Criar comparações múltiplas entre fatores
Caros listeiros, Gostaria de achar uma maneira de automatizar a criação de comparações múltiplas entre fatores, no meu caso: #Fator treat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep="")) #Variables sp1_1 = rnorm(10, 5, 0.25) sp1_2 = rnorm(50, 2.5, 0.25) sp1 = c(sp1_1,sp1_2) sp2 = rnorm(60, 2.5, 0.25) sp3_1 = rnorm(10, 12, 0.25) sp3_2 = rnorm(50, 2.5, 0.25) sp3 = c(sp3_1,sp3_2) sp4 = rnorm(60, 2.5, 0.25) sp<-cbind(sp1,sp2,sp3,sp4) #Criação da matriz de contrastes Treat_Imp<-model.matrix(~ treat-1) Treat_Imp1_2<-Treat_Imp[, 1] - Treat_Imp[, 2] Treat_Imp2_3<-Treat_Imp[, 2] - Treat_Imp[, 3] Treat_Imp1_3<-Treat_Imp[, 1] - Treat_Imp[, 3] Eu acabei criando manualmente as comparações, através dos objetos Treat_Imp1_2, Treat_Imp2_3 e Treat_Imp1_3. Mas alguém poderia me dar uma ideia de como sistematizar isso, e ter a criação desses objetos de uma maneira direta e que não envolva pacotes como o multcomp? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================
Alexandre, boa tarde! Não sei se entendi direito, mas fiz uma tentativa. Se a ideia servir dá pra colocar na forma de uma função. ### <code r> treat <- gl(4, 15, labels = paste("t", 1:4, sep="")); treat # Fatores # Variables set.sed(124) sp <- cbind(c(rnorm(10, 5, 0.25), rnorm(50, 2.5, 0.25)), rnorm(60, 2.5, 0.25), c(rnorm(10, 12, 0.25), rnorm(50, 2.5, 0.25)), rnorm(60, 2.5, 0.25)) colnames(sp) <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4") head(sp) #Criação da matriz de contrastes TI <- model.matrix(~ treat-1) head(TI) f <- length(levels(treat)) comb <- t(combn(1:f, 2)) n <- nrow(comb) contr2 <- NULL for (x in 1:n) { i <- comb[x, 1] j <- comb[x, 2] tmp <- list(TI[,i] - TI[,j]); names(tmp) <- paste0("TI",i, "_", j) contr2 <- c(contr2, tmp) } contr2 head(do.call(cbind, contr2)) # TI1_2 TI1_3 TI1_4 TI2_3 TI2_4 TI3_4 # 1 1 1 1 0 0 0 # 2 1 1 1 0 0 0 # 3 1 1 1 0 0 0 # 4 1 1 1 0 0 0 # 5 1 1 1 0 0 0 # 6 1 1 1 0 0 0 ### </code> ================================================ Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil |<O>| ================================================ GEO, -22.2752, -54.8182, 408m UTC-04:00 / DST: UTC-03:00
Muito obrigado Éder!!!! Era exatamente a função que eu procurava, funcionou perfeitamente, Abraços, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 09/03/2016 17:39, Éder Comunello escreveu:
Alexandre, boa tarde!
Não sei se entendi direito, mas fiz uma tentativa. Se a ideia servir dá pra colocar na forma de uma função.
