Fátima, acho que o que Leandro quis dizer é justamente que seria melhor (ou menos problemático?) você fazer essa limpeza diretamente no R.
Se esse "leva e tráz" tá dando muita dor de cabeça, talvez seja bom aprender a limpar diretamente no R mesmo, já que é lá que você fará as análises.
Mas eu não posso opinar porque ainda nem posso dizer que sou usuário do R...
=)
Enoch