Veja a função HPDinterval e mcmcsamp para estimar o intervalo de confiança via método de monte carlo! Essa questão de IC para h2 já foi abordada no grupo! Caso vc não consiga, diga! Fábio Mathias Corrêa Departamento de Estatística Universidade Estadual de Santa Cruz Tel.: 73-3680-5076 Cel.: 73-9991-8155 ________________________________ De: Paulo Ricardo Gherardi Hein <phein1980@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Terça-feira, 22 de Março de 2011 7:05:32 Assunto: Re: [R-br] Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste Olá pessoal, Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "SEI.GE"), mas o meu problema ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard deviation/intervalo de confiança. Como é que os colegas que trabalham com melhoramento apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem. Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas estatísticas no R? Abraços, Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@cirad.fr / skype: paulo_hein ________________________________ De: paulo_hein <paulo_hein@yahoo.com.br> Para: R_STAT@yahoogrupos.com.br Enviadas: Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47 Assunto: [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste Prezado Fábio, obrigado pela sugestão. Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das variâncias, não é? O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site e erro. Aqui vai um exmplo: 2581>Resume1 2582[[1]] 2583Linearmixed-effectsmodelfitbyREML 2584Data:Data 2585Log-restricted-likelihood:-521.7632 2586 Fixed:Y~1+Site 2587(Intercept)Site302Site303 258860.79-3.386.52 2590Randomeffects: 2591Formula:~1|Clone 2592(Intercept) 2593StdDev:2.348988 2595Formula:~1|Site%in%Clone 2596(Intercept)Residual 2597StdDev:5.4279337.052537 2599NumberofObservations:150 2600NumberofGroups: 2601CloneSite%in%Clone 26021030 Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]] como: H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2) O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais revistas da área. Algo do tipo: H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE) Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero fazer isso no R. Abraços, Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein
------------------------------ *De:* paulo_hein paulo_hein@... *Para:* R_STAT@yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20 *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste
Olá, Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de madeira. Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade de algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone é representado por 5 individuos, totalizando uma amostragem de 150 árvores
(10
clones x 5 repetições x 3 sites).
A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados por espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem interação). Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos seguintes scripts:
Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T) Data$Site <- as.factor(Data$Site) Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)
## Estimating variance components Resume <- NULL Resume1 <- NULL for (i in 4:124){ Y <- Data[,i] lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML") lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML") Resume <- c(Resume,list(lme)) Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))} Resume Resume1
## For calculating BIC Selection <- NULL Selection1 <- NULL for (i in 4:124){ Y <- Data[,i] lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML") lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML") Selection <- c(Selection,list(lme)) Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}
## To display BIC results Resultat <- NULL for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]] lme1 <- Selection1[[i]] Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))} Resultat
e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:
H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 + sdev(Error)^2]
A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?
Atenciosamente,
Paulo Ricardo Gherardi Hein PhD candidate at University of Montpellier 2 CIRAD - PERSYST Department Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145 Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60 email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein
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