Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] < ml-node+s2285057n4657102h39@n4.nabble.com> escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
Data: 16/11/2012 17:01 Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
Se vc rodar
R CMD check pacote
ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo dos logs?
2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
O meu path esta configurado da seguinte forma:
C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
Você vê algum problema?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
RTools, errei o nome
voce acha no CRAN
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez?
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes
São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias!
Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
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Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b 2012/11/17 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho@gmail.com> escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] < ml-node+s2285057n4657102h39@n4.nabble.com> escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
Data: 16/11/2012 17:01 Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
Se vc rodar
R CMD check pacote
ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo dos logs?
2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
O meu path esta configurado da seguinte forma:
C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
Você vê algum problema?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
RTools, errei o nome
voce acha no CRAN
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez?
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes
São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias!
Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
------------------------------ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below:
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... To unsubscribe from R-br, click here. NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <ml-node+s2285057n4657106h63@n4.nabble.com
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b 2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2>> escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
Data: 16/11/2012 17:01 Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
Se vc rodar
R CMD check pacote
ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo dos logs?
2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
O meu path esta configurado da seguinte forma:
C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
Você vê algum problema?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
RTools, errei o nome
voce acha no CRAN
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez?
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Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
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Existe uma padronizacao... pode ser x.y.z x.y-z :-P Nos meus pacotes, eu uso x.y.z x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo. Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas. Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril). Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1. Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc... Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento.... E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x.... b 2012/11/17 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" < ml-node+s2285057n4657106h63@n4.nabble.com> Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2>> escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
Data: 16/11/2012 17:01 Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
Se vc rodar
R CMD check pacote
ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo dos logs?
2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
O meu path esta configurado da seguinte forma:
C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
Você vê algum problema?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
RTools, errei o nome
voce acha no CRAN
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez?
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes
São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias!
Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
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Benilton muito obrigado pela pelas informações sobre as versões. Foi muito útil para mim e acho que vou seguir essa ideia. Existe alguma forma de fazer a estatística de quantas pessoas estão utilizando o pacote? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4657109h56@n4.nabble.com> Data: 17 de novembro de 2012 18:18 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: Pedro Rafael Diniz Marinho <pedro.rafael.marinho@gmail.com> Existe uma padronizacao... pode ser x.y.z x.y-z :-P Nos meus pacotes, eu uso x.y.z x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo. Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas. Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril). Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1. Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc... Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento.... E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x.... b 2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=0>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=1>
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=2>
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2>> escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
Data: 16/11/2012 17:01 Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
Se vc rodar
R CMD check pacote
ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo dos logs?
2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
O meu path esta configurado da seguinte forma:
C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
Você vê algum problema?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
RTools, errei o nome
voce acha no CRAN
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez?
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes
São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias!
Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
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A resposta curta para sua pergunta e' "nao". A mais longa e': http://stackoverflow.com/questions/1689028/r-package-download-and-usage-stat... Se vc estivesse submetendo para o BioConductor, teria uma aproximacao (a gente tem um mecanismo de registro do numero de downloads de cada pacote). 2012/11/18 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
Benilton muito obrigado pela pelas informações sobre as versões. Foi muito útil para mim e acho que vou seguir essa ideia. Existe alguma forma de fazer a estatística de quantas pessoas estão utilizando o pacote?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: beniltoncarvalho [via R-br] <ml-node+s2285057n4657109h56@n4.nabble.com
Data: 17 de novembro de 2012 18:18 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Para: Pedro Rafael Diniz Marinho <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
Existe uma padronizacao... pode ser
x.y.z x.y-z
:-P
Nos meus pacotes, eu uso x.y.z
x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao
Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento
Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo.
Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas.
Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril).
Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1.
Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc...
Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento....
E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x....
b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=0>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=1>
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=2>
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2>>escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
Data: 16/11/2012 17:01 Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
Se vc rodar
R CMD check pacote
ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo dos logs?
2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> >
O meu path esta configurado da seguinte forma:
C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
Você vê algum problema?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
RTools, errei o nome
voce acha no CRAN
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que estamos usando.
Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão antiga do MikTex que eu não estou usando.
Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
Espero ter te ajudado.
Att.
Tiago.
------------------------------ Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
OBS: Estou em uma máquina Linux.
* using log directory ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ * using R version 2.15.1 (2012-06-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... OK * checking Rd files ... WARNING prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... ERROR Rd conversion errors: Warning: unknown option '-' Warning in file(con, "r") : cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or directory Error in file(con, "r") : cannot open the connection
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> > escreveu:
Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote que deve ser respeitada?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
> Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão?
1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto em detalhes.
2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
R CMD check SEU_PACOTE
e corrija todos os eventuais problemas
> Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações > fiquem disponíveis?
Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira > vez? >
Bem vindo ao Universo do Software livre
Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que quiser
Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. Leia sobre licxancas GPL e análogas
Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e livre-se destas preocupacoes
> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
Nao sao somente suas. Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem controvérsias!
