Bom dia pessoal. Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte problema: Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em uma pasta para posteriormente usá-los. O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não consigo ler os arquivos de jeito nenhum. Qualquer ajuda sera super bem vinda.. ### ##Inicio: Exemplo 1 require(raster) url1<-"ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip" file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget') r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep=""))) r1 ##Fim: Exemplo 1 ##Aqui está o problema ##Tentativa 1 url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget') r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep="")) ##Tentativa 2 temp<-tempfile() utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget') raster::raster(temp) raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep="")) ###Informações do OS sysname release "Linux" "3.2.0-39-generic-pae" version nodename "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013" "aa" machine login "i686" "unknown" user effective_user "aa" "aa"
sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit) Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31 sp_1.0-15 downloader_0.3 loaded via a namespace (and not attached): [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3 -- *Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>* *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
Eu sugiro dar uma olhada em ?getData do pacote raster. url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " # file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k file2 <- basename(url2) # utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget') utils::download.file(url2, destfile = file2, mode='b', method='wget') #r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) ## unzip: Extract files from or list a *zip archive*. ## alternativa com gunzip cmd <- paste("gunzip", file2) system(cmd) r2 <- raster::raster(gsub("\\.gz", "", file2)) 2015-04-10 11:05 GMT-03:00 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>:
Bom dia pessoal.
Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte problema:
Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em uma pasta para posteriormente usá-los.
O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não consigo ler os arquivos de jeito nenhum.
Qualquer ajuda sera super bem vinda..
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##Inicio: Exemplo 1 require(raster) url1<-"ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip " file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k
utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep=""))) r1 ##Fim: Exemplo 1
##Aqui está o problema ##Tentativa 1 url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))
##Tentativa 2 temp<-tempfile() utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget') raster::raster(temp) raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep=""))
###Informações do OS
sysname release "Linux" "3.2.0-39-generic-pae" version nodename "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013" "aa" machine login "i686" "unknown" user effective_user "aa" "aa"
sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit) Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages: [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31 sp_1.0-15 downloader_0.3
loaded via a namespace (and not attached): [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3
--
*Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>*
*Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ############################################################### ## Jônatan Dupont Tatsch ## Professor do Departamento de Física ## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE) ## Universidade Federal de Santa Maria ## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil - 97105-900 ## Telefone: +55(55)33012083 ## www.ufsm.br/meteorologia ###############################################################
Oi Jônatan. Muito obrigado pela solução... Agora a pouco eu tentei desempacotar os arquivos via terminal (linux) e ele retornou a seguinte mensagem: aa@aa:~/temp$ unzip -tq \*.zip [SRTM_fB01_n000w177.zip] End-of-central-directory signature not found. Either this file is not a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive. In the latter case the central directory and zipfile comment will be found on the last disk(s) of this archive. Assumindo que era um erro no formato de arquivo, eu cheguei até a seguinte solução: url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k utils::download.file(url2,destfile=file2,mode='b',method='wget') R.utils::gunzip(file2,paste(file2,'.tif',sep='')) raster(paste(file2,'.tif',sep='')) Mas se alguém tiver uma solução mais 'elegante', por favor, fique a vontade! Abraços Em 10 de abril de 2015 12:53, Jônatan <jdtatsch@gmail.com> escreveu:
Eu sugiro dar uma olhada em ?getData do pacote raster.
url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz "
# file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k file2 <- basename(url2)
# utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget') utils::download.file(url2, destfile = file2, mode='b', method='wget')
#r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) ## unzip: Extract files from or list a *zip archive*.
## alternativa com gunzip cmd <- paste("gunzip", file2) system(cmd) r2 <- raster::raster(gsub("\\.gz", "", file2))
2015-04-10 11:05 GMT-03:00 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com>:
Bom dia pessoal.
Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte problema:
Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em uma pasta para posteriormente usá-los.
O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não consigo ler os arquivos de jeito nenhum.
Qualquer ajuda sera super bem vinda..
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##Inicio: Exemplo 1 require(raster) url1<-" ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip" file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k
utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep=""))) r1 ##Fim: Exemplo 1
##Aqui está o problema ##Tentativa 1 url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))
##Tentativa 2 temp<-tempfile() utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget') raster::raster(temp) raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep=""))
###Informações do OS
sysname release "Linux" "3.2.0-39-generic-pae" version nodename "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013" "aa" machine login "i686" "unknown" user effective_user "aa" "aa"
sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit) Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages: [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31 sp_1.0-15 downloader_0.3
loaded via a namespace (and not attached): [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3
--
*Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>*
*Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
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_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- *Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>* *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
Luciano, boa tarde! Acredito que a solução é essa mesmo. No seu primeiro email você estava tratando o gzip como zip. Você poderia pensar em usar gzfile(), mas o raster() não interpreta esse tipo de conexão. Nos comandos abaixo, fiz opção por manter o arquivo .gz e não descompactar o arquivo no diretório corrente. url2 <- " ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2 <- basename(url2) setInternet2(F) ### para baixar do ftp no RStudio Windows! if (!file.exists(file2)) download.file(url2, destfile=file2, mode='wb') sapply(c("raster", "R.utils"), require, char=T) r2 <- raster(gunzip(file2, remove=F, temp=T, over=T)) Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] Em 10 de abril de 2015 12:07, Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com> escreveu:
Oi Jônatan.
Muito obrigado pela solução...
Agora a pouco eu tentei desempacotar os arquivos via terminal (linux) e ele retornou a seguinte mensagem:
aa@aa:~/temp$ unzip -tq \*.zip [SRTM_fB01_n000w177.zip] End-of-central-directory signature not found. Either this file is not a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive. In the latter case the central directory and zipfile comment will be found on the last disk(s) of this archive.
