Maurício, bom dia!

Entendi a questão dos títulos olhando o esboço que você fez.

Minha sugestão não é muito prática, mas vai servir até alguém dar uma ideia melhor. Posicione os títulos com text(), usando locator() pra pegar a posição.

Segue o código com alterações, lembrando que você deverá acertar as posições.

### <code r>

tempo <- c(4,5,6,7,8,9,10,11)

nomes <- paste0("A", rep(c(1,3),each=6), rep(LETTERS[1:3],each=2), rep(c(10,20))); nomes

xlabs <- c(rep(NA,4),rep("tempo",2))

set.seed(765)

dados <- data.frame(sapply(nomes, function(x) assign(x, rnorm(8,90,4))))

x11() ### abre tela gráfica (requerido para funcionar no RStudio)

par(mfrow=c(3,2),

    mar = c(4, 4, 4, 4), ### margens de cada gráfico individual - c(bottom, left, top, right)

    oma = c(5, 3, 2, 1), ### margens no entorno do conjunto de gráficos

    xpd = NA) ### libera legenda em qualquer parte da tela gráfica

for (i in 1:6) {

          j=i+6

          plot(dados[,i]~tempo, axes=F, xlab=xlabs[i], ylab="medida", main=NULL,

               cex.main=1, type = 'b', xlim=c(4,11), ylim=c(80,100))

          lines(dados[,j]~tempo, type="o", pch="+", lty=2) 

          axis(2)

          if (i==1) mtext('10 repetições', line=2.9, cex=.8)

          if (i==2) mtext('20 repetições', line=2.9, cex=.8)

          if (i>=5) axis(1, at = seq(4, 11, 1))}

legend(-2,60,c("Opção 1","Opção 3"),lty = c(1,2),ncol = 1,horiz=TRUE)

titulos <- data.frame(X=rep(2,3),

                 Y=c(202,155,108),

                 TITLE=c("Intercepto", "Trat. B", "Trat. C"))

text(titulos$X, titulos$Y, titulos$TITLE, cex=1.5, col=2)

### use locator(1) ou locator() para obter coordenadas clicando na tela gráfica

### </code>

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Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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