O rgdal precisa do GDAL e do PROJ.4, que são programas externos ao R (isso está na página do pacote no CRAN http://cran.r-project.org/web/packages/rgdal/index.html). Você precisa instalar os pacotes necessários antes sudo apt-get install gdal-bin libgdal-dev libgdal1 libgdal1-dev libproj0 libproj-dev Quanto aos pacotes duplicados vc pode deletar um ou mais diretórios que vc acha que nao sao necessarios, e definir uma (ou mais) biblioteca pessoal com a variavel de ambiente R_LIBS dento do ~/.Renviron, por exemplo a minha é R_LIBS=~/R_environment/my_library e reinstale os pacotes. Veja ?.libPaths e ?packageStatus --- Fernando de Pol Mayer Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ Universidade de São Paulo - USP URL: http://fernandomayer.github.io <http://fernandomayer.github.com> e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br} 2013/9/18 ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br>
Fernando funcionou o Rstudio, porém,
Solicitou que eu criasse uma library pessoal e criei, mas vários pacote ficaram duplicados quando fiz:
update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
E não consigo instalar o rgdal, apresenta o seguinte erro:
ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’ * removing ‘/home/santos-a/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal’ Warning in install.packages : installation of package ‘rgdal’ had non-zero exit status
Tem mais alguma coisa que eu poderia fazer?
Obrigado,
Alexandre
Em 17/09/2013 14:05, Fernando Mayer escreveu:
Tem que configurar o R como uma shared library para ter o libR.so.
Desinstale e faça novamente com
./configure --enable-R-shlib make sudo make install
--- Fernando de Pol Mayer Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ Universidade de São Paulo - USP URL: http://fernandomayer.github.io <http://fernandomayer.github.com> e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}
2013/9/17 ASANTOS <alexandresantosbr@yahoo.com.br>
Obrigado Fernando,
A instalação funcionou, porém como fiz:
./configure make sudo make install
No diretório: santos-a@santosa-K43E:~/Documentos$ R-2.15.2
No terminal o R funcionou OK, mas quando instalei o Rstudio após ele não funciona e acusa a seguinte mensagem:
R Not Found
R shared library (/usr/local/lib/R/lib/libR.so) not find. If this is a custom build of R, was it build with the enable –R-shlib option
Eu teria que ter instalado a pasta em outro local?
Obrigado,
Alexandre
Em 06/09/2013 13:53, Fernando Mayer escreveu:
1) Vc precisa conferir se os pacotes que vc diz serem incompativeis com o R 3.0.1 são realmente incompativeis, ou se falta alguma configuração (ou pacote) no seu sistema. Acredito que a grande maioria dos pacotes seja compatível pois esse versão já foi lançada há alguns meses.
2) Caso você veja que é realmente necessário instalar (e _compilar_) a versão anterior (2.15.2), vc precisa antes ter todas as ferramentas necessárias para a compilação (que aparentemente não estão instaladas). Faça:
sudo apt-get install build-essential sudo apt-get buil-dep r-base
E depois
./configure make sudo make install
--- Fernando de Pol Mayer Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ Universidade de São Paulo - USP URL: http://fernandomayer.github.io <http://fernandomayer.github.com> e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}
2013/9/6 Teodoro Calvo <teocalvo2@gmail.com>
Olá, bom dia ! Tudo bem ?
O senhor já tentou instala-lo pelo central de aplicativos Ubuntu ? Ao invés de baixa-lo em formato .tar.gz ?
Acredito que seja uma boa saída.
Tenho utilizado o RKWard, que utiliza o R 2.15. como base. Este também esta disponível no Central de Aplicativos Ubuntu.
Caso não goste de usa um GUI para o R, também há possibilidade de utilização diretamente no terminal.
Ctrl + Alt + t
depois simplesmente digitando : R
Espero que dê certo e tenha ajudado de alguma forma.
Caso dê erro, possivelmente deve-se verificar se o R 3.0 foi totalmente removido.
Boa sorte.
Att Téo Calvo.
Em 06-09-2013 10:59, ASANTOS escreveu:
Bom dia pessoal,
Precisei reinstalar meu ubuntu 12.04 64bits e abaixei o R.2.15.2.tar.gz, pois vários pacotes são incompatíveis com o R.3.0, ou tenho que ficar buscando soluções para cada pacote devido, error zero status na instalação, portanto descompactei o R.2.15.2.tar.gz na área de trabalho e quando faço ./ configure LIBnn=libmake , recebo o seguinte erro:
santos-a@santosa-K43E:~/Área de Trabalho/R-2.15.2$ ./configure LIBnn=libmake
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
loading site script './config.site'
loading build-specific script './config.site'
checking for pwd... /bin/pwd
checking whether builddir is srcdir... yes
checking for working aclocal... missing
checking for working autoconf... missing
checking for working automake... missing
checking for working autoheader... missing
checking for gawk... no
checking for mawk... mawk
checking whether ln -s works... yes
checking for bison... no
checking for byacc... no
checking for ar... ar
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking for sed... /bin/sed
checking for which... /usr/bin/which
checking for less... /usr/bin/less
checking for gtar... no
checking for gnutar... no
checking for tar... /bin/tar
checking for tex... no
checking for pdftex... no
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
checking for pdflatex... no
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
checking for makeindex... no
checking for makeinfo... no
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
checking for texi2dvi... no
checking for kpsewhich... no
checking for unzip... /usr/bin/unzip
checking for zip... /usr/bin/zip
checking for gzip... /bin/gzip
checking for bzip2... /bin/bzip2
checking for firefox... /usr/bin/firefox
using default browser ... /usr/bin/firefox
checking for acroread... no
checking for acroread4... no
checking for xdg-open... /usr/bin/xdg-open
checking for notangle... false
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking whether gcc needs -traditional... no
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for gfortran... no
checking for f95... no
checking for fort... no
checking for xlf95... no
checking for ifort... no
checking for ifc... no
checking for efc... no
checking for pgf95... no
checking for lf95... no
checking for gfortran... no
checking for ftn... no
checking for g95... no
checking for f90... no
checking for xlf90... no
checking for pgf90... no
checking for pghpf... no
checking for epcf90... no
checking for g77... no
checking for f77... no
checking for xlf... no
checking for frt... no
checking for pgf77... no
checking for cf77... no
checking for fort77... no
checking for fl32... no
checking for af77... no
checking for fc... no
Alguém poderia me ajudar a selecionar o problema, tudo que tentei no R help Simple compilation não funcionou,
Obrigado,
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO)e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================
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