
Olá, alguém que usa o RStudio está conseguindo exibir as mensagens de erro etc em Português? Abraço Atenciosamente, Diogo Borges Provete ============================== Biólogo Mestre em Biologia Animal (UNESP) Doutorando PPG Ecologia e Evolução Laboratório de Ecologia de Insetos (sl. 222) Departamento de Ecologia Instituto de Ciências Biológicas - ICB 1 Universidade Federal de Goiás - UFG Goiânia-GO CP: 131 74001-970 Brazil Tel. +55 62 3521-1732 Cel. +55 62 8231-5775 Skype: diogoprovete MSN: diogoprov@yahoo.com.br Personal web page Traduza conosco: <<<American Journal Experts>>> <<<D-Lang Soluções linguisticas>>> <<<Perfil no ProZ.com como tradutor freelancer>>> ============================== ________________________________ De: "r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 1 de Junho de 2011 9:04 Assunto: Digest R-br, volume 4, assunto 1 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: modifica dataframe (Gustavo Henrique de Carvalho) 2. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Ivan Bezerra Allaman) 3. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Eduardo Vargas) 4. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Mauro Sznelwar) 5. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Eduardo Vargas) 6. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Mauro Sznelwar) 7. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Walmes Zeviani) 8. Re: modifica dataframe (Henrique Dallazuanna) 9. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Eduardo Vargas) 10. Re: modifica dataframe (Samuel Carvalho) 11. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Walmes Zeviani) 12. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Eder David Borges da Silva) 13. Re: teste de Homogeneidade e Normalidade (Eduardo Vargas) 14. Download de dados pelo R (Humberto Hazin (hotmail)) 15. Re: Download de dados pelo R (Victor Eduardo) 16. RES: Download de dados pelo R (Humberto Hazin (hotmail)) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 31 May 2011 21:24:23 -0300 From: Gustavo Henrique de Carvalho <gustavo.bio@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Cc: Samuel Carvalho <samukajm@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] modifica dataframe Message-ID: <BANLkTikLCzKcVdHqgWWUSv8f+Z8UMayxKA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Não sei pra que colar esse negócio grotesco aqui, mas a primeira forma que me veio à cabeça foi essa: bleh <- function(x) {unique(c(seq(0, x, by = 0.5), x))} data.frame(lapply(dados, rep, unlist(lapply(sapply(dados$ht, bleh), length))), hi = unlist(sapply(dados$ht, bleh))) 2011/5/31 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
enqto o henrique nao responde, algo como o seguinte pode lhe servir: hi = mapply(seq, 0.1, dados[['ht']], .5) idx = mapply(rep, 1:length(hi), sapply(hi, length)) dados2 = cbind(dados[unlist(idx),], hi=unlist(hi)) b
2011/5/31 Samuel Carvalho <samukajm@yahoo.com.br>
