gostaria de saber se no caso de parcelas perdidas é só substituir o valor perdido par NA e usar a função aov() como no exemplo abaixo.

fator1<-c(rep("A",12),rep("B",12))  

fator2<-c(rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4),rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4))

resposta<-c(39.03794, 30.19444, 32.57167, 34.87484, NA ,37.15130, 39.67066, 32.34696, 19.96688, 63.33362, 43.74447, 

47.39147, 37.37704, NA, 29.35858, 28.76528, 16.092950, 21.080503, 16.906132, 12.345620, 26.475927, 23.639545, 23.890539, NA)

dados<-data.frame(fator1,fator2,resposta)

anova<-aov(resposta~fator1*fator2)

summary(anova)

Existe algum pacote que realiza testes de comparação múltipla para dados desbalanciados.  

Att.

Tiago.