Erro: pacote não encontrado

Amigos de R, O seguinte erro vem ocorrendo diversas vezes comigo com diferentes pacotes...
library('epicalc')Carregando pacotes exigidos: MASSCarregando pacotes exigidos: nnet Anexando pacote: 'epicalc' The following object(s) are masked from 'package:rms':
lrtest The following object(s) are masked from 'package:Hmisc': fillin, recode
epicalc::followup.plot(c$prontuario,c$dias,c$CD,by=c$iris)Erro em get(search()[2]) : objeto 'package:epicalc' não encontrado> followup.plot(c$prontuario,c$dias,c$CD,by=c$iris)Erro em get(search()[2]) : objeto 'package:epicalc' não encontrado> search() [1] ".GlobalEnv" "package:epicalc" "package:nnet" "package:MASS" "package:foreign" [6] "package:rms" "package:Hmisc" "package:survival" "package:splines" "tools:rstudio" [11] "package:stats" "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets" [16] "package:methods" "Autoloads" "package:base"
Coincidentemente esse erro irritante que acontece com mais de um pacote vem acontecendo depois que eu comecei a usar o RStudio. Eu achei inicialmente porque eu tinha um monte de pacotes carregados, depois eu achei que era porque eu importei os dados com spss.get e não com o read.spss. Mas nada disse fez diferença nas tentativas e erros. Alguem tem uma luz pra eu tentar evitar esse erro? , Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

apenas para confirmacao, vc tentou novamente fazer tudo isso sem o RStudio?

por sinal, nao consigo reproduzir... para comparacao:
sessionInfo() R Under development (unstable) (2011-07-29 r56541) Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale: [1] C attached base packages: [1] splines stats graphics grDevices datasets utils methods base other attached packages: [1] rms_3.3-1 Hmisc_3.8-3 epicalc_2.13.1.4 nnet_7.3-1 [5] MASS_7.3-14 survival_2.36-9 foreign_0.8-46 RColorBrewer_1.0-5 [9] BiocInstaller_1.1.28 loaded via a namespace (and not attached): [1] cluster_1.14.0 grid_2.14.0 lattice_0.19-33 tools_2.14.0

tbm no R-2.13.1... (mas nesse, com uns problemas esquisitos, que nao aparecem se eu nao usar o RStudio)
sessionInfo() R version 2.13.1 Patched (2011-07-28 r56541) Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale: [1] C attached base packages: [1] splines stats graphics grDevices datasets utils methods base other attached packages: [1] epicalc_2.13.1.4 nnet_7.3-1 MASS_7.3-14 survival_2.36-9 foreign_0.8-46 [6] RColorBrewer_1.0-5 loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_2.13.1

Benilton,
sessionInfo() R version 2.13.1 (2011-07-08) Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)
locale: [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 [3] LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Portuguese_Brazil.1252 attached base packages: [1] splines stats graphics grDevices utils datasets methods [8] base other attached packages: [1] epicalc_2.13.1.4 nnet_7.3-1 MASS_7.3-14 foreign_0.8-46 [5] rms_3.3-1 Hmisc_3.8-3 survival_2.36-9 loaded via a namespace (and not attached): [1] cluster_1.14.0 gdata_2.8.2 grid_2.13.1 gtools_2.6.2 [5] lattice_0.19-33 Infelizmente o problema esta se repetindo mesmo quando eu faço direto no console. Não estou sabendo nem por onde começar! , Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional Em 27 de setembro de 2011 09:48, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
tbm no R-2.13.1... (mas nesse, com uns problemas esquisitos, que nao aparecem se eu nao usar o RStudio)
sessionInfo() R version 2.13.1 Patched (2011-07-28 r56541) Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale: [1] C
attached base packages: [1] splines stats graphics grDevices datasets utils methods base
other attached packages: [1] epicalc_2.13.1.4 nnet_7.3-1 MASS_7.3-14 survival_2.36-9 foreign_0.8-46 [6] RColorBrewer_1.0-5
loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_2.13.1 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

Benilton, Aconteceu o que eu esperava... iniciando o console do R normalmente ou R--vanilla (o que significa esse vanilla?), o pacote carrega e o exemplo funciona; o que aparentemente indica que eu estou fazendo alguma coisa no script de análise que insere o erro! Estou voltando a achar que o problema é que os dados foram carregados com a função rms::spss.get que adiciona ualgumas propriedades ao banco como labels, e atrapalha outras funções! , Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional Em 27 de setembro de 2011 09:55, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Tente comecar executando
R --vanilla
library(epicalc) example(followup.plot)
b _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