> > Obrigado à todos. > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Benilton voltando ao esquema de versões de pacotes. Você disse que em seus pacotes estável tem vida útil de 6 meses, ou seja, abril-outrubro-abril, similar aos lançamento das versões do ubuntu. A versão instável (x.y.z), ou seja quando y é ímpar, tem vida útil de quantos meses? Exemplo: Suponha um pacote em sua versão 1.8.x. Nessa versão estável apenas terá correções de bugs mas nada de novo será implementado. Ao mesmo tempo você tem em seu pc uma versão 1.9 que terá todas as correções feita na versão 1.8.x e mais novas funções. Depois de 6 meses sua versão irá se tornar a 1.9.0. Quanto tempo terá essa versão instável ou apenas as estáveis que irão ser submetidas de 6 em 6 meses no CRAN? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 18 de novembro de 2012 07:25, beniltoncarvalho [via R-br] < ml-node+s2285057n4657112h49@n4.nabble.com> escreveu:
A resposta curta para sua pergunta e' "nao".
A mais longa e': http://stackoverflow.com/questions/1689028/r-package-download-and-usage-stat...
Se vc estivesse submetendo para o BioConductor, teria uma aproximacao (a gente tem um mecanismo de registro do numero de downloads de cada pacote).
2012/11/18 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=0>
Benilton muito obrigado pela pelas informações sobre as versões. Foi muito útil para mim e acho que vou seguir essa ideia. Existe alguma forma de fazer a estatística de quantas pessoas estão utilizando o pacote?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=1>
Data: 17 de novembro de 2012 18:18 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Para: Pedro Rafael Diniz Marinho <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=2>
Existe uma padronizacao... pode ser
x.y.z x.y-z
:-P
Nos meus pacotes, eu uso x.y.z
x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao
Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento
Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo.
Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas.
Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril).
Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1.
Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc...
Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento....
E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x....
b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=0>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=1>
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=2>
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2>
escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão
[]s Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do pacote? Isso pode ser feito? ---------- Mensagem encaminhada ----------
De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0> > Data: 16/11/2012 17:50 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1> >
Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> wrote:
> Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi > em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. > Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios > nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? > ---------- Mensagem encaminhada ---------- > De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>> > > > Data: 16/11/2012 17:01 > Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>> > > > > Se vc rodar > > R CMD check pacote > > ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o > conteudo dos logs? > > 2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> > > > > O meu path esta configurado da seguinte forma: > > C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program > Files\Common Files\Microsoft > Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program > Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer > > Você vê algum problema? > > Att. > > Tiago. > > ------------------------------ > Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200 > > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> > To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei > o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo) > > []s > Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis > > Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu: > > O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R > CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, > entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9. > > Att. > > Tiago. > > ------------------------------ > Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> > To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > RTools, errei o nome > > voce acha no CRAN > > []s > Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis > > Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu: > > Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? > > Att. > > Tiago. > > ------------------------------ > Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> > To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R > que estamos usando. > > Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que > encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar > todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. > > []s > Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis > > Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: > > Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No > meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R > CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão > antiga do MikTex que eu não estou usando. > > Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de > instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido > este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do > arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no check > dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro. > > Espero ter te ajudado. > > Att. > > Tiago. > > ------------------------------ > Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 > From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> > To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. > > Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte > erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da > documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? > > OBS: Estou em uma máquina Linux. > > * using log directory > ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ > * using R version 2.15.1 (2012-06-22) > * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) > * using session charset: UTF-8 > * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK > * checking extension type ... Package > * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ > * checking package namespace information ... OK > * checking package dependencies ... OK > * checking if this is a source package ... OK > * checking if there is a namespace ... OK > * checking for executable files ... OK > * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK > * checking installed package size ... OK > * checking package directory ... OK > * checking for portable file names ... OK > * checking for sufficient/correct file permissions ... OK > * checking DESCRIPTION meta-information ... OK > * checking top-level files ... OK > * checking index information ... OK > * checking package subdirectories ... OK > * checking R files for non-ASCII characters ... OK > * checking R files for syntax errors ... OK > * checking whether the package can be loaded ... OK > * checking whether the package can be loaded