E não cheguei no vosso resultado. Com este comando abaixo só abri com NaN
input<- read.table('Rain_1.txt', header = T, sep = ',', dec = '.',
na.strings = c('NAN', 'NaN', 'Inf', 'NA'))
#
Quando você executa esta linha:
> input$TIMESTAMP<- as.Date(ymd_hms(input$TIMESTAMP))
Você destrói o conteúdo da coluna TIMESTAMP e a substitui pela parte da data calendário apenas, efetivamente perdendo a parte fracionária do dia.
Compare o resultado das seguintes linhas:
> head(ymd_hms(input$TIMESTAMP))
[1] "2021-02-23 10:00:00 UTC" "2021-03-10 11:00:00 UTC"
[3] "2021-03-10 11:30:00 UTC" "2021-03-10 12:00:00 UTC"
[5] "2021-03-10 12:30:00 UTC" "2021-03-10 13:00:00 UTC"
> head(as.Date(ymd_hms(input$TIMESTAMP)))
[1] "2021-02-23" "2021-03-10" "2021-03-10" "2021-03-10" "2021-03-10"
[6] "2021-03-10"
Se vc só precisa da data no formato POSIX para usar com lubridate e afins, então a substituição deve ser sem o as.Date e somente depois processar esses valores.
HTH
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Cesar Rabak