Embora você cite os procedimentos de PCA e plotar dendrograma e "análise dos fatores", você não dá muita informação de porque você precisa fazer essa análise e a que conclusões deseja chegar ou quais hipóteses avaliar.
Não sei onde estão os dataframes USArrests2007, USArrests2009 e USArrests2010, tendo nos meus defaults apenas o USArrests. Considerando este último, vê-se que a estrutura dele é 50 linhas com cada uma um estado americano por quatro variáveis (três crimes e uma com a população), se você for anexar bancos com estatísticas de diferentes anos você terá que considerar como colocar a variável ano em jogo e como analisar os estados americanos para manter apenas as cinquenta linhas...
A análise de componentes principais já faz todos os cálculos necessários, assim calcular as médias em separado só faria sentido para alguma análise descritiva (incidentalmente você pode [dependendo do pacote que use para fazer a PCA] escolher se a análise será centrada na média de cada variável ou não).
Quanto aos comandos R que você colocou, eles não formam um CMR e por isso não dá para comentar a respeito.
HTH
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Cesar Rabak