with stated > dependencies ... OK > * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK > * checking whether the namespace can be loaded with stated > dependencies ... OK > * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK > * checking for unstated dependencies in R code ... OK > * checking S3 generic/method consistency ... OK > * checking replacement functions ... OK > * checking foreign function calls ... OK > * checking R code for possible problems ... OK > * checking Rd files ... WARNING > prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section > prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section > prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value > * checking Rd metadata ... OK > * checking Rd cross-references ... OK > * checking for missing documentation entries ... OK > * checking for code/documentation mismatches ... OK > * checking Rd \usage sections ... OK > * checking Rd contents ... OK > * checking for unstated dependencies in examples ... OK > * checking examples ... OK > * checking PDF version of manual ... ERROR > Rd conversion errors: > Warning: unknown option '-' > Warning in file(con, "r") : > cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file > or directory > Error in file(con, "r") : cannot open the connection > > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> > > escreveu: > > Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas > informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei > meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que > eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. > Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar > algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome > dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por > uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara > de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e > depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". > Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção > do pacote que deve ser respeitada? > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu: > > > > On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: > > > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o > professo de submissão? > > 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve > isto em > detalhes. > > 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : > > R CMD check SEU_PACOTE > > e corrija todos os eventuais problemas > > > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira > > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações > eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as > atualizações > > fiquem disponíveis? > > Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION > > > > > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu > pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e > alterar ele > > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação > tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela > primeira > > vez? > > > > Bem vindo ao Universo do Software livre > > Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o > que > quiser > > Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. > Leia sobre licxancas GPL e análogas > > Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software > livre e > livre-se destas preocupacoes > > > > > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. > > Nao sao somente suas. > Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem > controvérsias! > > > > > Obrigado à todos. > > [ ], > > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... > To unsubscribe from R-br, click here. > NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> > > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=11> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o > guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=12>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=13> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o > guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=14>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=15> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o > guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=16>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ R-br mailing list [hidden > email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=17> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o > guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=18> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. >
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eu nao trabalho com o CRAN (talvez o Paulo possa opinar a respeito)... Mas no BioConductor, existem duas arvores de desenvolvimento: release/devel. Hoje, por exemplo, eu tenho a 1.22.x disponivel para o publico... enquanto isso, tenho tambem a 1.23.x disponivel (mas o usuario comum, em geral, nao sabe nem como encontrar essa versao)... Em abril, a versao 1.22.x "morre"; a versao 1.23.x e' "promovida" (renomeada) para 1.24.0; a recem-criada 1.24.0 e' copiada como 1.25.0... e tudo recomeca... (i.e., em abril, o publico enxergara' a minha versao 1.24.x e a de desenvolvimento sera' a 1.25.x) 2012/11/18 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho@gmail.com>
Benilton voltando ao esquema de versões de pacotes. Você disse que em seus pacotes estável tem vida útil de 6 meses, ou seja, abril-outrubro-abril, similar aos lançamento das versões do ubuntu. A versão instável (x.y.z), ou seja quando y é ímpar, tem vida útil de quantos meses? Exemplo:
Suponha um pacote em sua versão 1.8.x. Nessa versão estável apenas terá correções de bugs mas nada de novo será implementado. Ao mesmo tempo você tem em seu pc uma versão 1.9 que terá todas as correções feita na versão 1.8.x e mais novas funções. Depois de 6 meses sua versão irá se tornar a 1.9.0. Quanto tempo terá essa versão instável ou apenas as estáveis que irão ser submetidas de 6 em 6 meses no CRAN?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 18 de novembro de 2012 07:25, beniltoncarvalho [via R-br] < ml-node+s2285057n4657112h49@n4.nabble.com> escreveu:
A resposta curta para sua pergunta e' "nao".
A mais longa e': http://stackoverflow.com/questions/1689028/r-package-download-and-usage-stat...
Se vc estivesse submetendo para o BioConductor, teria uma aproximacao (a gente tem um mecanismo de registro do numero de downloads de cada pacote).
2012/11/18 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=0>
Benilton muito obrigado pela pelas informações sobre as versões. Foi muito útil para mim e acho que vou seguir essa ideia. Existe alguma forma de fazer a estatística de quantas pessoas estão utilizando o pacote?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=1>
Data: 17 de novembro de 2012 18:18 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Para: Pedro Rafael Diniz Marinho <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=2>
Existe uma padronizacao... pode ser
x.y.z x.y-z
:-P
Nos meus pacotes, eu uso x.y.z
x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao
Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento
Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo.
Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas.
Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril).
Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1.
Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc...
Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento....
E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x....
