Se existirem mais de uma linha referente ao mesmo gene é preciso agregar os valores de alguma forma. Usar a média ou o valor máximo. Precisa ver o que foi utilizado para a contagem. Geralmente os algoritmos de contagem utilizam a nomenclatura do Ensembl que vem dos arguis GTF. Neste caos, foi feito a conversão para o HUGO symbol. Isso acontece mesmo. Daniel
On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (rownames), tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...
HTH
On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> wrote: Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
Estou em outro nível de problema. Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv") head(dados) class(dados)
[1] "data.frame"
geneLength <- rowMeans(dados) Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric
dadoslog2cpm <- convertCounts(dados, unit = "cpm", log = TRUE, normalize = "tmm") Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.
Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?
Obrigada,
Michele -- ------------------------------------------------------------------------ Dra. Michele Claire Breton Researcher in Bioinformatics PhD in Cellular and Molecular Biology CICS - Health Sciences Research Center Faculty of Health Sciences University of Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.