Bom dia Pessoal, Estou tentando modelizar a variável resposta ndeath (plantas mortas)em função da variável nhole (numeros de insetos), com o uso de um modelo hierárquico de Bernoulli e Beta binomial, para isso usei o pacote gamlss, para estimar os parâmetros sendo: require(gamlss) mort_syn<-read.table(file="m_syn.txt", header=T) dd=NULL dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath) dd$y dd$nhole=nhole mm=gamlss(formula=y~1+nhole,nu.formula=~1+nhole,sigma.formula=~1, data=dd, family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log")) Mais o objeto mm que deveria estimar o parâmetro de Nu esta dando NA, sem erros, sendo:
mm
Family: c("ZIBB", "Zero Inflated Beta Binomial") Fitting method: RS() Call: gamlss(formula = y ~ 1 + nhole, sigma.formula = ~1, nu.formula = ~1 + nhole, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit", sigma.link = "log"), data = dd) Mu Coefficients: (Intercept) nhole -2.10530 0.02949 Sigma Coefficients: (Intercept) -3.422 Nu Coefficients: (Intercept) nhole -2.367 NA Degrees of Freedom for the fit: 4 Residual Deg. of Freedom 104 Global Deviance: 420.808 AIC: 428.808 SBC: 439.537 Alguém que utiliza ou já utilizou o pacote gamlss, saberia me dizer o que esta acontecendo, os dados que utilizei estão anexo, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29
Bom dia Alexandre, Eu não tenho muita experiência com este modelo mas veja o teste que fiz com seus dados: ##### Análise Gráfica plot(density(dados$ndeath),main='Histograma e densidade estimada',ylim=c(0,.18) ,col='red') hist(dados$ndeath,freq=F,add=T,col="blue",border='white') abline(h=0,col='red') lines(density(dados$ndeath),col='red') summary(dados$ndeath) #### Estimacao numerica # f1 = gamlss(dados$ndeath~1,family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log")) Erro em gamlss(dados$ndeath ~ 1, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit", : y values must be 0 <= y <= 1 A mensagem sugere que a distribuição usada não é a ideal, você está modelando uma binomial e a variável resposta não segue distribuição binomial. Não seria este o motivo? Alexandre dos Santos
Bom dia Pessoal,
Estou tentando modelizar a variável resposta ndeath (plantas mortas)em função da variável nhole (numeros de insetos), com o uso de um modelo hierárquico de Bernoulli e Beta binomial, para isso usei o pacote gamlss, para estimar os parâmetros sendo:
require(gamlss)
mort_syn<-read.table(file="m_syn.txt", header=T)
dd=NULL
dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath)
dd$y
dd$nhole=nhole
mm=gamlss(formula=y~1+nhole,nu.formula=~1+nhole,sigma.formula=~1,
data=dd,
family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log"))
Mais o objeto mm que deveria estimar o parâmetro de Nu esta dando NA, sem erros, sendo:
mm
Family: c("ZIBB", "Zero Inflated Beta Binomial")
Fitting method: RS()
Call: gamlss(formula = y ~ 1 + nhole, sigma.formula = ~1, nu.formula = ~1 + nhole, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit",
sigma.link = "log"), data = dd)
Mu Coefficients:
(Intercept) nhole
-2.10530 0.02949
Sigma Coefficients:
(Intercept)
-3.422
Nu Coefficients:
(Intercept) nhole
-2.367 NA
Degrees of Freedom for the fit: 4 Residual Deg. of Freedom 104
Global Deviance: 420.808
AIC: 428.808
SBC: 439.537
Alguém que utiliza ou já utilizou o pacote gamlss, saberia me dizer o que esta acontecendo, os dados que utilizei estão anexo,
Obrigado,
Alexandre dos Santos
Ingenieur forestier, Msc.
INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP)
Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Felipe E. Barletta Mendes (41)9189-5198 (41)3025-2150 (41)3328-7216 http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:felipe
Alexandre, na verdade você usa dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath) Eu testei ndeath, logo o que disse no e-mail anterior não procede. Felipe Emanoel Barletta Mendes
Bom dia Alexandre,
Eu não tenho muita experiência com este modelo mas veja o teste que fiz com seus dados:
##### Análise Gráfica plot(density(dados$ndeath),main='Histograma e densidade estimada',ylim=c(0,.18) ,col='red') hist(dados$ndeath,freq=F,add=T,col="blue",border='white') abline(h=0,col='red') lines(density(dados$ndeath),col='red') summary(dados$ndeath)
#### Estimacao numerica # f1 = gamlss(dados$ndeath~1,family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log")) Erro em gamlss(dados$ndeath ~ 1, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit", : y values must be 0 <= y <= 1
A mensagem sugere que a distribuição usada não é a ideal, você está modelando uma binomial e a variável resposta não segue distribuição binomial. Não seria este o motivo?