b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=0>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=1>
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=2>
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
escreveu:
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2> > escreveu:
No meu entendimento é uma nova versão > > []s > Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis > > Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu: > > Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R > mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do > pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz > informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, > por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do > pacote? Isso pode ser feito? > ---------- Mensagem encaminhada ---------- > > De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0> > > > Data: 16/11/2012 17:50 > Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. > Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1> > > > > > Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". > On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> > wrote: > >> Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi >> em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. >> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios >> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? >> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>> >> >> >> Data: 16/11/2012 17:01 >> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>> >> >> >> >> Se vc rodar >> >> R CMD check pacote >> >> ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o >> conteudo dos logs? >> >> 2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> >> > >> >> O meu path esta configurado da seguinte forma: >> >> C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program >> Files\Common Files\Microsoft >> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program >> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer >> >> Você vê algum problema? >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200 >> >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> >> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei >> o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo) >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu: >> >> O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R >> CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, >> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9. >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> >> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> RTools, errei o nome >> >> voce acha no CRAN >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu: >> >> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> >> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R >> que estamos usando. >> >> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que >> encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar >> todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >> >> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No >> meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >> antiga do MikTex que eu não estou usando. >> >> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido >> este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do >> arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no >> check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro. >> >> Espero ter te ajudado. >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> >> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte >> erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >> >> OBS: Estou em uma máquina Linux. >> >> * using log directory >> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >> * using session charset: UTF-8 >> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >> * checking extension type ... Package >> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >> * checking package namespace information ... OK >> * checking package dependencies ... OK >> * checking if this is a source package ... OK >> * checking if there is a namespace ... OK >> * checking for executable files ... OK >> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >> * checking installed package size ... OK >> * checking package directory ... OK >> * checking for portable file names ... OK >> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >> * checking top-level files ... OK >> * checking index information ... OK >> * checking package subdirectories ... OK >> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >> * checking R files for syntax errors ... OK >> * checking whether the package can be loaded ... OK >> * checking whether the package can be loaded with stated >> dependencies ... OK >> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >> * checking whether the namespace can be loaded with stated >> dependencies ... OK >> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >> * checking S3 generic/method consistency ... OK >> * checking replacement functions ... OK >> * checking foreign function calls ... OK >> * checking R code for possible problems ... OK >> * checking Rd files ... WARNING >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >> * checking Rd metadata ... OK >> * checking Rd cross-references ... OK >> * checking for missing documentation entries ... OK >> * checking for code/documentation mismatches ... OK >> * checking Rd \usage sections ... OK >> * checking Rd contents ... OK >> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >> * checking examples ... OK >> * checking PDF version of manual ... ERROR >> Rd conversion errors: >> Warning: unknown option '-' >> Warning in file(con, "r") : >> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file >> or directory >> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> >> > escreveu: >> >> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas >> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei >> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que >> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. >> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar >> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome >> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por >> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara >> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e >> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". >> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção >> do pacote que deve ser respeitada? >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu: >> >> >> >> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >> >> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o >> professo de submissão? >> >> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve >> isto em >> detalhes. >> >> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >> >> R CMD check SEU_PACOTE >> >> e corrija todos os eventuais problemas >> >> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações >> eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >> atualizações >> > fiquem disponíveis? >> >> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo >> DESCRIPTION >> >> > >> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu >> pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e >> alterar ele >> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação >> tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >> primeira >> > vez? >> > >> >> Bem vindo ao Universo do Software livre >> >> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o >> que >> quiser >> >> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >> Leia sobre licxancas GPL e análogas >> >> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software >> livre e >> livre-se destas preocupacoes >> >> > >> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >> >> Nao sao somente suas. >> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não >> sem >> controvérsias! >> >> > >> > Obrigado à todos. >> > [ ], >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> > >> > >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> >> >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=11> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o >> guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >> c�digo m�nimo reproduz�vel. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=12>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=13> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o >> guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >> c�digo m�nimo reproduz�vel. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=14>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=15> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o >> guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >> c�digo m�nimo reproduz�vel. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=16>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=17> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o >> guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >> c�digo m�nimo reproduz�vel. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=18> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=19> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the > discussion below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... > To unsubscribe from R-br, click here. > 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Esse tópico já é bem antigo mas preferi fazer a pergunta nele do que criar outro. Como colocar palavras que precisam de acentuação na documentação do R sem dar erro no check? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 18 de novembro de 2012 17:22, beniltoncarvalho [via R-br] < ml-node+s2285057n4657126h83@n4.nabble.com> escreveu:
eu nao trabalho com o CRAN (talvez o Paulo possa opinar a respeito)... Mas no BioConductor, existem duas arvores de desenvolvimento: release/devel.
Hoje, por exemplo, eu tenho a 1.22.x disponivel para o publico... enquanto isso, tenho tambem a 1.23.x disponivel (mas o usuario comum, em geral, nao sabe nem como encontrar essa versao)... Em abril, a versao 1.22.x "morre"; a versao 1.23.x e' "promovida" (renomeada) para 1.24.0; a recem-criada 1.24.0 e' copiada como 1.25.0... e tudo recomeca... (i.e., em abril, o publico enxergara' a minha versao 1.24.x e a de desenvolvimento sera' a 1.25.x)
2012/11/18 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657126&i=0>
Benilton voltando ao esquema de versões de pacotes. Você disse que em seus pacotes estável tem vida útil de 6 meses, ou seja, abril-outrubro-abril, similar aos lançamento das versões do ubuntu. A versão instável (x.y.z), ou seja quando y é ímpar, tem vida útil de quantos meses? Exemplo:
Suponha um pacote em sua versão 1.8.x. Nessa versão estável apenas terá correções de bugs mas nada de novo será implementado. Ao mesmo tempo você tem em seu pc uma versão 1.9 que terá todas as correções feita na versão 1.8.x e mais novas funções. Depois de 6 meses sua versão irá se tornar a 1.9.0. Quanto tempo terá essa versão instável ou apenas as estáveis que irão ser submetidas de 6 em 6 meses no CRAN?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 18 de novembro de 2012 07:25, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657126&i=1>> escreveu:
A resposta curta para sua pergunta e' "nao".
A mais longa e': http://stackoverflow.com/questions/1689028/r-package-download-and-usage-stat...
Se vc estivesse submetendo para o BioConductor, teria uma aproximacao (a gente tem um mecanismo de registro do numero de downloads de cada pacote).