R --vanilla iniciara' o R ignorando qq configuracao personalizada (.Rprofile) ou arquivos de inicializacao (.RData). Dificil dizer, sem ver os dados e sua estrutura, o que pode estar acontecendo. Uma sugestao (pouco provavel de ser associada a esse problema) e' usar outro nome para o conjunto de dados... Usar 'c' eh ligeiramente arriscado, ja' que existe um comando com o mesmo nome (eu sei, o R vai tentar diferenciar um do outro, mas nessas horas vc quer minimizar as possibilidades de problema). Um chute: vc tem algum objecto ou outro comando chamado followup??? Se sim, e' bem provavel ser um clash em S3 causado por desenvolvedores que insistem em nao usar NAMESPACE e/ou o autor do epicalc q escolheu um nome muito ruim pra funcao (a gente sempre pede: "nao crie funcoes com um ponto no nome"... e existe uma razao para isso).... Digite 'followup' e veja o q acontece (ideal seria retornar um erro dizendo q o obj nao foi encontrado). Se retornar o corpo de uma funcao, ele dira' no final que pacote esta' definindo essa funcao... dai' use: detach("package:nome_do_pacote") e tente de novo. b

Benilton, COmo eu imaginava, o que voce diz é que provavelmente sou eu que estou inserindo o erro. Basta saber aonde. Segue a saida da função... não há especificação do pacote.
library('epicalc')> followup.plot(c$prontuario,c$dias,c$CD,by=c$iris)Erro em get(search()[2]) : objeto 'package:rms' não encontrado> followup.plotfunction (id, time, outcome, by = NULL, n.of.lines = NULL, legend = TRUE, legend.site = "topright", lty = "auto", line.col = "auto", stress = NULL, stress.labels = FALSE, label.col = 1, stress.col = NULL, stress.width = NULL, stress.type = NULL, lwd = 1, xlab, ylab, ...) { if (missing(xlab)) { xlab <- as.character(substitute(time)) if (any(class(get(search()[2])) == "data.frame")) { if (any(attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(xlab)))) { if (!is.null(attr(get(search()[2]), "var.labels")[attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(xlab))])) { if (attr(get(search()[2]), "var.labels")[attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(xlab))] != "") { xlab <- attr(get(search()[2]), "var.labels")[attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(xlab))] } } } } } if (missing(ylab)) { ylab <- as.character(substitute(outcome)) if (any(class(get(search()[2])) == "data.frame")) { if (any(attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(ylab)))) { if (!is.null(attr(get(search()[2]), "var.labels")[attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(ylab))])) { if (attr(get(search()[2]), "var.labels")[attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(ylab))] != "") { ylab <- attr(get(search()[2]), "var.labels")[attr(get(search()[2]), "names") == as.character(substitute(ylab))] } } } } } plot(time, outcome, xlab = xlab, ylab = ylab, type = "n", lwd = lwd, ...) if (any(lty == "auto")) lty <- rep(1, length(id)) id1 <- id time1 <- time by1 <- by outcome1 <- outcome if (is.null(n.of.lines)) { if (!is.null(by)) { id <- id[order(id1, time1, by1)] id.factor <- factor(id) time <- time[order(id1, time1, by1)] outcome <- outcome[order(id1, time1, by1)] by <- by[order(id1, time1, by1)] by.factor <- factor(by) if (any(line.col == "auto")) { line.col <- 1:length(levels(by.factor)) } for (i in 1:length(levels(by.factor))) { for (j in 1:length(levels(id.factor))) { lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j] & by.factor == levels(by.factor)[i]], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j] & by.factor == levels(by.factor)[i]], col = line.col[i], lty = i, lwd = lwd) } } if (legend) { legend(x = legend.site, legend = levels(factor(by)), col = line.col, bg = "white", lty = 1:length(levels(factor(by))), lwd = lwd) } } else { id <- id[order(id1, time1)] id.factor <- factor(id) time <- time[order(id1, time1)] outcome <- outcome[order(id1, time1)] if (length(levels(factor(id))) < 8) { if (any(line.col == "auto")) line.col <- 1:length(levels(id.factor)) for (j in 1:length(levels(id.factor))) { lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]], col = line.col[j], lwd = lwd, lty = lty[j]) } if (legend) { legend(x = legend.site, legend = levels(factor(id[order(id1)])), col = line.col[1:length(levels(factor(id)))], bg = "white", lty = lty, lwd = lwd) } } else { for (j in 1:length(levels(id.factor))) { if (any(line.col == "multicolor")) { lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]], col = j, lwd = lwd) } else { if (any(line.col == "auto")) line.col <- "blue" lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]], col = line.col, lwd = lwd) } } } } } else { order.id.selected <- sample(c(rep(TRUE, n.of.lines), rep(FALSE, length(levels(factor(id))) - n.of.lines))) if (!is.null(by)) { id <- id[order(id1, time1, by1)] time <- time[order(id1, time1, by1)] outcome <- outcome[order(id1, time1, by1)] by <- by[order(id1, time1, by1)] id.factor <- factor(id) by.factor <- factor(by) if (any(line.col == "auto")) line.col <- 1:length(levels(by.factor)) for (i in 1:length(levels(by.factor))) { for (j in 1:length(levels(id.factor))) { lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j] & by.factor == levels(by.factor)[i]] * order.id.selected[j], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j] & by.factor == levels(by.factor)[i]] * order.id.selected[j], col = line.col[i], lty = i, lwd = lwd) } } if (legend) { legend(x = legend.site, legend = levels(factor(by)), col = line.col[1:length(levels(factor(by)))], lty = 1:length(levels(factor(by))), bg = "white", lwd = lwd) } } else { id <- id[order(id1, time1)] id.factor <- factor(id) time <- time[order(id1, time1)] outcome <- outcome[order(id1, time1)] for (j in 1:length(levels(id.factor))) { if (any(line.col == "multicolor")) { lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]] * order.id.selected[j], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]] * order.id.selected[j], col = j, lwd = lwd) } else { if (any(line.col == "auto")) { line.col <- "blue" } lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]] * order.id.selected[j], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]] * order.id.selected[j], col = line.col, lwd = lwd) } } } } for (j in 1:length(levels(id.factor))) { text(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]], labels = j, col = any(stress.labels * stress %in% j) * label.col) } for (j in 1:length(levels(id.factor))) { lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]], col = any(stress %in% j) * stress.col, lwd = stress.width, lty = stress.type) } }
, Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional Em 27 de setembro de 2011 10:17, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
R --vanilla
iniciara' o R ignorando qq configuracao personalizada (.Rprofile) ou arquivos de inicializacao (.RData).
Dificil dizer, sem ver os dados e sua estrutura, o que pode estar acontecendo.
Uma sugestao (pouco provavel de ser associada a esse problema) e' usar outro nome para o conjunto de dados... Usar 'c' eh ligeiramente arriscado, ja' que existe um comando com o mesmo nome (eu sei, o R vai tentar diferenciar um do outro, mas nessas horas vc quer minimizar as possibilidades de problema).
Um chute: vc tem algum objecto ou outro comando chamado followup??? Se sim, e' bem provavel ser um clash em S3 causado por desenvolvedores que insistem em nao usar NAMESPACE e/ou o autor do epicalc q escolheu um nome muito ruim pra funcao (a gente sempre pede: "nao crie funcoes com um ponto no nome"... e existe uma razao para isso).... Digite 'followup' e veja o q acontece (ideal seria retornar um erro dizendo q o obj nao foi encontrado). Se retornar o corpo de uma funcao, ele dira' no final que pacote esta' definindo essa funcao... dai' use:
detach("package:nome_do_pacote")
e tente de novo.
b _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

Nao nao... O que eu quis dizer era: 1) execute tudo normalmente, como se nao houvesse problema 2) qdo o problema acontecer, digite apenas 'followup'; 3) veja se existe alguma coisa definida com esse nome. :)

Benilton, Valeu pela ajuda. Apesar de não ter resolvido o problema eu vou entrar nele mais tarde. Eu tenho que para para fazer outra coisa agora. Quando eu voltar nessa questão eu posto mais mensagens! Valeu a força. Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil@ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil@gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional Em 27 de setembro de 2011 10:40, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Nao nao... O que eu quis dizer era: 1) execute tudo normalmente, como se nao houvesse problema 2) qdo o problema acontecer, digite apenas 'followup'; 3) veja se existe alguma coisa definida com esse nome.
:)
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil