Prezados, alguém saberia me dizer o que aconteceu com as funções do pacote synbreed ??? Grande parte delas não podem ser encontradas quando se roda a rotina conforme o manual. Abaixo encontra-se o início da rotina descrita no manual do pacote synbreed, onde já existe o erro de função não encontrada. Desde já agradeço. library(synbreedData) data (maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH") newDHpheno #simulating genotypic data newDHgeno <- matrix(sample(c(0,1), ncol(maize$geno), replace=TRUE), nrow=1) rownames(newDHgeno) <- "newDH" #new pedigree newDHpedigree <- data.frame(ID="newDH", Par1=0, Par2=0, gener=0) #new covar information newDHcovar <- data.frame(family=NA, DH=1, tbv=1000, row.names="newDH") # add individual maize2 <- add.individuals(maize,newDHpheno,newDHgeno,newDHpedigree,newDHcovar) summary(maize2) ##erro em add.individuals: função não pode ser encontrada
Giselle, Note que tem dois pacotes... synbreed e synbreedData! As funções estão no synbreed enquanto que synbreedData contém apenas dados! Leia: http://cran.r-project.org/web/packages/synbreed/ e http://cran.r-project.org/web/packages/synbreedData/index.html 2014-01-30 Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br>:
Prezados,
alguém saberia me dizer o que aconteceu com as funções do pacote synbreed ??? Grande parte delas não podem ser encontradas quando se roda a rotina conforme o manual.
Abaixo encontra-se o início da rotina descrita no manual do pacote synbreed, onde já existe o erro de função não encontrada.
Desde já agradeço.
library(synbreedData) data (maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH") newDHpheno
#simulating genotypic data newDHgeno <- matrix(sample(c(0,1), ncol(maize$geno), replace=TRUE), nrow=1) rownames(newDHgeno) <- "newDH"
#new pedigree newDHpedigree <- data.frame(ID="newDH", Par1=0, Par2=0, gener=0)
#new covar information newDHcovar <- data.frame(family=NA, DH=1, tbv=1000, row.names="newDH")
# add individual maize2 <- add.individuals(maize,newDHpheno,newDHgeno,newDHpedigree,newDHcovar) summary(maize2) ##erro em add.individuals: função não pode ser encontrada
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Pois é, mas é no pacote synbreed que a mensagem de função não encontrada ocorre. O pacote synbreedData está funcionando corretamente. O problema ainda persiste .... !!! Se alguém puder ajudar agradeço. Att, Giselle Em Quinta-feira, 30 de Janeiro de 2014 10:27, FHRB Toledo <fernandohtoledo@gmail.com> escreveu: Giselle, Note que tem dois pacotes... synbreed e synbreedData! As funções estão no synbreed enquanto que synbreedData contém apenas dados! Leia: http://cran.r-project.org/web/packages/synbreed/ e http://cran.r-project.org/web/packages/synbreedData/index.html 2014-01-30 Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br>: Prezados,
alguém saberia me dizer o que aconteceu com as funções do pacote synbreed ??? Grande parte delas não podem ser encontradas quando se roda a rotina conforme o manual.
Abaixo encontra-se o início da rotina descrita no manual do pacote synbreed, onde já existe o erro de função não encontrada.
Desde já agradeço.
library(synbreedData) data (maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH")
newDHpheno
#simulating genotypic data newDHgeno <- matrix(sample(c(0,1), ncol(maize$geno), replace=TRUE), nrow=1) rownames(newDHgeno) <- "newDH"
#new pedigree newDHpedigree <- data.frame(ID="newDH", Par1=0, Par2=0, gener=0)
#new covar information newDHcovar <- data.frame(family=NA, DH=1, tbv=1000, row.names="newDH")
# add individual maize2 <- add.individuals(maize,newDHpheno,newDHgeno,newDHpedigree,newDHcovar) summary(maize2) ##erro em add.individuals: função não pode ser encontrada
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Gisele, bom dia! Basicamente, faltou requerer a biblioteca synbreed, além de symbreedData: library(synbreed) ### insira no seu código!!! library(synbreedData) data(maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH") newDHpheno ... Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Sugestão efetuada sem sucesso .... !!!! Em Sexta-feira, 31 de Janeiro de 2014 8:15, Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> escreveu: Gisele, bom dia! Basicamente, faltou requerer a biblioteca synbreed, além de symbreedData: library(synbreed) ### insira no seu código!!! library(synbreedData) data(maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH") newDHpheno ... Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Gisele, boa noite! Rode o código abaixo e havendo erros, copie e cole a mensagem mostrada no console em seu próximo email. ### <code r> install.packages(c("synbreed", "synbreedData"), dep=TRUE) ### instala pacotes library(synbreed) ### requisita pacote library(synbreedData) ### requisita pacote (.packages()) ### verifica pacotes carregados! data(maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH"); newDHpheno #simulating genotypic data newDHgeno <- matrix(sample(c(0,1), ncol(maize$geno), replace=TRUE), nrow=1) rownames(newDHgeno) <- "newDH" #new pedigree newDHpedigree <- data.frame(ID="newDH", Par1=0, Par2=0, gener=0) #new covar information newDHcovar <- data.frame(family=NA, DH=1, tbv=1000, row.names="newDH") # add individual maize2 <- add.individuals(maize,newDHpheno,newDHgeno,newDHpedigree,newDHcovar) summary(maize2) ### </code> Aqui roda sem problemas... Veja a saída de summary(maize2)logo abaixo:
summary(maize2) object of class 'gpData' covar No. of individuals 1611 phenotyped 1251 genotyped 1251 pheno No. of traits: 1
Trait Min. : 120.7 1st Qu.: 142.8 Median : 148.9 Mean : 149.6 3rd Qu.: 154.9 Max. :1000.0 geno No. of markers 1117 genotypes 0 1 frequencies 0.340134 0.659866 NA's 0.000 % map No. of mapped markers 1117 No. of chromosomes 10 markers per chromosome 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 76 96 99 122 85 106 154 130 121 128 pedigree Number of individuals 1611 Par 1 219 Par 2 221 generations 15
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
participantes (3)
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FHRB Toledo -
Giselle Davi -
Éder Comunello