A alternativa mais conveniente para ler arquivos netcdf no R é usar o pacote "raster", pois o objeto resultante já é um "mapa", inclusive geo-referenciado quando é o caso. 

Caso o arquivo que você precisa ler tenha apenas uma camada, por exemplo, um mapa de vegetação ou coisa parecuda, basta fazer isso:

r <- raster("caminho-do-seu-arquivo")

plot(r)

Caso o seu arquivo seja multi-camadas (por exemplo a saída de algum modelo climático com várias datas no mesmo arquivo), é melhor ler o arquivo como um raster brick:

b <- brick("caminho-do-seu-arquivo")

plot(b,1) # plota a primeira camada do objeto

Outra dica: se você precisa apenas visualizar rapidamente o conteúdo do arquivo, é melhor usar o ncview ou o Panoply.