### <code r> treat <- gl(4, 15, labels = paste("t", 1:4, sep="")); treat # Fatores
# Variables set.sed(124) sp <- cbind(c(rnorm(10, 5, 0.25), rnorm(50, 2.5, 0.25)), rnorm(60, 2.5, 0.25), c(rnorm(10, 12, 0.25), rnorm(50, 2.5, 0.25)), rnorm(60, 2.5, 0.25)) colnames(sp) <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4") head(sp)
#Criação da matriz de contrastes TI <- model.matrix(~ treat-1) head(TI)
f <- length(levels(treat)) comb <- t(combn(1:f, 2)) n <- nrow(comb)
contr2 <- NULL for (x in 1:n) { i <- comb[x, 1] j <- comb[x, 2] tmp <- list(TI[,i] - TI[,j]); names(tmp) <- paste0("TI",i, "_", j) contr2 <- c(contr2, tmp) } contr2
head(do.call(cbind, contr2)) # TI1_2 TI1_3 TI1_4 TI2_3 TI2_4 TI3_4 # 1 1 1 1 0 0 0 # 2 1 1 1 0 0 0 # 3 1 1 1 0 0 0 # 4 1 1 1 0 0 0 # 5 1 1 1 0 0 0 # 6 1 1 1 0 0 0 ### </code>
================================================ Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil |<O>| ================================================ GEO, -22.2752, -54.8182, 408m UTC-04:00 / DST: UTC-03:00
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Pessoal, Estava utilizando a rotina desenvolvida pelo Éder e vi que ela criava os contrastes, mas não um desenho fatorial completo como quando uso a função gen.factorial() do pacote AlgDesign, alguém poderia me dizer como a partir da rotina do Éder eu poderia criar isso, uma vez que, não posso utilizar a função gen.factorial() diretamente porque em meus dados verdadeiros eu tenho dados desbalanceados. Meu código é: #Fator treat <- gl(4, 15, labels = paste("t", 1:4, sep="")); treat #Comparações TI <- model.matrix(~ treat-1) head(TI) f <- nlevels(treat) comb <- t(combn(1:f, 2)) n <- nrow(comb) contr2 <- NULL for (x in 1:n) { i <- comb[x, 1] j <- comb[x, 2] tmp <- list(TI[,i] - TI[,j]); names(tmp) <- paste0("TI",i, "_", j) contr2 <- c(contr2, tmp) } contr2df <- as.data.frame(contr2) contr2df #Equivalente, mas criando um desenho fatorial completo require(AlgDesign) contr2df2 <-AlgDesign::gen.factorial(3, 6, TRUE, varNames=c("TI1_2", "TI1_3", "TI1_4", "TI2_3", "TI2_4", "TI3_4")) contr2df2 # Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 10/03/2016 08:33, ASANTOS escreveu:
Muito obrigado Éder!!!!
Era exatamente a função que eu procurava, funcionou perfeitamente,
Abraços, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes:http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate:https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn:https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 09/03/2016 17:39, Éder Comunello escreveu:
Alexandre, boa tarde!
Não sei se entendi direito, mas fiz uma tentativa. Se a ideia servir dá pra colocar na forma de uma função.
### <code r> treat <- gl(4, 15, labels = paste("t", 1:4, sep="")); treat # Fatores
# Variables set.sed(124) sp <- cbind(c(rnorm(10, 5, 0.25), rnorm(50, 2.5, 0.25)), rnorm(60, 2.5, 0.25), c(rnorm(10, 12, 0.25), rnorm(50, 2.5, 0.25)), rnorm(60, 2.5, 0.25)) colnames(sp) <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4") head(sp)
#Criação da matriz de contrastes TI <- model.matrix(~ treat-1) head(TI)
f <- length(levels(treat)) comb <- t(combn(1:f, 2)) n <- nrow(comb)
contr2 <- NULL for (x in 1:n) { i <- comb[x, 1] j <- comb[x, 2] tmp <- list(TI[,i] - TI[,j]); names(tmp) <- paste0("TI",i, "_", j) contr2 <- c(contr2, tmp) } contr2
head(do.call(cbind, contr2)) # TI1_2 TI1_3 TI1_4 TI2_3 TI2_4 TI3_4 # 1 1 1 1 0 0 0 # 2 1 1 1 0 0 0 # 3 1 1 1 0 0 0 # 4 1 1 1 0 0 0 # 5 1 1 1 0 0 0 # 6 1 1 1 0 0 0 ### </code>
================================================ Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil |<O>| ================================================ GEO, -22.2752, -54.8182, 408m UTC-04:00 / DST: UTC-03:00
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