Alexandre, bom dia!

Não havia atentado para o problema na importação das tabelas, sendo necessário definir as classes. Além disso, na função você deve se referir a "db" antes que "tableFE" e  "x" é definido internamente por lapply().

### <code r>

require(RCurl); require(XML)

url0 <- "https://www.dropbox.com/s/znmr0lwda2y6fc5/BD_teste2.html?dl=1"

url1 <- gsub("(^.*)(/s/.*)(\\?.*$)", "https://dl.dropboxusercontent.com\\2", url0); url1

# [1] "https://dl.dropboxusercontent.com/s/znmr0lwda2y6fc5/BD_teste2.html"

page <- getURL(url1)

tableFE <- readHTMLTable(page, head=T)[[1]]

str(tableFE) ### todas variáveis estão como fatores - corrigir!

classes <- c(rep("factor", 6), rep("numeric", 4), "factor")

tableFE <- readHTMLTable(page, head=T, colClasses=classes)[[1]]

str(tableFE) ### OK!

head(tableFE)

##Agregando os resultados

aggPestFE <- function(db=tableFE, key="descricao"){

lista  <- split(db, db[key])

result <- lapply(lista, function(x) aggregate(x[,7:8], by=list(x[,3],x[,2],x[,5]), mean))

return(result)

}

### Devido aos "defaults", obtém mesmos resultados nas três formas que seguem:

aggPestFE()[5]

aggPestFE(tableFE)[5]

aggPestFE(tableFE, "descricao")[5]

# $`Lagartas Desfolhadoras`

#   Group.1           Group.2 Group.3 formiga_area qtd_destruido

# 1      GN             Chale      26            0          62.5

# 2      RD Corrego da Coruja      26            0          50.0

# 3      GN      Aeroporto II      28            0          75.0

### </code>