Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora Atenciosamente, Victor Eduardo
Victor, Boa tarde. Use o pacote rstan. Att. 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663480h16@n4.nabble.com>:
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo
Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used
O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora
Atenciosamente,
Victor Eduardo
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-- Alisson Lucrecio da Costa
Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele. Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br> escreveu:
Victor,
Boa tarde.
Use o pacote rstan.
Att.
2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663480h16@n4.nabble.com>:
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo
Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used
O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora
Atenciosamente,
Victor Eduardo
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-- Alisson Lucrecio da Costa
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Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele. Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br> escreveu:
Victor,
Boa tarde.
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Att.
2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663480h16@n4.nabble.com>:
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo
Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used
O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora
Atenciosamente,
Victor Eduardo
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-- Alisson Lucrecio da Costa
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Use esse código. Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, max.deparse.length = 2000) install_rstan() 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663483h9@n4.nabble.com>:
Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages
Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele.
Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu:
Victor,
Boa tarde.
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2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>:
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de
rodar ele da o seguinte erro durante o processo
Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used
O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora
Atenciosamente,
Victor Eduardo
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-- Alisson Lucrecio da Costa
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http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... To unsubscribe from R-br, click here <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=YWxpc3Nvbi5sdWNyZWNpb0BpZmdvaWFuby5lZHUuYnJ8MzM1Nzk4MnwtNTI1NDI5NDE3> . NAML <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
-- Alisson Lucrecio da Costa
Caro Victor, Se der certo teste esse exemplo. library(rstan) treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") repetition_number <- 20 response_mean <- c(100, 94, 88, 82) treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, labels = treatment_level) str_error <- 2 response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) }) response <- c(response_temp) plot(response ~ treatment) summary(lm(response ~ treatment -1)) mean(response) sd(response) stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), Treatment=as.numeric(treatment), Response = response) # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment stan_modelcode <- " data { // data setup int<lower=0> N; // sample size int<lower=1> I; // number of treatments real Response[N]; // Response int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment } parameters { real mu[I]; real<lower=0, upper=100> sigma[I]; } model { //Priors mu ~ normal(0, 100); sigma ~ uniform(0, 100); //Likelihood for(i in 1:N) { Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); } } " fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, chains = 3, verbose = TRUE) plot(fit) 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br>:
Use esse código.
Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, max.deparse.length = 2000) install_rstan()
2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663483h9@n4.nabble.com>:
Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages
Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele.
Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu:
Victor,
Boa tarde.
Use o pacote rstan.
Att.
2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>:
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de
rodar ele da o seguinte erro durante o processo
Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used
O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora
Atenciosamente,
Victor Eduardo
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... To unsubscribe from R-br, click here. NAML <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
-- Alisson Lucrecio da Costa
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_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... To unsubscribe from R-br, click here <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=YWxpc3Nvbi5sdWNyZWNpb0BpZmdvaWFuby5lZHUuYnJ8MzM1Nzk4MnwtNTI1NDI5NDE3> . NAML <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
-- Alisson Lucrecio da Costa
-- Alisson Lucrecio da Costa
Não rodou aqui. =/ O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu outro Error in handleRes(res) : NA Só que não tem NA na minha base de dados 2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br>:
Caro Victor,
Se der certo teste esse exemplo.
library(rstan)
treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") repetition_number <- 20 response_mean <- c(100, 94, 88, 82)
treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, labels = treatment_level) str_error <- 2
response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) })
response <- c(response_temp)
plot(response ~ treatment)
summary(lm(response ~ treatment -1))
mean(response) sd(response)
stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), Treatment=as.numeric(treatment), Response = response)
# Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment
stan_modelcode <- " data { // data setup int<lower=0> N; // sample size int<lower=1> I; // number of treatments real Response[N]; // Response int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment }
parameters { real mu[I]; real<lower=0, upper=100> sigma[I]; }
model { //Priors mu ~ normal(0, 100); sigma ~ uniform(0, 100); //Likelihood for(i in 1:N) { Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); } } "
fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, chains = 3, verbose = TRUE)
plot(fit)
2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br>:
Use esse código.
Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, max.deparse.length = 2000) install_rstan()
2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663483h9@n4.nabble.com>:
Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando pelo código install.packages
Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque aparentemente está tudo ok com ele.
Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu:
Victor,
Boa tarde.
Use o pacote rstan.
Att.
2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>:
Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de
rodar ele da o seguinte erro durante o processo
Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used
O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora
Atenciosamente,
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-- Alisson Lucrecio da Costa
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