Alexandre, boa tarde!
Já vi o pessoal falando na lista que no R tudo é possível, a questão é se sabemos como fazer! :D
Particularmente, é o tipo de operação que eu prefiro fazer em um SIG, mas também já vi indicações de como fazer no R.
Embora nunca tenha testado, parece que é possível fazer uso da função gdalwarp() do pacote {gdalUtils}.
if (require('gdalUtils')) install.packages('gdalUtils', dep=T)
Execute a rotina do exemplo para validar a instalação do pacote.