Adriele,

Então não tem nada de errado com o R pois distribuição normal tem suporte na reta real, no plano real, etc. Se você precisa impedir valores negativos, que são característicos do dado, a normal não é o modelo para isso, muito menos com uma média tão pequena. Você teria que usar outra distribuição contínua multivariada.

library(ellipse)

plot(y)
abline(v = 0, h = 0)
points(x = X1, y = X2, pch = 19, col = 2)
points(ellipse(Sigma, centre = c(X1, X2), level = 0.95), type = "l")
points(ellipse(Sigma, centre = c(X1, X2), level = 0.80), type = "l")
points(ellipse(Sigma, centre = c(X1, X2), level = 0.50), type = "l")
points(ellipse(Sigma, centre = c(X1, X2), level = 0.25), type = "l")

À disposição.

Walmes