Professor Paulo,
Eu já estava tentando usar a função unionSpatialPolygons() , mas não estava conseguindo informar os IDs. Agora usando a biblioteca aRT foi possível fazer isto.
 
Mauro, tente fazer um unpdate no pacote Maptools para ver se não funciona a função readShapePolys().
 
Obrigado,
José Vilton.
 
 
 
Estava vendo vossa discussão, tentei rodar o script e não encontra esta função readShapePolys(), e já tenho estas bibliotécas instaladas!
      
> require(maptools) > readShapePolys() Erro: não foi possível encontrar a função "readShapePolys"


Uma possibilidade é o uso das funcionalidades
do pacote maptools que voce já está usando

As funcoes relevantes seriam

require(maptools)
readShapePolys()
gpclibPermit()       # pode ser evitado se voce tiver a biblioteca rgeos instalada
unionSpatialPolygons()

O aRT (www.leg.ufpr.br/aRT) tb tem funcoes para isto

A ideia básica é que na funcao de uniao voce passa os ID's que quer unir,
ele vai gerar um novo cunjunto de IDs no objeto resultante