Boa noite caros(a) senhores(as) membros Por gentileza alguém poderia me auxliar em um código que a princípio parece ser simples mas nao consegui uma solução Abaixo mostro o codigo e a seguir venho comentando ### Codigo R dados<-data.frame(idfuste=seq(1,5), dap=c(8.5, 11.0, 10.5, 17.5, 12.5), ht=c(10, 13, 12.5, 18, 14)) dados dados$hi<-seq(0.1, dados$ht, by=0.5) ### O que preciso é gerar uma sequencia para cada "idfuste" de 0.1 até a "ht" que corresponde aquele "idfuste", replicando também cada observação para cada "idfuste". A sequencia é de 0.5 em 0.5 até a altura total da árvore - 1 pois esta pode nao ser um número inteiro dividido por 0.5 sendo que a ultima observação de cada idfuste deve ser igual ao valor de ht Em resumo queria um data.frame de saída a partir dos dados de entrada, nesta estrutura idfuste dap ht hi 1 8,5 10 0 1 8,5 10 0,5 1 8,5 10 1 1 8,5 10 1,5 1 8,5 10 2 1 8,5 10 2,5 1 8,5 10 3 1 8,5 10 3,5 1 8,5 10 4 1 8,5 10 4,5 1 8,5 10 5 1 8,5 10 5,5 1 8,5 10 6 1 8,5 10 6,5 1 8,5 10 7 1 8,5 10 7,5 1 8,5 10 8 1 8,5 10 8,5 1 8,5 10 9 1 8,5 10 9,5 1 8,5 10 10 2 11 13,2 0 2 11 13,2 0,5 2 11 13,2 1 2 11 13,2 1,5 2 11 13,2 2 2 11 13,2 2,5 2 11 13,2 3 2 11 13,2 3,5 2 11 13,2 4 2 11 13,2 4,5 2 11 13,2 5 2 11 13,2 5,5 2 11 13,2 6 2 11 13,2 6,5 2 11 13,2 7 2 11 13,2 7,5 2 11 13,2 8 2 11 13,2 8,5 2 11 13,2 9 2 11 13,2 9,5 2 11 13,2 10 2 11 13,2 10,5 2 11 13,2 11 2 11 13,2 11,5 2 11 13,2 12 2 11 13,2 12,5 2 11 13,2 13 2 11 13,2 13,2 e assim por diante para todos idfustes Desde já agradeço Para quem é da area florestal estou tentando estruturar uma base de cubagem a partir de dados de parcelas Abraço e boa noite a todos Att, Samuel
==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] ============================================= _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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------------------------------ Message: 2 Date: Tue, 31 May 2011 17:34:14 -0700 (PDT) From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> To: R Brasil <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] teste de Homogeneidade e Normalidade Message-ID: <947015.46346.qm@web161820.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Se você quer transformar as variáveis que já estão em porcentagem, deve utilizar arcsen(x%)^0,5. Agora, se as variáveis estiverem entre 0 e 1 (em decimal), aí sim vc deve utilizar arcsen(x/100)^0,5. No entanto, como a variável "germinação" é do tipo Bernouli, aconselho-o a utilizar uma análise mais rebuscada como modelos lineares generalizados por exemplo. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman@yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110531/ef67c401/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 3 Date: Tue, 31 May 2011 21:46:46 -0300 From: Eduardo Vargas <duvargas@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] teste de Homogeneidade e Normalidade Message-ID: <BANLkTinXDFS=T7UD7GrEKSxy-0z1-i77FA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Ok eu entendi as transformações com relação quando já estão em porcentagem.Quando as variáveis por exemplo,não estiverem entre ) e 1, vc pode me informar que transformação eu utilizo?Por que pelo que eu entendi,as transformações com arcsen(x/110)^0.5 só entram nesse intervalo,entre 0 e 1. Em 31 de maio de 2011 21:34, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br>escreveu:
Se você quer transformar as variáveis que já estão em porcentagem, deve utilizar arcsen(x%)^0,5. Agora, se as variáveis estiverem entre 0 e 1 (em decimal), aí sim vc deve utilizar arcsen(x/100)^0,5.
No entanto, como a variável "germinação" é do tipo Bernouli, aconselho-o a utilizar uma análise mais rebuscada como modelos lineares generalizados por exemplo.
