Minha sugestão ou modelo de trabalhar é considerar funções do pacote doBy com multcomp. Basicamente a doBy::LSmatrix() vai te gerar uma matriz que você vai converter em matriz de contrastes e passar para multcomp::glht(). A glht() admite objetos de classe lm, glm, lme. O detalhe para objetos glm é que as "médias" e comparações são na escala do preditor linear, ou seja, quando você pedir LSmeans() para um binomial não será retornado "média" mas sim o valor esperado de log(1/(1-p)) = X%*%beta, mas aí é só converter em probabilidade com a função inversa da função de ligação. Seguem links que podem servir de inspiração. http://www.leg.ufpr.br/~walmes/analises/MESerafim/abacaxi/abacaxisolo.html http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/geneticaEsalq/script10.html À disposição. Walmes.