Benilton, obrigado. Vou ler sobre o pacote Rclusterpp.

Elias, não sei o que é "CMR", desculpe me. Caso seja algum exemplo que se possa reproduzir, o que estou fazendo é a continuação de outra mensagem que escrevi e que você me deu uma ótima dica.

dis<-vegdist(dados,"bray")
clu<-hclust(dis,"ward")

A matriz de dados que estou utilizando 20 mil linhas e 31 colunas. Para fazer a linha do hclust estou gastando mais que três horas. Tenho matrizes maiores que não rodaram por falta de memória, mas isto já é outro tópico, certo?

Abraços,

Antônio

Em 7 de março de 2012 09:43, Elias T. Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br> escreveu:

com um CMR seria mais facil postar uma dica :)

 

Elias T. Krainski

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De: Antonio Silva <aolinto.lst@gmail.com>
Para: R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Enviadas: Quarta-feira, 7 de Março de 2012 9:20
Assunto: [R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos

Olá,

Rodo o R 64-bit no Ubuntu 10.04 em uma máquina com processador Core i7 e 8 Gb de RAM.

Nesta semana começei a fazer uma análise de cluster, utilizando basicamente o pacote vegan, sobre uma matriz grande.

O cálculo das ligações (hclust) levou três hora e meia para ser efetuado (!!!). Vi que apenas um núcleo do processador estava sendo utilizado.

Começei então a procurar alternativas que permitissem o aceleramento dos cálculos e a utilização dos outros núcleos, que estão sub-utilizados.

Li sobre o pacote multicore e outros, inclusive em mensagens nesta lista. Muitas coisas não ficaram claras para mim e, no final, não compreendi como proceder sua utilização no meu caso (ou mesmo se é possível).

É possivel rodar uma análise de cluster fazendo utilização dos diversos núcleos?

Agradeço qualquer orientação e/ou indicação de documentação.

Abraços,

Antônio

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Antônio Olinto Ávila da Silva

Biólogo / Oceanógrafo

Instituto de Pesca

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Antônio Olinto Ávila da Silva

Biólogo / Oceanógrafo

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