Allaman (S,f,P)
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Onde eu pego os arquivos para rodar? Mauro
José, Sem o seu codigo fica meio complicado, porem neste link tem uma serie de analises de estatistica experimental com onde se testa homogenidade e normalidade. http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Exercicios.R att
Em 31 de maio de 2011 20:13, Eduardo Vargas <duvargas@gmail.com>escreveu:
Boa noite pessoal,preciso de uma ajuda.Estou fazendo uma comparação de médias de germinação de sementes, e as varianveis são tratamentos(trat) fator e Germinação (germ) numerica.Preciso fazer o teste de homogeneidade de variancias com o Bartlett e normalidade com o teste de shapiro-Wilk, porém dá um mensagem de erro(Erro em bartlett.test(germ, trat) : objeto 'germ' não encontrado) e no Shapiro -wilk essa mensagem Erro em `[.data.frame`(x, complete.cases(x)) : undefined columns selected Será que alguem pode me ajudar? -- José Eduardo Vargas Lopes de Aráujo Engenheiro Agrônomo Contato:(38)8811-6985 duvargas@gmail.com
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Boa noite caros(a) senhores(as) membros Por gentileza alguém poderia me auxliar em um código que a princípio parece ser simples mas nao consegui uma solução Abaixo mostro o codigo e a seguir venho comentando ### Codigo R dados<-data.frame(idfuste=seq(1,5), dap=c(8.5, 11.0, 10.5, 17.5, 12.5), ht=c(10, 13, 12.5, 18, 14)) dados dados$hi<-seq(0.1, dados$ht, by=0.5) ### O que preciso é gerar uma sequencia para cada "idfuste" de 0.1 até a "ht" que corresponde aquele "idfuste", replicando também cada observação para cada "idfuste". A sequencia é de 0.5 em 0.5 até a altura total da árvore - 1 pois esta pode nao ser um número inteiro dividido por 0.5 sendo que a ultima observação de cada idfuste deve ser igual ao valor de ht Em resumo queria um data.frame de saída a partir dos dados de entrada, nesta estrutura
idfuste dap ht hi 1 8,5 10 0 1 8,5 10 0,5 1 8,5 10 1 1 8,5 10 1,5 1 8,5 10 2 1 8,5 10 2,5 1 8,5 10 3 1 8,5 10 3,5 1 8,5 10 4 1 8,5 10 4,5 1 8,5 10 5 1 8,5 10 5,5 1 8,5 10 6 1 8,5 10 6,5 1 8,5 10 7 1 8,5 10 7,5 1 8,5 10 8 1 8,5 10 8,5 1 8,5 10 9 1 8,5 10 9,5 1 8,5 10 10 2 11 13,2 0 2 11 13,2 0,5 2 11 13,2 1 2 11 13,2 1,5 2 11 13,2 2 2 11 13,2 2,5 2 11 13,2 3 2 11 13,2 3,5 2 11 13,2 4 2 11 13,2 4,5 2 11 13,2 5 2 11 13,2 5,5 2 11 13,2 6 2 11 13,2 6,5 2 11 13,2 7 2 11 13,2 7,5 2 11 13,2 8 2 11 13,2 8,5 2 11 13,2 9 2 11 13,2 9,5 2 11 13,2 10 2 11 13,2 10,5 2 11 13,2 11 2 11 13,2 11,5 2 11 13,2 12 2 11 13,2 12,5 2 11 13,2 13 2 11 13,2 13,2
e assim por diante para todos idfustes Desde já agradeço Para quem é da area florestal estou tentando estruturar uma base de cubagem a partir de dados de parcelas Abraço e boa noite a todos Att, Samuel
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Eduardo,
Salve engano da minha parte, essa transformação é estabilizadora da variância, ou seja, o foco é corrigir heterocedasticidade e não olha para normalidade dos dados. Uma vez disse em um curso que essas transformações eram coisas do passado e fui por alguns instantes odiado (por aqueles mais tradicionais obviamente). Depois passou.
Acontece que essa transformação é a recomendada quando seu dado é do tipo binomial (ou seja, já se sabe que o dado não é normal), dai parte algumas álgebras, integrais, até que se obtém essa função estabilizadora da variância. Transformação estabilizadora da variãncia existe para distribuição binomial e Poisson. Não lembro das funções porque nunca usei.
Considero isso metodologia do passo porque, se você sabe que seu dado é binomial (ou Poisson), hoje já existe implementado nos aplicativos estatísticos modelos capazes de considerar essa característica inerente do dado. Esse conjunto de métodos, enfim, se chama modelos lineares generalizados, do qual a distribuição normal é um caso particular (com propriedades bem interessantes).
Com essa metodologia você pode obter todos os resultados experimentais que obteria com a distribuição normal, diga-se a dobradinha anova e teste de médias (com algumas adaptações). Então, não há complicações e motivos para não se usar modelos lineares generalizados.
Ainda é possível, caso o número de sementes colocadas para germinar seja grande (n, normalmente é 25 ou 50), e caso a probalidade de germinação não esteja na borda (próximo de 0 ou 1), de assumir que o dado é normal e analisa-lo assim. Porém, caso p mude muito entre tratamentos pode as variâncias amostrais serem muito discrepântes. Você pode tentar uma transformação Box-Cox. Verificar os resíduos.