2012/11/18 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=0>
Benilton muito obrigado pela pelas informações sobre as versões. Foi muito útil para mim e acho que vou seguir essa ideia. Existe alguma forma de fazer a estatística de quantas pessoas estão utilizando o pacote?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=1>
Data: 17 de novembro de 2012 18:18 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Para: Pedro Rafael Diniz Marinho <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=2>
Existe uma padronizacao... pode ser
x.y.z x.y-z
:-P
Nos meus pacotes, eu uso x.y.z
x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao
Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento
Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo.
Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas.
Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril).
Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1.
Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc...
Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento....
E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x....
b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=0>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=1>
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=2>
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1> > escreveu:
> Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via > R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2> > > escreveu: > > No meu entendimento é uma nova versão >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu: >> >> Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do >> R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do >> pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz >> informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, >> por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do >> pacote? Isso pode ser feito? >> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >> >> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0> >> > >> Data: 16/11/2012 17:50 >> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1> >> > >> >> >> Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". >> On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> >> wrote: >> >>> Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi >>> em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. >>> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios >>> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? >>> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>> >>> >>> >>> Data: 16/11/2012 17:01 >>> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>> >>> >>> >>> >>> Se vc rodar >>> >>> R CMD check pacote >>> >>> ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o >>> conteudo dos logs? >>> >>> 2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> >>> > >>> >>> O meu path esta configurado da seguinte forma: >>> >>> C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program >>> Files\Common Files\Microsoft >>> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program >>> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer >>> >>> Você vê algum problema? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200 >>> >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois >>> instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por >>> exemplo) >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( >>> R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, >>> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> RTools, errei o nome >>> >>> voce acha no CRAN >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R >>> que estamos usando. >>> >>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que >>> encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar >>> todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No >>> meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma >>> versão antiga do MikTex que eu não estou usando. >>> >>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido >>> este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do >>> arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no >>> check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro. >>> >>> Espero ter te ajudado. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte >>> erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >>> >>> OBS: Estou em uma máquina Linux. >>> >>> * using log directory >>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >>> * using session charset: UTF-8 >>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >>> * checking extension type ... Package >>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >>> * checking package namespace information ... OK >>> * checking package dependencies ... OK >>> * checking if this is a source package ... OK >>> * checking if there is a namespace ... OK >>> * checking for executable files ... OK >>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >>> * checking installed package size ... OK >>> * checking package directory ... OK >>> * checking for portable file names ... OK >>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >>> * checking top-level files ... OK >>> * checking index information ... OK >>> * checking package subdirectories ... OK >>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >>> * checking R files for syntax errors ... OK >>> * checking whether the package can be loaded ... OK >>> * checking whether the package can be loaded with stated >>> dependencies ... OK >>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking whether the namespace can be loaded with stated >>> dependencies ... OK >>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >>> * checking S3 generic/method consistency ... OK >>> * checking replacement functions ... OK >>> * checking foreign function calls ... OK >>> * checking R code for possible problems ... OK >>> * checking Rd files ... WARNING >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >>> * checking Rd metadata ... OK >>> * checking Rd cross-references ... OK >>> * checking for missing documentation entries ... OK >>> * checking for code/documentation mismatches ... OK >>> * checking Rd \usage sections ... OK >>> * checking Rd contents ... OK >>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >>> * checking examples ... OK >>> * checking PDF version of manual ... ERROR >>> Rd conversion errors: >>> Warning: unknown option '-' >>> Warning in file(con, "r") : >>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file >>> or directory >>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> >>> > escreveu: >>> >>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas >>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei >>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que >>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. >>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar >>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome >>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por >>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara >>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e >>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". >>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção >>> do pacote que deve ser respeitada? >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu: >>> >>> >>> >>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o >>> professo de submissão? >>> >>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve >>> isto em >>> detalhes. >>> >>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >>> >>> R CMD check SEU_PACOTE >>> >>> e corrija todos os eventuais problemas >>> >>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações >>> eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >>> atualizações >>> > fiquem disponíveis? >>> >>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo >>> DESCRIPTION >>> >>> > >>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu >>> pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e >>> alterar ele >>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer >>> modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o >>> pacote pela primeira >>> > vez? >>> > >>> >>> Bem vindo ao Universo do Software livre >>> >>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o >>> que >>> quiser >>> >>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >>> Leia sobre licxancas GPL e análogas >>> >>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software >>> livre e >>> livre-se destas preocupacoes >>> >>> > >>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >>> >>> Nao sao somente suas. >>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não >>> sem >>> controvérsias! >>> >>> > >>> > Obrigado à todos. >>> > [ ], >>> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden 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No arquivo DESCRIPTION, você deve configurar o Encoding. On 6 Jul 2013 16:34, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho@gmail.com> wrote:
Esse tópico já é bem antigo mas preferi fazer a pergunta nele do que criar outro. Como colocar palavras que precisam de acentuação na documentação do R sem dar erro no check?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 18 de novembro de 2012 17:22, beniltoncarvalho [via R-br] < ml-node+s2285057n4657126h83@n4.nabble.com> escreveu:
eu nao trabalho com o CRAN (talvez o Paulo possa opinar a respeito)... Mas no BioConductor, existem duas arvores de desenvolvimento: release/devel.
