Como instalar o edgeR no Rstudio versão 3.6.3
Caríssimos(as) utilizadores do R, bom dia Espero que todos estejam bem. Preciso converter dados de expressão gênica de FPKM para CPM, a fim de comparar estes dados com outros bancos que estão em CPM. Para fazer a conversão, eu deveria usar o pacote edgeR, entretanto, não consigo instalá-lo no RStudio V.3.6.3. a seguinte mensagem aparece: "Warning in install.packages : package ‘edgeR’ is not available (for R version 3.6.3)". Por favor, como posso instalar o pacote? Ou então, há outro pacote que eu possa usar para fazer a conversão que seja compatível com esta versão do R? Muitíssimo obrigada! Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Researcher in Bioinformatics PhD in Cellular and Molecular Biology CICS - Health Sciences Research Center Faculty of Health Sciences University of Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal
O edgeR não está disponível no CRAN. Ele faz parte do Bioconductor. Dê uma lida neste tutorial - https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html - para encontrar as instruções de intalação. -- Marcus Nunes Professor Adjunto https://marcusnunes.me/ Universidade Federal do Rio Grande do Norte Departamento de Estatística Laboratório de Estatística Aplicada - http://lea.estatistica.ccet.ufrn.br Curso de Big Data - https://introbigdata.org Aplicações em Shiny - http://shiny.estatistica.ccet.ufrn.br On Thu, Aug 4, 2022 at 7:06 AM Michele Claire Breton por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Caríssimos(as) utilizadores do R, bom dia
Espero que todos estejam bem. Preciso converter dados de expressão gênica de FPKM para CPM, a fim de comparar estes dados com outros bancos que estão em CPM. Para fazer a conversão, eu deveria usar o pacote edgeR, entretanto, não consigo instalá-lo no RStudio V.3.6.3. a seguinte mensagem aparece: "Warning in install.packages : package ‘edgeR’ is not available (for R version 3.6.3)". Por favor, como posso instalar o pacote? Ou então, há outro pacote que eu possa usar para fazer a conversão que seja compatível com esta versão do R?
Muitíssimo obrigada!
Michele
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Bom dia Marcus Nunes, Obrigada por me orientar. Michele Marcus Nunes <marcus.nunes@gmail.com> escreveu no dia quinta, 4/08/2022 à(s) 12:13:
O edgeR não está disponível no CRAN. Ele faz parte do Bioconductor. Dê uma lida neste tutorial - https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html - para encontrar as instruções de intalação. -- Marcus Nunes Professor Adjunto https://marcusnunes.me/ Universidade Federal do Rio Grande do Norte Departamento de Estatística Laboratório de Estatística Aplicada - http://lea.estatistica.ccet.ufrn.br Curso de Big Data - https://introbigdata.org Aplicações em Shiny - http://shiny.estatistica.ccet.ufrn.br
On Thu, Aug 4, 2022 at 7:06 AM Michele Claire Breton por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Caríssimos(as) utilizadores do R, bom dia
Espero que todos estejam bem. Preciso converter dados de expressão gênica de FPKM para CPM, a fim de comparar estes dados com outros bancos que estão em CPM. Para fazer a conversão, eu deveria usar o pacote edgeR, entretanto, não consigo instalá-lo no RStudio V.3.6.3. a seguinte mensagem aparece: "Warning in install.packages : package ‘edgeR’ is not available (for R version 3.6.3)". Por favor, como posso instalar o pacote? Ou então, há outro pacote que eu possa usar para fazer a conversão que seja compatível com esta versão do R?
Muitíssimo obrigada!
Michele
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