Alexandre dos Santos
Bom dia Pessoal,
Estou tentando modelizar a variável resposta ndeath (plantas mortas)em função da variável nhole (numeros de insetos), com o uso de um modelo hierárquico de Bernoulli e Beta binomial, para isso usei o pacote gamlss, para estimar os parâmetros sendo:
require(gamlss)
mort_syn<-read.table(file="m_syn.txt", header=T)
dd=NULL
dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath)
dd$y
dd$nhole=nhole
mm=gamlss(formula=y~1+nhole,nu.formula=~1+nhole,sigma.formula=~1,
data=dd,
family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log"))
Mais o objeto mm que deveria estimar o parâmetro de Nu esta dando NA, sem erros, sendo:
mm
Family: c("ZIBB", "Zero Inflated Beta Binomial")
Fitting method: RS()
Call: gamlss(formula = y ~ 1 + nhole, sigma.formula = ~1, nu.formula = ~1 + nhole, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit",
sigma.link = "log"), data = dd)
Mu Coefficients:
(Intercept) nhole
-2.10530 0.02949
Sigma Coefficients:
(Intercept)
-3.422
Nu Coefficients:
(Intercept) nhole
-2.367 NA
Degrees of Freedom for the fit: 4 Residual Deg. of Freedom 104
Global Deviance: 420.808
AIC: 428.808
SBC: 439.537
Alguém que utiliza ou já utilizou o pacote gamlss, saberia me dizer o que esta acontecendo, os dados que utilizei estão anexo,
Obrigado,
Alexandre dos Santos
Ingenieur forestier, Msc.
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Felipe, Obrigado pelo help, mas quando simulo dados teóricos com a mesmas características que os meus funciona, sendo: library(emdbook) ##Para pegar a distribuição BB logitinv=function(p) log(p/(1-p)) logit=function(x) exp(x)/(1+exp(x)) ndata=108##Número de parcelas ntree=1+rpois(ndata,19)##Simulando o total de plantas nhole=rnbinom(ndata,mu=5,size=0.3)##Simulando N insetos ##Simulando N de plantas mortas ndeath=rbinom(ndata,1,prob=logit(-2+1*nhole))* rbetabinom(ndata,ntree,prob=logit(-1+0.5*nhole),theta=100) ndeath[is.na(ndeath)]=ntree[is.na(ndeath)] dd=NULL dd$y=cbind(ndeath,ntree) dd$nhole=nhole require(gamlss) ##Modelisando o número plantas mortas mm=gamlss(formula=y~1+nhole,sigma.formula=~1, nu.formula=~1+nhole,data=dd, family=ZIBB(mu.link="logit",sigma.link="log",nu.link="logit")) # Abraço, Alexandre -----Original Message----- From: r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] On Behalf Of Felipe Emanoel Barletta Mendes Sent: quarta-feira, 15 de junho de 2011 16:39 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; felipe@leg.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Problema com o pacote gamlss Alexandre, na verdade você usa dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath) Eu testei ndeath, logo o que disse no e-mail anterior não procede. Felipe Emanoel Barletta Mendes
Bom dia Alexandre,
Eu não tenho muita experiência com este modelo mas veja o teste que fiz com seus dados:
##### Análise Gráfica plot(density(dados$ndeath),main='Histograma e densidade estimada',ylim=c(0,.18) ,col='red') hist(dados$ndeath,freq=F,add=T,col="blue",border='white') abline(h=0,col='red') lines(density(dados$ndeath),col='red') summary(dados$ndeath)
#### Estimacao numerica # f1 =
gamlss(dados$ndeath~1,family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link ="log"))
Erro em gamlss(dados$ndeath ~ 1, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit", : y values must be 0 <= y <= 1
A mensagem sugere que a distribuição usada não é a ideal, você está modelando uma binomial e a variável resposta não segue distribuição binomial. Não seria este o motivo?
Alexandre dos Santos
Bom dia Pessoal,
Estou tentando modelizar a variável resposta ndeath (plantas mortas)em função da variável nhole (numeros de insetos), com o uso de um modelo hierárquico de Bernoulli e Beta binomial, para isso usei o pacote gamlss, para estimar os parâmetros sendo:
require(gamlss)
mort_syn<-read.table(file="m_syn.txt", header=T)
dd=NULL
dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath)
dd$y
dd$nhole=nhole
mm=gamlss(formula=y~1+nhole,nu.formula=~1+nhole,sigma.formula=~1,
data=dd,
family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log"))
Mais o objeto mm que deveria estimar o parâmetro de Nu esta dando NA, sem erros, sendo:
mm
Family: c("ZIBB", "Zero Inflated Beta Binomial")
Fitting method: RS()
Call: gamlss(formula = y ~ 1 + nhole, sigma.formula = ~1, nu.formula = ~1 + nhole, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit",
sigma.link = "log"), data = dd)
Mu Coefficients:
(Intercept) nhole
-2.10530 0.02949
Sigma Coefficients:
(Intercept)
-3.422
Nu Coefficients:
(Intercept) nhole
-2.367 NA
Degrees of Freedom for the fit: 4 Residual Deg. of Freedom 104
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AIC: 428.808
SBC: 439.537
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Obrigado,
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Em 15/6/2011 09:32, Alexandre dos Santos escreveu:
Bom dia Pessoal,
Estou tentando *modelizar* a variável resposta ndeath (plantas
Tua estada na França já te está deixando com sotaque até na escrita¹ ;-) -- Cesar Rabak GNU/Linux User 52247. Get counted: http://counter.li.org/ [1] Been there done that!
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