Hoje, por exemplo, eu tenho a 1.22.x disponivel para o publico... enquanto isso, tenho tambem a 1.23.x disponivel (mas o usuario comum, em geral, nao sabe nem como encontrar essa versao)... Em abril, a versao 1.22.x "morre"; a versao 1.23.x e' "promovida" (renomeada) para 1.24.0; a recem-criada 1.24.0 e' copiada como 1.25.0... e tudo recomeca... (i.e., em abril, o publico enxergara' a minha versao 1.24.x e a de desenvolvimento sera' a 1.25.x)
2012/11/18 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657126&i=0>
Benilton voltando ao esquema de versões de pacotes. Você disse que em seus pacotes estável tem vida útil de 6 meses, ou seja, abril-outrubro-abril, similar aos lançamento das versões do ubuntu. A versão instável (x.y.z), ou seja quando y é ímpar, tem vida útil de quantos meses? Exemplo:
Suponha um pacote em sua versão 1.8.x. Nessa versão estável apenas terá correções de bugs mas nada de novo será implementado. Ao mesmo tempo você tem em seu pc uma versão 1.9 que terá todas as correções feita na versão 1.8.x e mais novas funções. Depois de 6 meses sua versão irá se tornar a 1.9.0. Quanto tempo terá essa versão instável ou apenas as estáveis que irão ser submetidas de 6 em 6 meses no CRAN?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
Em 18 de novembro de 2012 07:25, beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657126&i=1>> escreveu:
A resposta curta para sua pergunta e' "nao".
A mais longa e': http://stackoverflow.com/questions/1689028/r-package-download-and-usage-stat...
Se vc estivesse submetendo para o BioConductor, teria uma aproximacao (a gente tem um mecanismo de registro do numero de downloads de cada pacote).
2012/11/18 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=0>
Benilton muito obrigado pela pelas informações sobre as versões. Foi muito útil para mim e acho que vou seguir essa ideia. Existe alguma forma de fazer a estatística de quantas pessoas estão utilizando o pacote?
[ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: beniltoncarvalho [via R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=1>
Data: 17 de novembro de 2012 18:18 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
Para: Pedro Rafael Diniz Marinho <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657112&i=2>
Existe uma padronizacao... pode ser
x.y.z x.y-z
:-P
Nos meus pacotes, eu uso x.y.z
x - versao majoritaria y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em desenvolvimento) z - revisao
Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas: - Estavel - Desenvolvimento
Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo.
Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a implementacao de novos metodos/ferramentas.
Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril).
Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1.
Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc...
Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a "nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento....
E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a 1.24.x....
b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=0>
Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao? ---------- Mensagem encaminhada ---------- De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=1> >
Data: 17/11/2012 14:58 Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657109&i=2> >
Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do manual, significa uma nova versao.... b
2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0> >
> Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1> > > escreveu: > >> Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via >> R-br] <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2> >> > escreveu: >> >> No meu entendimento é uma nova versão >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu: >>> >>> Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do >>> R mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do >>> pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz >>> informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, >>> por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do >>> pacote? Isso pode ser feito? >>> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >>> >>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0> >>> > >>> Data: 16/11/2012 17:50 >>> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1> >>> > >>> >>> >>> Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". >>> On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> >>> wrote: >>> >>>> Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? >>>> Vi em alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. >>>> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios >>>> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? >>>> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >>>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>> >>>> >>>> >>>> Data: 16/11/2012 17:01 >>>> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>> >>>> >>>> >>>> >>>> Se vc rodar >>>> >>>> R CMD check pacote >>>> >>>> ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o >>>> conteudo dos logs? >>>> >>>> 2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> >>>> > >>>> >>>> O meu path esta configurado da seguinte forma: >>>> >>>> C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program >>>> Files\Common Files\Microsoft >>>> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program >>>> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer >>>> >>>> Você vê algum problema? >>>> >>>> Att. >>>> >>>> Tiago. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200 >>>> >>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> >>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> >>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>>> >>>> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois >>>> instalei o rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por >>>> exemplo) >>>> >>>> []s >>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>>> >>>> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu: >>>> >>>> O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( >>>> R CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, >>>> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9. >>>> >>>> Att. >>>> >>>> Tiago. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 >>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> >>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> >>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>>> >>>> RTools, errei o nome >>>> >>>> voce acha no CRAN >>>> >>>> []s >>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>>> >>>> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu: >>>> >>>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >>>> >>>> Att. >>>> >>>> Tiago. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> >>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> >>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>>> >>>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do >>>> R que estamos usando. >>>> >>>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que >>>> encontrei quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar >>>> todos os 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >>>> >>>> []s >>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>>> >>>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >>>> >>>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No >>>> meu caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >>>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma >>>> versão antiga do MikTex que eu não estou usando. >>>> >>>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >>>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido >>>> este pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do >>>> arquivo.Rd. Observe que foi retornado pra você um WARNING no >>>> check dos arquivos.Rd com algumas mensagens de erro. >>>> >>>> Espero ter te ajudado. >>>> >>>> Att. >>>> >>>> Tiago. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> >>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> >>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>>> >>>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte >>>> erro na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >>>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >>>> >>>> OBS: Estou em uma máquina Linux. >>>> >>>> * using log directory >>>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >>>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >>>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >>>> * using session charset: UTF-8 >>>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >>>> * checking extension type ... Package >>>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >>>> * checking package namespace information ... OK >>>> * checking package dependencies ... OK >>>> * checking if this is a source package ... OK >>>> * checking if there is a namespace ... OK >>>> * checking for executable files ... OK >>>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >>>> * checking installed package size ... OK >>>> * checking package directory ... OK >>>> * checking for portable file names ... OK >>>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >>>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >>>> * checking top-level files ... OK >>>> * checking index information ... OK >>>> * checking package subdirectories ... OK >>>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >>>> * checking R files for syntax errors ... OK >>>> * checking whether the package can be loaded ... OK >>>> * checking whether the package can be loaded with stated >>>> dependencies ... OK >>>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >>>> * checking whether the namespace can be loaded with stated >>>> dependencies ... OK >>>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >>>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >>>> * checking S3 generic/method consistency ... OK >>>> * checking replacement functions ... OK >>>> * checking foreign function calls ... OK >>>> * checking R code for possible problems ... OK >>>> * checking Rd files ... WARNING >>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >>>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >>>> * checking Rd metadata ... OK >>>> * checking Rd cross-references ... OK >>>> * checking for missing documentation entries ... OK >>>> * checking for code/documentation mismatches ... OK >>>> * checking Rd \usage sections ... OK >>>> * checking Rd contents ... OK >>>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >>>> * checking examples ... OK >>>> * checking PDF version of manual ... ERROR >>>> Rd conversion errors: >>>> Warning: unknown option '-' >>>> Warning in file(con, "r") : >>>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such >>>> file or directory >>>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >>>> >>>> >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >>>> >>>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> >>>> > escreveu: >>>> >>>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas >>>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei >>>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que >>>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. >>>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar >>>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome >>>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por >>>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara >>>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e >>>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". >>>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção >>>> do pacote que deve ser respeitada? >>>> >>>> [ ], >>>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> >>>> >>>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu: >>>> >>>> >>>> >>>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >>>> >>>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o >>>> professo de submissão? >>>> >>>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que >>>> descreve isto em >>>> detalhes. >>>> >>>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >>>> >>>> R CMD check SEU_PACOTE >>>> >>>> e corrija todos os eventuais problemas >>>> >>>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >>>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas >>>> modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para >>>> que as atualizações >>>> > fiquem disponíveis? >>>> >>>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo >>>> DESCRIPTION >>>> >>>> > >>>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu >>>> pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e >>>> alterar ele >>>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer >>>> modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o >>>> pacote pela primeira >>>> > vez? >>>> > >>>> >>>> Bem vindo ao Universo do Software livre >>>> >>>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o >>>> que >>>> quiser >>>> >>>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >>>> Leia sobre licxancas GPL e análogas >>>> >>>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software >>>> livre e >>>> livre-se destas preocupacoes >>>> >>>> > >>>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >>>> >>>> Nao sao somente suas. >>>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não >>>> sem >>>> controvérsias! >>>> >>>> > >>>> > Obrigado à todos. >>>> > [ ], >>>> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>>> > >>>> > >>>> > >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion below: >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp465... >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >>>> 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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Bom dia Pessoal Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros
Ola Regis, Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR. abs 2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
Bom dia Pessoal Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Diogo Ferrari University of San Paulo (USP) Faculty of Philosophy, Languages, Literature and Human Sciences (FFLCH) Department of Political Science (DCP) San Paulo/SP - Brazil E-mail: diogo.ferrari@usp.br Open Source! Use R! Use Linux! "A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes"
O pacote bigmemory permite trabalhar com grandes bancos de dados sem sobrecarregar a memória. Fábio Mathias Corrêa Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia Tel.: 73-3680-5076 ________________________________ De: Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br> Enviadas: Domingo, 18 de Novembro de 2012 12:07 Assunto: Re: [R-br] Cluster para r Ola Regis, Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR. abs 2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br> Bom dia Pessoal
Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Legal, não conhecia esse pacote. Mas no caso de bancos de 20 GB, a memória não basta.... 2012/11/18 Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla@yahoo.com.br>
O pacote bigmemory permite trabalhar com grandes bancos de dados sem sobrecarregar a memória.
