função glht{multcomp} comparaçãos função lme
Caros colegas, Estou realizando um exercício de parcela subdividida utilizando a função lme{nlme}. Acontece que quando rodo a função summary.glht as comparações pairwise são feitas e eu recebo as seguintes mensagens warnings: Warning messages: 1: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps 2: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps 3: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps 4: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps Essas mensagens no entanto não aparecem quando defino outro teste na função summary.glht summary.glht(compara, test=adjusted("fdr")) Porque isso ocorre? Segue o CMR. att #install.packages(c("nlme","multcomp")) library(nlme) library(multcomp) PARCSUB<-read.csv("https://www.dropbox.com/s/y8qmhwau0i8euva/ExemploSub.csv?raw=1",head=TRUE) PARCSUB<-transform(PARCSUB,PARCELA=factor(PARCELA),BLOCO=factor(BLOCO),PASTO=factor(PASTO),MINERAL=factor(MINERAL)) modeloPARSUBlme<-lme(PRODLEIT~BLOCO+PASTO*MINERAL,random=~1|PARCELA,data=PARCSUB) compara<- glht(modeloPARSUBlme, linfct=mcp(PASTO="Tukey")) summary.glht(compara) ================================== Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal celular: (31)99796-8781 (Vivo) / (31)97358-4685 (Tim) e-mail:nandodesouza@gmail.com Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ =================================
Na minha versão da multicomp no Ubuntu 16.04 com R não deu warnings.
> modeloPARSUBlme <- lme(PRODLEIT ~ BLOCO + PASTO * MINERAL,
+ random = ~1 | PARCELA,
+ data = PARCSUB)
>
> compara <- glht(modeloPARSUBlme, linfct = mcp(PASTO = "Tukey"))
Warning message:
In mcp2matrix(model, linfct = linfct) :
covariate interactions found -- default contrast might be inappropriate
> summary(compara)
Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts
Fit: lme.formula(fixed = PRODLEIT ~ BLOCO + PASTO * MINERAL, data =
PARCSUB,
random = ~1 | PARCELA)
Linear Hypotheses:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
2 - 1 == 0 0.3333 1.4829 0.225 0.99600
3 - 1 == 0 1.0000 1.4829 0.674 0.90684
4 - 1 == 0 4.6667 1.4829 3.147 0.00899 **
3 - 2 == 0 0.6667 1.4829 0.450 0.96973
4 - 2 == 0 4.3333 1.4829 2.922 0.01821 *
4 - 3 == 0 3.6667 1.4829 2.473 0.06416 .
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Adjusted p values reported -- single-step method)
>
> packageVersion("multcomp")
[1] ‘1.4.6’
> R.version.string
[1] "R version 3.3.1 (2016-06-21)"
>
> browseURL("https://cran.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html")
À disposição.
Walmes.
participantes (2)
-
Fernando Souza -
Walmes Zeviani