Olá José,

Agradeço pela contribuição.

De fato, quando eu verifico o CRS tanto no R quanto no QGIS, é retornado o CRS que preciso, o WGS84.  

No entanto, este conflito de datum foi verificado ao abrir o shapefile no ArcGis em outro computador. Este foi um material que criei para outra pessoa, e ela relatou problemas ao realizar algumas análises por conta desta diferença que citei no primeiro e-mail, sendo que os arquivo que ela utiliza estão em WGS84. 

Após o envio deste e-mail aqui na lista, foi me aconselhado a não realizar a transformação de datum no R por conta de possíveis inconsistências. Como sou nova nisso, não sei o quanto isso realmente pode acontecer.