data(dune)## dados das espécies
data(dune.env) ### dados ambientais
adonis(dune ~ Management*A1, data=dune.env, permutations=99)

Management*A1 são variáveis que estão dentro dos dados dune.env (dados ambientais) usados no exemplo.
para você usar a função informe quem é a resposta e quem são os preditores.
adonis(resposta ~ preditores)

data(dune)
data(dune.env)
adonis(dune ~ Management*A1, data=dune.env, permutations=99)

Muito obrigado.

Marcelo