Em termos de funções do R, você pode usar a glm(, family=binomial), fazer a análise de resíduos usuais, obter teste (sequencial) para os efeitos fixos via anova() (que não é anova mas quadro de análise de deviance), se for comparar "médias" você pode usar a multcomp::glht() e contrast::contrast(). Verifique a documentação dessas funções para saber como usa-las.
Para um começo, você pode rodar o CMR disponível nas Ridículas do LEG.
http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas?analise_de_dados_de_proporcao_us...
À disposição. Walmes.
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Por gentileza alguém poderia me auxliar em um código que a princípio parece ser simples mas nao consegui uma solução Abaixo mostro o codigo e a seguir venho comentando ### Codigo R dados<-data.frame(idfuste=seq(1,5), dap=c(8.5, 11.0, 10.5, 17.5, 12.5), ht=c(10, 13, 12.5, 18, 14)) dados dados$hi<-seq(0.1, dados$ht, by=0.5) ###
O que preciso é gerar uma sequencia para cada "idfuste" de 0.1 até a "ht" que corresponde aquele "idfuste", replicando também cada observação para cada "idfuste". A sequencia é de 0.5 em 0.5 até a altura total da árvore - 1 pois esta pode nao ser um número inteiro dividido por 0.5 sendo que a ultima observação de cada idfuste deve ser igual ao valor de ht
Em resumo queria um data.frame de saída a partir dos dados de entrada, nesta estrutura
idfuste dap ht hi 1 8,5 10 0 1 8,5 10 0,5 1 8,5 10 1 1 8,5 10 1,5 1 8,5 10 2 1 8,5 10 2,5 1 8,5 10 3 1 8,5 10 3,5 1 8,5 10 4 1 8,5 10 4,5 1 8,5 10 5 1 8,5 10 5,5 1 8,5 10 6 1 8,5 10 6,5 1 8,5 10 7 1 8,5 10 7,5 1 8,5 10 8 1 8,5 10 8,5 1 8,5 10 9 1 8,5 10 9,5 1 8,5 10 10 2 11 13,2 0 2 11 13,2 0,5 2 11 13,2 1 2 11 13,2 1,5 2 11 13,2 2 2 11 13,2 2,5 2 11 13,2 3 2 11 13,2 3,5 2 11 13,2 4 2 11 13,2 4,5 2 11 13,2 5 2 11 13,2 5,5 2 11 13,2 6 2 11 13,2 6,5 2 11 13,2 7 2 11 13,2 7,5 2 11 13,2 8 2 11 13,2 8,5 2 11 13,2 9 2 11 13,2 9,5 2 11 13,2 10 2 11 13,2 10,5 2 11 13,2 11 2 11 13,2 11,5 2 11 13,2 12 2 11 13,2 12,5 2 11 13,2 13 2 11 13,2 13,2
e assim por diante para todos idfustes Desde já agradeço Para quem é da area florestal estou tentando estruturar uma base de cubagem a partir de dados de parcelas Abraço e boa noite a todos Att, Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] ============================================= _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
-- Henrique Dallazuanna Curitiba-Paraná-Brasil 25° 25' 40" S 49° 16' 22" O -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110531/7d0c4086/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 11 Date: Wed, 1 Jun 2011 00:52:54 -0300 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] teste de Homogeneidade e Normalidade Message-ID: <BANLkTimC0Ux64PEz2DChLzsedsWigrmoTQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Eduardo, O código abaixo mostra como não é difícil analisar os seus dados pela abordagem que discuti #------------------------------------------------------------------------------------------ # experimento com 11 tratamentos e 1 controle, resposta binomial n=25, 4 repetições trat <- c("controle", paste("trat", 1:11, sep="")) da <- expand.grid(trat=trat, rept=1:4) da$germinadas <- rbinom(nrow(da), size=25, prob=0.8) levels(da$trat) # controle é o nível de referência # ajuste um modelo linear generalizado g0 <- glm(cbind(germinadas, 25-germinadas)~trat, data=da, family=binomial) anova(g0, test="Chisq") # testa hipótese sobre os efeitos principais summary(g0) # cada efeito é o contraste controle vs trat_i # usar correção de bonferroni nas comparações com controle #------------------------------------------------------------------------------------------ Se todo mundo continuar fazendo as coisas como todos já fizeram não vamos evoluir, certo? À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110601/5331e054/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 12 Date: Wed, 1 Jun 2011 08:13:13 -0300 From: Eder David Borges da Silva <eder@leg.ufpr.br> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] teste de Homogeneidade e Normalidade Message-ID: <BANLkTin6WSj1N+aP3h=J+Z9caY15_+pBKg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Mauro, a pagina completa com os dados estão em: http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/ <http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/>e o wiki com as explicações em: http://www.leg.ufpr.br/doku.php/cursos:ragronomia <http://www.leg.ufpr.br/doku.php/cursos:ragronomia>Att Em 31 de maio de 2011 22:11, Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br> escreveu:
Onde eu pego os arquivos para rodar? Mauro
José, Sem o seu codigo fica meio complicado, porem neste link tem uma serie de analises de estatistica experimental com onde se testa homogenidade e normalidade. http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Exercicios.R att
Em 31 de maio de 2011 20:13, Eduardo Vargas <duvargas@gmail.com>escreveu:
Boa noite pessoal,preciso de uma ajuda.Estou fazendo uma comparação de médias de germinação de sementes, e as varianveis são tratamentos(trat) fator e Germinação (germ) numerica.Preciso fazer o teste de homogeneidade de variancias com o Bartlett e normalidade com o teste de shapiro-Wilk, porém dá um mensagem de erro(Erro em bartlett.test(germ, trat) : objeto 'germ' não encontrado) e no Shapiro -wilk essa mensagem Erro em `[.data.frame`(x, complete.cases(x)) : undefined columns selected Será que alguem pode me ajudar? -- José Eduardo Vargas Lopes de Aráujo Engenheiro Agrônomo Contato:(38)8811-6985 duvargas@gmail.com
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Eduardo,
O código abaixo mostra como não é difícil analisar os seus dados pela abordagem que discuti
#------------------------------------------------------------------------------------------ # experimento com 11 tratamentos e 1 controle, resposta binomial n=25, 4 repetições
trat <- c("controle", paste("trat", 1:11, sep="")) da <- expand.grid(trat=trat, rept=1:4) da$germinadas <- rbinom(nrow(da), size=25, prob=0.8) levels(da$trat) # controle é o nível de referência
# ajuste um modelo linear generalizado g0 <- glm(cbind(germinadas, 25-germinadas)~trat, data=da, family=binomial) anova(g0, test="Chisq") # testa hipótese sobre os efeitos principais summary(g0) # cada efeito é o contraste controle vs trat_i # usar correção de bonferroni nas comparações com controle
#------------------------------------------------------------------------------------------
Se todo mundo continuar fazendo as coisas como todos já fizeram não vamos evoluir, certo?
À disposição. Walmes.
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Bom dia pessoal!
Estou tentando baixar uns arquivos do site abaixo pelo R porem não estou conseguindo, alguém poderia me ajudar?
ano<-2001
cho<-"http://oceandata.sci.gsfc.nasa.gov/cgi/getfile/"
download.file(paste(cho, ano, "~/Dropbox/Humberto/Analises em R/ambientais_", ano, ".hdf"), destfile=paste(getwd(),
"~/Dropbox/Humberto/Analises em R/ambientais_", ano, ".hdf"), mode="w", method="auto")
Error in download.file(paste(cho, ano, "~/Dropbox/Humberto/Analises em R/ambientais_", :
cannot open destfile 'C:/Users/Familia/Documents/Dropbox/Humberto/Analises em R/ambientais ~/Dropbox/Humberto/Analises em R/ambientais_ 2001 .hdf', reason 'No such file or directory'
Abs,
Humberto
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Diogo Borges Provete