que vem?
Pergunto isso pois tenho muitas idéias de aplicação destes conceitos, mas me falta referência (e até incentivo) para pesquisar mais sobre o assunto e formar alguma opinião. []s Leonard de Assis assis<dot> leonard<at> gmail<dot> com
Em 16/11/2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X <- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q <- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
On Tue, 15 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa tarde pessoal,
Estou tentando calcular a frequência de pontos dentro de parcelas selecionadas em uma área através da função table() e estou tendo dificuldades, bom consegui calcular para todas as parcelas da área mais não estou conseguindo utilizar o comando para selecionar algumas parcelas de interesse fiz:
require(splancs) #Geração dos pontos aleatórios x <- runif(n=500,min=0, max=20) y <- runif(n=500,min=0, max=20)
plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos
##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2)
pt0 <- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela
N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20))
##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18) limy<-c(2.5,18,18,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) polygon(lim)##Desenha o limite
grid0<-as.matrix(grid0) m.int<-pip(grid0,lim,out=FALSE)##Seleciona as parcelas dentro do limite points(m.int,col="blue", pch=10)
##Frequencia em cada parcela x.parcela <- cut(x,breaks=0:20) y.parcela <- cut(y,breaks=0:20) contag <- data.frame(table(x.parcela,y.parcela))
Aqui esta minha dificuldade, se uso o cut(), só consigo dividir a área toda, porém não estou conseguindo selecionar as parcelas localizadas dentro do limite, alguém poderia me dar uma luz, Obrigado,
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Pragas Florestais Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
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Boa tarde pessoal, Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script: require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x <- runif(n=500,min=0, max=20) y <- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0 <- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos <- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid <-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite Obrigado, -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 Em 16-11-2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X <- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q <- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
Boa dia pessoal, Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script: require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x<- runif(n=500,min=0, max=20) y<- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0<- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0<- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos<- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid<-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite Obrigado, -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 Em 16-11-2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X<- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q<- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Alexandre em meus testes aqui su consegui selecionar o SpatialGridDataFrame (e nao o SpatialGrid) deve ter como mas como solucao temporaria: ## o seguinte funciona ap <- SpatialGridDataFrame(grid, data=data.frame(clip)) ap1 <- ap[!is.na(clip),] On Sat, 19 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa dia pessoal,
Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script:
require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x<- runif(n=500,min=0, max=20) y<- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0<- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0<- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos<- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid<-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite
Obrigado,
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
Em 16-11-2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X<- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q<- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
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Prof. Paulo, Obrigado pela ajuda sua solução também funcionou, o Pebesma me forneceu a seguinte solução: fullgrid(grid)=FALSE sel.grid<-grid[!is.na(clip),] points(sel.grid, col='blue', pch=3) mas o problema agora é que quando tentou calcular a frequência dos pontos dentro do grid com over(pontos, sel.grid), tenho uma resposta muito estranha que não representa a frequência de pontos contida em cada parcela da malha, teria alguma sugestão, redobrados agradecimentos, Alexandre Em 21-11-2011 10:54, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
em meus testes aqui su consegui selecionar o SpatialGridDataFrame (e nao o SpatialGrid) deve ter como mas como solucao temporaria:
## o seguinte funciona ap <- SpatialGridDataFrame(grid, data=data.frame(clip)) ap1 <- ap[!is.na(clip),]
On Sat, 19 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa dia pessoal,
Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script:
require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x<- runif(n=500,min=0, max=20) y<- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0<- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0<- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos<- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid<-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite
Obrigado,
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
Em 16-11-2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu:
Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X<- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q<- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
-- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304
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Aledandre se nao funcionar com grid voce poderia rtransformar de grid para SpatialPolygons e operar o over() novamente On Mon, 21 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Prof. Paulo, Obrigado pela ajuda sua solução também funcionou, o Pebesma me forneceu a seguinte solução:
fullgrid(grid)=FALSE sel.grid <-grid[!is.na(clip),] points(sel.grid, col='blue', pch=3)
mas o problema agora é que quando tentou calcular a frequência dos pontos dentro do grid com over(pontos, sel.grid), tenho uma resposta muito estranha que não representa a frequência de pontos contida em cada parcela da malha, teria alguma sugestão,
redobrados agradecimentos,
Alexandre
Em 21-11-2011 10:54, Paulo Justiniano escreveu: Alexandre
em meus testes aqui su consegui selecionar o SpatialGridDataFrame (e nao o SpatialGrid) deve ter como mas como solucao temporaria:
## o seguinte funciona ap <- SpatialGridDataFrame(grid, data=data.frame(clip)) ap1 <- ap[!is.na(clip),]
On Sat, 19 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa dia pessoal,
Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script:
require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x<- runif(n=500,min=0, max=20) y<- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0<- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0<- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos<- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid<-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite
Obrigado,
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Em 16-11-2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu: Alexandre
sem fornecer codigo especifico aqui vao algums ideias de por ojnde eu comecaria
algumas alternativas caso nao queira programar isto:
1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X<- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q<- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
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Obrigado Prof. Paulo, Mas não funcionou não, aparentemente não é possível transformar o grid selecionado em SpatialPolygons, msemo repetindo a primeira coordenada para fechar o polígono, preciso encontrar uma outra solução, Alexandre Em 21-11-2011 16:20, Paulo Justiniano escreveu:
Aledandre
se nao funcionar com grid voce poderia rtransformar de grid para SpatialPolygons e operar o over() novamente
On Mon, 21 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Prof. Paulo, Obrigado pela ajuda sua solução também funcionou, o Pebesma me forneceu a seguinte solução:
fullgrid(grid)=FALSE sel.grid <-grid[!is.na(clip),] points(sel.grid, col='blue', pch=3)
mas o problema agora é que quando tentou calcular a frequência dos pontos dentro do grid com over(pontos, sel.grid), tenho uma resposta muito estranha que não representa a frequência de pontos contida em cada parcela da malha, teria alguma sugestão,
redobrados agradecimentos,
Alexandre
Em 21-11-2011 10:54, Paulo Justiniano escreveu: Alexandre
em meus testes aqui su consegui selecionar o SpatialGridDataFrame (e nao o SpatialGrid) deve ter como mas como solucao temporaria:
## o seguinte funciona ap <- SpatialGridDataFrame(grid, data=data.frame(clip)) ap1 <- ap[!is.na(clip),]
On Sat, 19 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa dia pessoal,
Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script:
require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x<- runif(n=500,min=0, max=20) y<- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0<- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0<- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos<- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área
limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid<-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite
Obrigado,
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Em 16-11-2011 15:25, Paulo Justiniano escreveu: Alexandre
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1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
2. este problema é o mesmo do chamado "quadrat counts" que é tratado em pacotes como spatstat (oficial) ou Rcitrus (nao oficial)
aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X<- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q<- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
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Alenxandre o seguinte funcionou aqui note que com plot(ap3) que o 1o poluigono é o segundo pixel lá no alto (o o 1o pixel fica como ultimo poligono) fullgrid(grid) <- FALSE class(grid) ## SpatialPixels ap3 <- as.SpatialPolygons.SpatialPixels(grid) table(over(pontos, ap3)) On Mon, 21 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Obrigado Prof. Paulo,
Mas não funcionou não, aparentemente não é possível transformar o grid selecionado em SpatialPolygons, msemo repetindo a primeira coordenada para fechar o polígono, preciso encontrar uma outra solução,
Alexandre
Em 21-11-2011 16:20, Paulo Justiniano escreveu: Aledandre
se nao funcionar com grid voce poderia rtransformar de grid para SpatialPolygons e operar o over() novamente
On Mon, 21 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Prof. Paulo, Obrigado pela ajuda sua solução também funcionou, o Pebesma me forneceu a seguinte solução:
fullgrid(grid)=FALSE sel.grid <-grid[!is.na(clip),] points(sel.grid, col='blue', pch=3)
mas o problema agora é que quando tentou calcular a frequência dos pontos dentro do grid com over(pontos, sel.grid), tenho uma resposta muito estranha que não representa a frequência de pontos contida em cada parcela da malha, teria alguma sugestão,
redobrados agradecimentos,
Alexandre
Em 21-11-2011 10:54, Paulo Justiniano escreveu: Alexandre
em meus testes aqui su consegui selecionar o SpatialGridDataFrame (e nao o SpatialGrid) deve ter como mas como solucao temporaria:
## o seguinte funciona ap <- SpatialGridDataFrame(grid, data=data.frame(clip)) ap1 <- ap[!is.na(clip),]
On Sat, 19 Nov 2011, ASANTOS wrote:
Boa dia pessoal,
Então fiz as recomendações que o Prof. Paulo me recomendou, porém quando utilizo a função overlay() ou over(), para sobrescrever um novo grid (objeto sel.grid), somente com as parcelas do grid contidas no limite da área, obtenho o seguinte erro: Erro em grid[!is.na(clip), ] : (subscript) subscrito lógico muito longo, já verifiquei todos os objetos espaciais envolvidos e me parece estar tudo Ok não sei o que pode estar dando errado, segue o script:
require(splancs) require(sp) set.seed(12) #Geração dos pontos aleatórios x<- runif(n=500,min=0, max=20) y<- runif(n=500,min=0, max=20) xy<-cbind(x,y) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0<- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0<- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18,2.5) limy<-c(2.5,18,18,2.5,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) ##Passando para objetos da classe Spatial #Pontos pontos<- SpatialPoints(cbind(x,y)) pontos<- SpatialPoints(list(x,y)) pontos<- SpatialPoints(data.frame(x,y)) #Grid grid0= GridTopology(c(0.5,0.5), c(1,1), c(20,20)) grid<-SpatialGrid(grid = grid0) ##Limite da área limite=SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(lim)),"lim"))) ##Plotando plot(limite)#Limite points(pontos,col='red')#Pontos points(grid,col='blue')#Malha clip<-overlay(grid,limite)##Jogando o limite sobre a malha sel.grid<-grid[!is.na(clip),]##Retirando os NA's que correspondem a parte do grid fora do limite
Obrigado,
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1. represetnar os dados no formato sp. Um como SpatialPoints -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304 e outro como SpatialGrid Depois a operaçõa de overlay (over() ) com tabloe vai te fornecer as contagens
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aqui vai um exemplinho usando o 1o
require(spatstat) ## Carregando um conjunto de dados data(swedishpines) X<- swedishpines plot(X) summary(X) ## Contagem de Quadrats Q<- quadratcount(X, nx = 4, ny = 3) Q plot(X) plot(Q, add = TRUE, cex = 2)
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Muito obrigado Prof. Paulo, Era exatamente isto!!! Vou tentar fazer no spatastat também como estudo, novamente obrigado, Alexandre Em 21-11-2011 17:49, Paulo Justiniano escreveu:
fullgrid(grid) <- FALSE class(grid) ## SpatialPixels
ap3 <- as.SpatialPolygons.SpatialPixels(grid) table(over(pontos, ap3))
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