Assumindo que era um erro no formato de arquivo, eu cheguei até a seguinte solução:
url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k utils::download.file(url2,destfile=file2,mode='b',method='wget') R.utils::gunzip(file2,paste(file2,'.tif',sep='')) raster(paste(file2,'.tif',sep=''))
Mas se alguém tiver uma solução mais 'elegante', por favor, fique a vontade! Abraços
Em 10 de abril de 2015 12:53, Jônatan <jdtatsch@gmail.com> escreveu:
Eu sugiro dar uma olhada em ?getData do pacote raster.
url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz "
# file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k file2 <- basename(url2)
# utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget') utils::download.file(url2, destfile = file2, mode='b', method='wget')
#r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) ## unzip: Extract files from or list a *zip archive*.
## alternativa com gunzip cmd <- paste("gunzip", file2) system(cmd) r2 <- raster::raster(gsub("\\.gz", "", file2))
2015-04-10 11:05 GMT-03:00 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com> :
Bom dia pessoal.
Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte problema:
Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em uma pasta para posteriormente usá-los.
O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não consigo ler os arquivos de jeito nenhum.
Qualquer ajuda sera super bem vinda..
###
##Inicio: Exemplo 1 require(raster) url1<-" ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip" file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k
utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep=""))) r1 ##Fim: Exemplo 1
##Aqui está o problema ##Tentativa 1 url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))
##Tentativa 2 temp<-tempfile() utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget') raster::raster(temp) raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep=""))
###Informações do OS
sysname release "Linux" "3.2.0-39-generic-pae" version nodename "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013" "aa" machine login "i686" "unknown" user effective_user "aa" "aa"
sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit) Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages: [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31 sp_1.0-15 downloader_0.3
loaded via a namespace (and not attached): [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3
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*Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
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-- ############################################################### ## Jônatan Dupont Tatsch ## Professor do Departamento de Física ## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE) ## Universidade Federal de Santa Maria ## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil - 97105-900 ## Telefone: +55(55)33012083 ## www.ufsm.br/meteorologia ###############################################################
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
--
*Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>*
*Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Éder, muito obrigado pela solução... Abraços Em 10 de abril de 2015 14:54, Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> escreveu:
Luciano, boa tarde!
Acredito que a solução é essa mesmo. No seu primeiro email você estava tratando o gzip como zip. Você poderia pensar em usar gzfile(), mas o raster() não interpreta esse tipo de conexão.
Nos comandos abaixo, fiz opção por manter o arquivo .gz e não descompactar o arquivo no diretório corrente.
url2 <- " ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2 <- basename(url2)
setInternet2(F) ### para baixar do ftp no RStudio Windows! if (!file.exists(file2)) download.file(url2, destfile=file2, mode='wb')
sapply(c("raster", "R.utils"), require, char=T) r2 <- raster(gunzip(file2, remove=F, temp=T, over=T))
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Em 10 de abril de 2015 12:07, Luciano F. Sgarbi < luciano.f.sgarbi@gmail.com> escreveu:
Oi Jônatan.
Muito obrigado pela solução...
Agora a pouco eu tentei desempacotar os arquivos via terminal (linux) e ele retornou a seguinte mensagem:
aa@aa:~/temp$ unzip -tq \*.zip [SRTM_fB01_n000w177.zip] End-of-central-directory signature not found. Either this file is not a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive. In the latter case the central directory and zipfile comment will be found on the last disk(s) of this archive.
Assumindo que era um erro no formato de arquivo, eu cheguei até a seguinte solução:
url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k utils::download.file(url2,destfile=file2,mode='b',method='wget') R.utils::gunzip(file2,paste(file2,'.tif',sep='')) raster(paste(file2,'.tif',sep=''))
Mas se alguém tiver uma solução mais 'elegante', por favor, fique a vontade! Abraços
Em 10 de abril de 2015 12:53, Jônatan <jdtatsch@gmail.com> escreveu:
Eu sugiro dar uma olhada em ?getData do pacote raster.
url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz "
# file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k file2 <- basename(url2)
# utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget') utils::download.file(url2, destfile = file2, mode='b', method='wget')
#r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) ## unzip: Extract files from or list a *zip archive*.
## alternativa com gunzip cmd <- paste("gunzip", file2) system(cmd) r2 <- raster::raster(gsub("\\.gz", "", file2))
2015-04-10 11:05 GMT-03:00 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi@gmail.com
:
Bom dia pessoal.
Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte problema:
Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em uma pasta para posteriormente usá-los.
O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não consigo ler os arquivos de jeito nenhum.
Qualquer ajuda sera super bem vinda..
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##Inicio: Exemplo 1 require(raster) url1<-" ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip" file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k
utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep=""))) r1 ##Fim: Exemplo 1
##Aqui está o problema ##Tentativa 1 url2<-" ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz " file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))) zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))
##Tentativa 2 temp<-tempfile() utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget') raster::raster(temp) raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep=""))
###Informações do OS
sysname release "Linux" "3.2.0-39-generic-pae" version nodename "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013" "aa" machine login "i686" "unknown" user effective_user "aa" "aa"
sessionInfo() R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit) Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages: [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31 sp_1.0-15 downloader_0.3
loaded via a namespace (and not attached): [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3
--
*Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>*
*Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ############################################################### ## Jônatan Dupont Tatsch ## Professor do Departamento de Física ## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE) ## Universidade Federal de Santa Maria ## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil - 97105-900 ## Telefone: +55(55)33012083 ## www.ufsm.br/meteorologia ###############################################################
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*Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
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-- *Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>* *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
participantes (3)
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Jônatan -
Luciano F. Sgarbi -
Éder Comunello