Caro Rodolfo,
Supondo matrizes 'simples' e pequenas, daria pra usar um artifício pra editar diretamente no formato pretendido:
dados <- '
1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1
1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0
0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0
0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0
0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1
0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0'
df <- read.table(textConnection(dados), header=F); df
m <- as.matrix(df); m
which(duplicated(t(m))) ### verifica colunas duplicadas (no caso a 8)