Preciso realizar uma análise sobre a resistência de dado genótipo a uma praga. O experimento foi o seguinte: genotipo T0 T1 T2 1 10 8 3 2 10 10 10 3 10 2 0 4 10 1 0 5 10 10 10 (...) n 10 8 2 Em cada genótipo foram adicionados 10 insetos no tempo zero e passou-se a contar o número de sobreviventes a cada dia. Genótipos onde os insetos morreram de início são mais resistentes que aqueles em que os insetos sobreviveram mais tempo. Há repetição desse mesmo experimento ao longo do tempo. Foi observado que em determinada época do ano a mortalidade varia. Poderia sugerir um pacote que auxilia nesse tipo de análise? Ou sugerir material bibliográfico? Funções, etc...? Obrigado -- Marcelo Brasil (Brazil, for English Speakers) Linux user number 487797
snpStats é um pacote a considerar On 7 Jul 2013 18:50, "Marcelo Laia" <marcelolaia@gmail.com> wrote:
Preciso realizar uma análise sobre a resistência de dado genótipo a uma praga. O experimento foi o seguinte:
genotipo T0 T1 T2 1 10 8 3 2 10 10 10 3 10 2 0 4 10 1 0 5 10 10 10 (...) n 10 8 2
Em cada genótipo foram adicionados 10 insetos no tempo zero e passou-se a contar o número de sobreviventes a cada dia. Genótipos onde os insetos morreram de início são mais resistentes que aqueles em que os insetos sobreviveram mais tempo.
Há repetição desse mesmo experimento ao longo do tempo. Foi observado que em determinada época do ano a mortalidade varia.
Poderia sugerir um pacote que auxilia nesse tipo de análise? Ou sugerir material bibliográfico? Funções, etc...?
Obrigado
-- Marcelo Brasil (Brazil, for English Speakers) Linux user number 487797 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Benilton, Ce tem certeza que o snpStats do Bioconductor pode ser considerado? Estive lendo sobre ele e vi tratar-se de SNPs. Por favor, não vi como rodar meus dados nele. Nesse meio tempo vi alguns pacotes: drc, eha e survival. No entanto, eles analisam do lado do inseto. Eu quero analisar do lado da planta. O pacote drc faz algo interessante, mas, considera dosagens. Eu modifiquei o exemplo desse pacote e troquei doses para tempo e herbicidas para genótipos. Ele fez o gráfico [1], mas, não sei se a estatística por de trás está correta a essa questão. 1. https://dl.dropboxusercontent.com/u/34009642/Rplots.pdf Alguma outra sugestão? Laia On 07/07/13 at 11:55pm, Benilton Carvalho wrote:
snpStats é um pacote a considerar On 7 Jul 2013 18:50, "Marcelo Laia" <marcelolaia@gmail.com> wrote:
Preciso realizar uma análise sobre a resistência de dado genótipo a uma praga. O experimento foi o seguinte:
genotipo T0 T1 T2 1 10 8 3 2 10 10 10 3 10 2 0 4 10 1 0 5 10 10 10 (...) n 10 8 2
Em cada genótipo foram adicionados 10 insetos no tempo zero e passou-se a contar o número de sobreviventes a cada dia. Genótipos onde os insetos morreram de início são mais resistentes que aqueles em que os insetos sobreviveram mais tempo.
Há repetição desse mesmo experimento ao longo do tempo. Foi observado que em determinada época do ano a mortalidade varia.
Poderia sugerir um pacote que auxilia nesse tipo de análise? Ou sugerir material bibliográfico? Funções, etc...?
Obrigado
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Entendi, Marcelo, agora esta' mais claro seu cenario e, de fato, o snpStats nao se aplica diretamente. Voce ate' pode mudar os seus dados para o formato pelo snpStats, mas vejo que o basico que vc precisa e' comparacao de curvas de sobrevivencia... Neste caso, vc precisa mudar o formato para utilizar o padrao de sobrevivencia (individuo, tempo, censura, covariavel) e utilizar algo como regressao de Cox.... b Em 8 de julho de 2013 12:41, Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com> escreveu:
Benilton,
Ce tem certeza que o snpStats do Bioconductor pode ser considerado? Estive lendo sobre ele e vi tratar-se de SNPs.
Por favor, não vi como rodar meus dados nele.
Nesse meio tempo vi alguns pacotes: drc, eha e survival. No entanto, eles analisam do lado do inseto. Eu quero analisar do lado da planta. O pacote drc faz algo interessante, mas, considera dosagens. Eu modifiquei o exemplo desse pacote e troquei doses para tempo e herbicidas para genótipos. Ele fez o gráfico [1], mas, não sei se a estatística por de trás está correta a essa questão.
1. https://dl.dropboxusercontent.com/u/34009642/Rplots.pdf
Alguma outra sugestão?
Laia
On 07/07/13 at 11:55pm, Benilton Carvalho wrote:
snpStats é um pacote a considerar On 7 Jul 2013 18:50, "Marcelo Laia" <marcelolaia@gmail.com> wrote:
Preciso realizar uma análise sobre a resistência de dado genótipo a uma praga. O experimento foi o seguinte:
genotipo T0 T1 T2 1 10 8 3 2 10 10 10 3 10 2 0 4 10 1 0 5 10 10 10 (...) n 10 8 2
Em cada genótipo foram adicionados 10 insetos no tempo zero e passou-se a contar o número de sobreviventes a cada dia. Genótipos onde os insetos morreram de início são mais resistentes que aqueles em que os insetos sobreviveram mais tempo.
Há repetição desse mesmo experimento ao longo do tempo. Foi observado que em determinada época do ano a mortalidade varia.
Poderia sugerir um pacote que auxilia nesse tipo de análise? Ou sugerir material bibliográfico? Funções, etc...?
Obrigado
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