Fábio Mathias Corrêa
Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
Tel.: 73-3680-5076 ------------------------------ *De:* Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com> *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br; regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
*Enviadas:* Domingo, 18 de Novembro de 2012 12:07 *Assunto:* Re: [R-br] Cluster para r
Ola Regis,
Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR.
abs
2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
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Diogo, sua afirmação é incorreta. Eu uso o R diariamente em cluster MPI sem problemas. Divido as tarefas sem problemas entre os nós.... Veja o pacote Rmpi... Depois disso, vc pode começar a ver os outros pacotes associados. b On 18 Nov 2012 14:07, "Diogo Ferrari" <diogoferrari@gmail.com> wrote:
Ola Regis,
Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR.
abs
2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
Bom dia Pessoal Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros
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Oi Benilton Valeu pela dica. Eu me referia ao proc paralelo com o R revolution mesmo, não com o pacote rmpi. Fiz isso por causa do tamanho do banco que precisava utilizar, que com o R normal (carregando na memoria) seria muito problematico e impossível em certas tarefas. abs 2012/11/18 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
Diogo, sua afirmação é incorreta. Eu uso o R diariamente em cluster MPI sem problemas. Divido as tarefas sem problemas entre os nós.... Veja o pacote Rmpi... Depois disso, vc pode começar a ver os outros pacotes associados. b On 18 Nov 2012 14:07, "Diogo Ferrari" <diogoferrari@gmail.com> wrote:
Ola Regis,
Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR.
abs
2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
Bom dia Pessoal Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros
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no 'R normal', vc deve usar HDF5 ou NetCDF combinado com Rmpi para trabalhar com volumes de dados maiores. 2012/11/18 Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com>
Oi Benilton
Valeu pela dica. Eu me referia ao proc paralelo com o R revolution mesmo, não com o pacote rmpi. Fiz isso por causa do tamanho do banco que precisava utilizar, que com o R normal (carregando na memoria) seria muito problematico e impossível em certas tarefas.
abs
2012/11/18 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
Diogo, sua afirmação é incorreta. Eu uso o R diariamente em cluster MPI sem problemas. Divido as tarefas sem problemas entre os nós.... Veja o pacote Rmpi... Depois disso, vc pode começar a ver os outros pacotes associados. b On 18 Nov 2012 14:07, "Diogo Ferrari" <diogoferrari@gmail.com> wrote:
Ola Regis,
Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR.
abs
2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
Bom dia Pessoal Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros
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Boa noite Pessoal Irei fazer uns testes com as idéias de vocês todavia tenho que fazer modelagens com os dados que disponho e como minha base de dados está próximo dos 20GB estou ficando preocupado com a questão do cluster. Outro ponto inicialmente irei usar duas máquinas depois extender para um total de 35 máquinas o cluster que estou construindo aqui. Regis ________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Domingo, 18 de Novembro de 2012 18:58 Assunto: Re: [R-br] Cluster para r no 'R normal', vc deve usar HDF5 ou NetCDF combinado com Rmpi para trabalhar com volumes de dados maiores. 2012/11/18 Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com> Oi Benilton
Valeu pela dica. Eu me referia ao proc paralelo com o R revolution mesmo, não com o pacote rmpi. Fiz isso por causa do tamanho do banco que precisava utilizar, que com o R normal (carregando na memoria) seria muito problematico e impossível em certas tarefas.
abs
2012/11/18 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
Diogo, sua afirmação é incorreta. Eu uso o R diariamente em cluster MPI sem problemas. Divido as tarefas sem problemas entre os nós.... Veja o pacote Rmpi... Depois disso, vc pode começar a ver os outros pacotes associados. b
On 18 Nov 2012 14:07, "Diogo Ferrari" <diogoferrari@gmail.com> wrote:
Ola Regis,
Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os
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Bom dia Pessoal
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se o seu cluster for MPI, a solucao e' via Rmpi... se for outra coisa, vc tem q ser mais especifico na sua descricao. 2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
Boa noite Pessoal Irei fazer uns testes com as idéias de vocês todavia tenho que fazer modelagens com os dados que disponho e como minha base de dados está próximo dos 20GB estou ficando preocupado com a questão do cluster. Outro ponto inicialmente irei usar duas máquinas depois extender para um total de 35 máquinas o cluster que estou construindo aqui. Regis
------------------------------ *De:* Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> *Para:* r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviadas:* Domingo, 18 de Novembro de 2012 18:58
*Assunto:* Re: [R-br] Cluster para r
no 'R normal', vc deve usar HDF5 ou NetCDF combinado com Rmpi para trabalhar com volumes de dados maiores.
2012/11/18 Diogo Ferrari <diogoferrari@gmail.com>
Oi Benilton
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abs
2012/11/18 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
Diogo, sua afirmação é incorreta. Eu uso o R diariamente em cluster MPI sem problemas. Divido as tarefas sem problemas entre os nós.... Veja o pacote Rmpi... Depois disso, vc pode começar a ver os outros pacotes associados. b On 18 Nov 2012 14:07, "Diogo Ferrari" <diogoferrari@gmail.com> wrote:
Ola Regis,
Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote RevoscaleR.
abs
2012/11/18 regis barros <regisgbarros@yahoo.com.br>
Bom dia Pessoal Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? Grato Regis Godoy Barros
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