Oi Thiago,

A função não dá erro. Mas não consigo o que preciso. Tentei um código bem parecido com esse segundo que você postou:

r<-raster("lemure_r")

rc <- clump(r,directions=8,gaps=FALSE)

clump_id <- getValues(rc)    

xy <- xyFromCell(rc,1:ncell(rc))

df <- data.frame(xy, clump_id, is_clump = rc[] %in% freq(rc, useNA = 'no')[,1])

df$is_clump

lemure<-df[df$is_clump == T, ]

lemure$is_clump

e realmente dá certo com o raster aleatório, porque ele identifica cada célula como sendo pertencente a um clump. No meu caso ele reconhece os 309 clumps que eu esperava, até aí ok. O problema ocorre na linha

clump_id <- getValues(rc)

porque ele não atribui números diferentes para as células que estão em clumps diferentes, e eu preciso disso para obter o centroide. Como você verá, o comando

lemure<-df[df$is_clump == T, ]

retorna as coordenadas de TODAS as células que estão em clumps, mas não me diz em qual clump a célula está, por causa do resultado que descrevi acima.

O raster está em anexo.

[ ]'s

Ludmila

2013/8/20 Thiago V. dos Santos <thi_veloso@yahoo.com.br>

Ludmila,

Por que o seu código não funciona? Aqui no meu computador funcionou com um raster aleatório.

Você tentou usar a função clump? Ela pode ser mais próxima do que você precisa. Veja abaixo:

library(raster)

library(igraph)

# Create random raster

r <- raster(ncols=12, nrows=12)

set.seed(0)

r[] <- round(runif(ncell(r))*0.7 )

# Detect clumps and plot result

rc <- clump(r)

plot(rc)

# Extract coordinates

xy <- coordinates(rc)

lon <- xFromCol(r,1:ncol(r))

lat <- yFromRow(r,1:nrow(r))

Se o código acima não funcionar no seu computador, por favor retorne a mensagem de erro E o raster que você está usando para que a lista possa ajudar.

 

Saudações,
--
Thiago V. dos Santos
PhD student
Land and Atmospheric Science
University of Minnesota
http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
Phone: (612) 323 9898

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From: Ludmila Rattis <ludmilarattis@gmail.com>
To: R-br@listas.c3sl.ufpr.br
Sent: Tuesday, August 20, 2013 1:54 PM
Subject: [R-br] get coordinates of patches (clumps) in a raster map

Prezados,

Preciso extrair as coordenadas dos centroides de diferentes clumps de um raster. Para isso, usei o seguinte código: 

p <- data.frame(rasterToPoints(meu_raster))

a<- p[p$layer > 0,]

c<-sapply(split(p[, c("x", "y")], p$layer), colMeans)

Contudo, esse código não está funcionando.

Alguém saberia me dizer como posso obter tais coordenadas?

[]'s

Ludmila Rattis

Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP
Conservation Biogeography Lab
http://www.wix.com/rdloyola/lab

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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Me. Ludmila Rattis

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