Quanto ao teste de Tukey, se você pegar o teste original, não há nenhuma restrição comparar médias com repetições diferentes. Agora, quanto a pegar a soma de quadrados do erro correta para tal teste, existe uma longa discussão aqui no grupo quanto a isso e eu não irei entrar neste mérito.
O pacote TukeyC, agricolae entre outros desempenha perfeitamente a comparação para dados desbalanceados. No entanto, atenção!!!! As funções do pacote TukeyC utilizam internamente a função "aov", ou seja, estará sendo utilizado a soma de quadrados do tipo II por default.

(S,f,P)
Allaman
 

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Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
Ilhéus/BA - Brasil
Fone: +55 73 3680-5596
E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com
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