Elisa,
Veja se estes exemplos a "inspiram".
no seu ambiente R, tente example(boxplot) e veja os exemplos um por um, mais de um deles mostram boxplots comparativos. Pelo que você escreveu, parece-me que o exemplo que mais se aproxima do seu objetivo é do crescimento de dentes dos porquinhos da Índia.
Se a sua praia for o pacote ggplot2, como a sugestão do Graciliano, você pode ver os exemplos da sugestão dele:
> example('geom_boxplot', package="ggplot2")
Uma outra opção é o bwplot do pacote lattice.
HTH
--
Cesar Rabak